当常宇的巡回法庭在湖广之地用雷霆手段树立法度，将旧有的乡绅宗族势力震慑得噤若寒蝉之时，新生的共和国似乎正沿着顾昭规划的轨道，以一种势不可挡的姿态稳步向前。法律、工业、贸易、军事……每一项指标，都在以一种前所未有的速度增长着。
然而，就在所有人都沉浸在这种日新月异的昂扬氛围中时，一个看不见的敌人，正悄无声息地，从这个庞大帝国一个最不起眼的角落，露出了它狰狞的獠牙。
昭武二年，初夏。山西，平定州，一个名叫“下柳村”的偏远村庄。
最初，只是村东头的王家三小子，发起了高烧。几天后，他那小小的脸上、身上，开始冒出一些红色的疹子，继而变成晶亮的水疱。村里的赤脚医生只当是寻常的“发水珠”，开了几副清热解毒的草药，但病情却丝毫没有好转。几天之后，那个可怜的孩子，就在痛苦的挣扎中，停止了呼吸。
悲剧并未就此结束。很快，与王家有过接触的邻居，也开始出现同样的症状。发热，出疹，起疱……如同一个被推倒的多米诺骨牌，恐慌和死亡，迅速在这个只有百十户人家的小村庄里蔓延开来。
当第一个清醒的村民，喊出那个让所有人肝胆俱裂的名字时，整个村庄的天，都塌了。
“天花！是天花！”
这个在古代等同于“死亡宣判”的词汇，像一道黑色的闪电，击碎了所有人的侥幸。寂静，一种比哭喊更加令人恐惧的绝望，笼罩了整个下柳村。家家户户大门紧闭，曾经鸡犬相闻的乡间小道，变得死一般沉寂。空气中，弥漫着草药、污秽和尸体腐烂混合而成的、令人作呕的甜腥气息。
消息传到州府，平定知州吓得魂飞魄散。他没有任何办法，也根本不敢有任何办法。面对这种“天谴”般的不治之症，历朝历代的官府，都只有一个最原始、也最残忍的选择。
他立刻调集了数百名州兵，将整个下柳村以及周边的几个村落，用一道严密的封锁线，彻底围死。任何人不得进出，村口的路被挖断，桥梁被拆毁。州兵们远远地拉着弓箭，对着任何试图靠近封锁线的村民，发出死亡的警告。
封村，然后，听天由命。任由里面的人，在绝望、病痛和饥饿中，自生自灭。
在知州看来，这是为了保全更多人，唯一能做的“德政”。
然而，病毒的传播，从来不以人的意志为转移。在下柳村被彻底封锁之前，已经有几名不知自己被感染的商人，离开了那里，前往了更加繁华的市镇。
一场巨大的、非军事的危机，如同燎原之火，开始在广袤的北方大地上，熊熊燃起。
当第一份关于山西疫情的加急奏报，摆在南京内阁首辅毕自严的案头时，这位老人的手，控制不住地颤抖起来。他经历过无数次财政危机、官场倾轧，但这一次，他面对的，是一个连皇帝都束手无策的、来自上天的敌人。
消息很快传开，整个南京城，瞬间陷入了一片巨大的恐慌之中。人们开始抢购米粮和药材，街上的行人明显减少，每个人都用警惕的眼神，打量着身边的人。
而比疫情本身传播更快的，是谣言。
那些在政治改革中被剥夺了特权、对顾昭恨之入骨的旧势力，如同闻到血腥味的鲨鱼，立刻抓住了这个千载难逢的机会。
“天谴！这就是天谴！”
“顾昭逆天而行，废黜君父，兴办那些吞云吐雾的‘妖厂’，触怒了上天！这天花，就是上天降下的惩罚！”
“我早就听说了，那西山书院里，搞的那些什么‘化学’，就是西洋传来的炼金妖术，如今妖术反噬，报应来了！”
各种恶毒而又极具煽动性的谣言，通过茶馆、酒肆，通过那些依旧心怀故国的读书人之口，迅速传遍了朝野。一时间，人心惶惶，甚至一些在新政中获益的市民，也开始将信将疑。刚刚建立起来的、对新政权的信任，在这场突如其来的瘟疫面前，显得脆弱不堪。
内阁之中，也响起了质疑的声音。一些老臣上书，请求护国主下“罪己诏”，暂停新政，祭天祈福，以平息“天怒”。
所有的压力，最终都汇集到了护国主府，汇集到了顾昭的身上。
然而，当所有人都以为这位权倾天下的护国主会为此焦头烂额之时，顾昭的反应，却冷静得可怕。
他把自己关在书房里整整一夜。第二天清晨，他走出书房时，手中已经有了一套完整的、被他命名为“科学防疫”的应对方案。
他立刻召开最高国务委员会紧急会议，面对所有忧心忡忡的阁员和将领，他第一句话，就如同一根定海神针，稳定了所有人的心。
“天花，不是天谴，而是一种疾病。既然是病，就不是靠祈祷能治好的。从现在起，帝国进入最高等级公共卫生紧急状态。一切防疫事宜，由我亲自总揽！”
紧接着，一道道清晰而果决的命令，从护国主府发出，以前所未有的效率，传达到帝国的每一个角落。
第一，成立“中央防疫总指挥部”。由最懂格物致知、对新学问接受最快的国家科学院院长孙元化挂帅，全权负责防疫工作。指挥部整合了西山书院医学院的全部师生、军队中所有的医疗兵、以及各级地方官府的力量，形成一个统一、高效的指挥体系。