启用寒门：在各级地方官府出现的大量权力真空，刘裕大力选拔寒门士子、流民中涌现的首领、以及北府兵中有功的将士进行填补，开始构建一个忠于他个人、而非门第的新兴官僚体系。
土地改革：这是最根本的一击。没收来的庞大土地，被分为两部分：一部分直接分给北府兵家属和无地流民，建立“军屯”与“民屯”，保障军粮和稳定社会；另一部分设为“官田”，租给佃农耕种，收取田租充实府库。
规范商贸：统一货币与度量衡，由官方牢牢掌控盐、铁、茶、酒等专卖权，严厉打击门阀过去的垄断行为，同时鼓励南北贸易，增加财政收入。
轻徭薄赋：在接管初期，宣布对饱经战乱的江南百姓减免半年到一年的赋税，休养生息，极大地缓解了桓玄暴政带来的创伤，赢得了广泛的民心支持，也为后续更大的战略行动（北伐）储备了国力。
当桓玄裹挟着残兵败将和劫掠来的财富，狼狈地逃到广陵，准备北渡淮河时，他的兵力已在沿途的厮杀、劫掠和内耗中损失过半。而他的身后，整个江东，虽然满目疮痍，却已经悄然改换了主人。一个以刘裕和北府兵为核心，融合了部分改造后门阀力量、大量寒门士子、以及广大平民支持的新秩序，正在血与火的废墟上，顽强地孕育、生长。
刘裕站在长江南岸，眺望着北方。他的目光，已经超越了江东，投向了那片更为广阔、与梦想的中原大地。何时才能拜访黑山吴笛先生去北方感受化液的仙灵之气。当下应该追剿逃入徐州的桓玄。
丹阳城头的烽烟尚未散尽，刘裕已勒马北望。江东的血色清算刚刚落幕，徐州的广袤土地又成为他必须踏足的棋局。桓玄如丧家之犬般沿中渎水向北逃窜，而刘裕要做的，不仅是追击穷寇，更要借此东风，将徐州这片门阀盘踞之地彻底纳入掌中。
他命刘穆之总揽江东善后，以徐羡之镇守建康，自己则亲率北府精锐，踏上了北伐徐州、清剿桓玄的征途。战船沿江西进，至广陵转入中渎水，这条古老的运河，此刻成了刘裕犁庭扫穴的利刃锋芒。
海陵地处淮河入海口，水网密布，盐田万顷。此地周氏、范氏倚仗地利，垄断盐利，筑坞自保。桓玄溃军过境时，周氏宗主周韬不仅献上大批粮盐犒军，更派私兵为向导，助其北窜。
刘裕大军甫一抵达，并未急于攻城，而是先派小股精锐，截断了周氏通往海边的私盐通道。随后，他下令在郡城四门张贴安民告示，宣布“只诛首恶，不问胁从”，同时开仓放粮。当饥肠辘辘的百姓捧着久违的粟米时，对周氏的忠诚便开始冰雪消融。
三日后，城中内应打开城门。北府兵直扑周氏坞堡。刘裕当众宣读周韬勾结桓玄、资敌叛国的罪状，并将其历年强占民田、逼死盐户的罪行一一公示。证据确凿，周韬面如死灰，瘫软在地。
“周韬之罪，罪在通敌，罪在虐民！”刘裕立于高台，声如洪钟，“依北府军法，斩立决！其家产，半数充作军资，半数散于受害盐户及本郡贫民！周氏所占盐田，悉数收归官营！”
刀光闪过，人头落地。围观百姓在片刻的死寂后，爆发出震天的欢呼。范氏见势，连夜绑了自家宗主，开城请降。刘裕顺势将海陵盐业收归官营，委派寒门出身的干吏管理，并招募当地盐户子弟加入北府水师。海陵，这颗淮盐明珠，就此易主。