第二，实施最严格的“强制隔离与军事检疫”。顾昭直接调动了距离疫区最近的两个镇北军整编师，用钢铁和纪律，取代了地方官府那种消极的“封村”。他们以雷霆之势，在疫区外围，建立了三道封锁线。所有村庄、市镇，被严格划分为“隔离区”（已爆发疫情）、“治疗区”（由军医和医学院学生进驻，对病患进行有限的治疗和护理）和“安全区”。所有进出疫区的人员、车辆和物资，都必须经过数道关卡的严格检查和消毒。大量的石灰水、酿酒厂紧急生产的高浓度酒精，被源源不断地运往前线，用于环境和人员的消毒。这套在后世看来是常识的防疫体系，在这个时代，却显得如此的先进和不可思议。
第三，发动舆论战争，进行全民科普与教育。顾昭深知，战胜恐慌，比战胜病毒本身更为重要。他命令《大明皇家日报》连续三天，用整个头版，刊登由他亲自撰写的科普文章——《告全体国民书：正确认识天花，科学战胜瘟疫》。
文章用最通俗易懂的语言，第一次向这个时代的民众，揭示了瘟疫的真相。
“……天花非鬼神之怒，乃是一种肉眼不可见的、名为‘病毒’的微小虫子所致。此虫随人之呼吸、接触而传播……故防疫之要，在于‘断其路，洁其身’……凡我大明子民，自今日起，需行以下数事：一，无事不出门，出门必戴口罩（报纸附上了口罩的制作方法）；二，勤洗手，饭前便后、归家之后，必用皂角、清水洗手；三，不信谣，不传谣，一切消息以本报和官府通告为准，凡散布天谴论者，以动摇国本论处！……”
同时，大量的宣传队，带着报纸和扩音器，走遍了各大城市和乡镇，反复宣传这些简单的防疫知识。顾昭用最现代的宣传手段，与盘踞在人们心中数千年的迷信思想，展开了一场激烈的争夺战。
顾昭的这三板斧下去，效果立竿见影。军队的强力介入，迅速控制了疫情的无序蔓延。而报纸的科普宣传，则像一剂强心针，极大地缓解了民众的恐慌，让“天谴论”的市场，大大缩小。人们开始学着戴上简易的口罩，开始注重个人卫生。
然而，顾昭心中比谁都清楚，隔离、消毒、宣传，这些都只是治标的手段，是在围堵洪水，而无法根除源头。只要还有一个天花病人存在，这场战争，就远没有结束。
他需要一把能够彻底终结这场瘟疫的、终极的武器。
深夜，西山大营，一间戒备森严的、被命名为“神农”的秘密实验室里，灯火通明。
顾昭召集了孙元化，以及几名当初随他从欧洲归来的、最有经验的西医。
他没有直接说出“牛痘”这个词，而是用一种引导的方式，向这些当代最顶尖的医学专家，提出了一个问题。
“诸位，我少年时，曾听闻乡间有奇事。一些挤牛乳的女工，手上会生出一种类似天花的疱疹，但症状轻微，数日即愈。而得过这种‘牛疮’的女工，似乎……就再也不会得上要人命的天花了。此事，你们可曾听闻？”
孙元化和几位西医都陷入了沉思。这种乡野传闻，他们或多或少都听说过，但从未有人将其与天花的防治联系在一起。
在顾昭的引导和启发下，一个大胆而疯狂的念头，在他们的脑海中形成：是否可以用牛身上的“疮”，来对抗人身上的“花”？
“我命名此法为‘接种牛痘’。”顾昭看着众人震惊的眼神，一字一句地说道，“我命令你们，立刻开始实验。首先，在动物身上，比如，我们从南洋运来的猴子。验证其安全性与有效性！”
接下来的半个月，孙元化带领的团队，夜以继日地进行着秘密实验。他们成功地从一头患病的牛身上，提取到了痘浆，并将其接种到了几只健康的猴子身上。猴子们如预料般出现了轻微的发热和出疹，但很快就恢复了健康。
最关键的一步来了。当他们再将致命的天花病毒，注入这些痊愈的猴子体内时，奇迹发生了——这些猴子，安然无恙！
实验成功了！
当孙元化拿着那份记录着完整实验数据的报告，双手颤抖地呈给顾昭时，这位一生钻研格物的老人，激动得老泪纵横。
“护国主！天佑中华！此乃神术！神术啊！”
然而，动物实验的成功，并不代表可以立刻用于人体。谁来做这第一个接种牛痘的“白老鼠”？这其中蕴含的风险，无人能够估量。万一失败，后果不堪设想。
孙元化当仁不让地说道：“护国主，老臣愿为天下苍生，一试此法！”
几名西医和将领也纷纷请命。
顾昭却一一拒绝了。他看着他们，眼神平静而坚定。
他知道，这是他作为这个时代“先知”的责任，更是他巩固自己“神性”与“权威”的、千载难逢的机会。一个敢于用自己的生命，去为万民承担风险的领袖，其威望，将超越世间一切君王。
他缓缓地卷起了自己左臂的衣袖，露出了结实而有力的手臂。
他看着目瞪口呆的孙元化，用一种不容置疑的语气，说出了那句足以载入史册的话。
“不必争了。”
“我来。”