接下来是水军和攻城立功的：
“加封李彪为水军都统制，总督水军事务，赐爵扬波校尉！”
“加封刘横为水军副都统制，辅佐李彪，赐爵破浪校尉！”这“浪里鲛”刘横，因水门奇功，一跃成了高级将领。
李彪、刘横出列谢恩，满脸红光。
“加封韩冲为枢密院都承旨，执掌军情刺探、监察内外，赐爵靖安郎！”这是把侦察司正规化，给了韩冲更大的权和责任。韩冲悄无声息地出列，低声领命，他还是那副阴沉的样子。
老船工何老大，因精通水务，被任命为将作监少监，兼领水军参赞，算是个技术高官。何老大颤巍巍出列，他不在乎官位，能给新朝出力就成。
其他大小将领，如各营指挥使、地方镇守使等，也各有封赏，或升官，或赐金银田宅，皆大欢喜。
文官方面，眼下人才奇缺，只能因陋就简。任命了几个原杭州府中名声尚可、愿意投诚的旧吏，暂代工部、刑部等空缺职务。又设立了“求贤馆”，由赵普兼管，张榜招纳四方人才。
武职方面，确立了基本的军制：五人为一伍，十伍为一队，十队为一营，五营为一军。设伍长、队正、营指挥使、军都统制。庞万春总揽全局。
文职方面，暂时以赵普的“同平章事”府为核心，下设户、工、礼、刑等曹（部），分工理事。又设“劝农司”，专管屯田、分田、劝课农桑；设“平准署”，平抑物价，管理市场。
方腊最后强调：“现今官职初定，各有分属。望诸位各司其职，勤勉王事。文官需体恤民情，廉洁奉公；武将须严守军纪，英勇善战。有功则赏，有过则罚，决不姑息！眼下我等初据杭城，强敌环伺，远未到安享富贵之时，望共勉之！”
朝会结束，众人散去，各自履新。庞万春忙着整编军队，布置城防；赵普一头扎进堆积如山的钱粮账册和地方文书中；方百花清点府库，整饬内卫；方貌则忙着起草各种安民告示、宣传新政；李彪、刘横去整顿水军战船；韩冲的人影早就没了，不知又去搞什么秘密勾当。
这套草创的官职体系，虽然简陋，甚至有些名不副实（比如“尚书”、“侍郎”，手下可能就两三个书办），但总算把架子搭起来了，让这个新生的“大炎”政权，有了个运转的模样。每个人都知道自己该干啥，也有了奔头。当然，这新官上任，能不能把这台生锈的机器转动起来，能不能应对接下来的狂风暴雨，还得看真本事。这“设官分职”的第一步，算是迈出去了，可后面的路，长着呢，也难着呢。