桓玄在吴郡的疯狂掠夺和屠杀，耗尽了他最后一点政治信誉。其“挟帝南巡”的队伍，变成了纯粹的流寇武装，沿途经过嘉兴、海盐、钱塘、余杭、宣城、广德、三地，无不重复着强征、屠戮、劫掠的戏码。
在嘉兴，掌控漕运与粮仓的褚氏、钱氏，在顾氏覆灭的阴影下不敢明抗，却暗中藏匿粮草，结果被桓玄察觉，钱氏宗主被腰斩，褚氏全族被编为“运粮队”，动辄打杀。
在海盐，掌控盐业与渔业的张氏、陈氏，因拒缴存盐和渔船，遭遇了焚毁盐场、斩杀宗主的命运，族人被强征为水军炮灰。
在钱塘，俞氏、罗氏依托山地坞堡抵抗，桓玄派兵仰攻，破堡后屠尽抵抗者，焚毁坞堡。
在余杭，掌控铁矿与木材的徐氏、鲍氏，因藏匿资源，宗主被剥皮示众，族人沦为苦役，山林被焚。
在宣城，桓玄甚至对自己本家旁支和周氏举起屠刀，以“宗族叛逆”为由，将其剿灭，彻底断绝后患。
在广德，依附周氏的陈氏、董氏，因据守茶场与药材库抵抗，被屠场焚库，核心族人被杀光。
在三地，势力较弱的庾氏、王氏，虽不敢反抗，却因暗中联络已被刘裕控制的建康本家，而被桓玄关押宗主，吞并私兵。
桓玄如同一股毁灭性的洪流，所过之处，寸草不生，将江东旧有的门阀秩序冲得七零八落。
而刘裕，则紧随其后。他不再仅仅是一个军事统帅，更像一个高明的政治医生和重建者。他的手段灵活而高效：
舆论攻势：他派出手下文吏、探马，细致收集桓玄沿途屠族、抄家、强征、背信弃义的种种罪证，整理成详尽的文书公告，在各州郡广为张贴、宣读。同时，在他实际控制晋安帝后，立刻让这位傀儡皇帝颁布“罪己诏”，将江南乱象全部归咎于桓玄“挟帝乱政”，而刘裕则成了“奉天讨逆”、“勤王靖难”的正统代表。
区别抚恤：他对被桓玄迫害的门阀，采取分化策略。对顾、陆等核心反抗者，坚决铲除其核心力量，只保留无威胁的旁支，且严禁其担任地方要职。对中小门阀、尤其是那些被桓玄屠戮后留下的旁支、以及大量失去依附的流民、部曲，则给予“抚恤”——发放少量粮食，象征性归还微不足道的财产，任命其中较听话或有能力者为地方小吏、里正，营造出“刘裕救民于水火”的仁德形象。
彻底收编：所有被打散或主动投靠的门阀私兵、部曲、壮丁，全部被刘裕打散原有宗族编制，重新编入北府兵体系。他以“军功授田”为最核心的诱惑，承诺将来按战功分配土地，极大地强化了这些新附军队的忠诚度和战斗力。
接管命脉：盐场、铁矿、漕运、渡口、粮仓、茶场、药材……所有从门阀手中夺来的战略资源和经济命脉，刘裕毫不客气地全部收归“朝廷”（实质上由北府兵集团掌控）。他设立“江南转运使”等一系列官职，由北府兵文官或可靠归附者担任，统一调配江南钱粮物资，彻底切断门阀复辟的经济基础。