命令既下，独立第一旅这部庞大的战争机器立刻高效运转起来。然而，“整编”二字背后，是无数具体而微、甚至充满阵痛的抉择。
旅部下达的整编原则明确而残酷：“保留骨干，确保战力，形式服从内容。”但如何将这三万二千余人，巧妙地塞进一万二千人的“官方”框架内，同时又要确保另外两万“超编”人员不散、不乱、战斗力不降，是一项极其艰巨复杂的工程。
林峰、徐翰文、赵刚三人几乎不眠不休，与各团主官、后勤部长、组织科长反复磋商，敲定每一个细节。
首先是“名编”内的三个主力团。这是独立旅的刀锋，是未来要在正面与日军碰撞的拳头部队。选拔标准异常严格：
·政治绝对可靠是第一条，由各级政工干部严格把关。
·军事技术过硬，老兵优先，战斗骨干、神枪手、投弹能手、技术兵种（机枪手、炮手、工兵）必须保留。
·身体健康，年龄适中，确保部队的突击力和持久力。
原各部队的精英被迅速抽调到一起，重新编组。被选入主力团的官兵，脸上带着自豪，也感到了沉甸甸的责任。他们知道，自己将代表独立旅，最先与日寇交锋。
其次是技术兵种的保留。赵刚据理力争，林峰全力支持。
·秦峰的骑兵团被压缩了员额，但保留了最精锐的骑兵连和侦察分队，战马一匹不减。
·工兵部队被整合，保留了架桥、爆破、筑城的专业骨干。
·千方百计保留下来的十几门山炮、迫击炮和集中起来的重机枪，组成了旅属炮兵营和重机枪连，由旅部直接掌控。
·电台、电话班、卫生队等技术保障人员，也尽可能编入正式序列。
最棘手的是那两万余“超编”人员的安置。这是对林峰和旅党委智慧和魄力的最大考验。
“决不能把这些经过训练的战士解散！”林峰态度坚决，“他们是我们的根基，是我们未来发展的种子！”
徐翰文提出了系统的“影子部队”方案：
1.组建地方兵团和独立支队：以营、连为单位，将大批“超编”部队冠以“xx县大队”、“xx区独立营”、“黄河沿岸游击支队”等名义，划归即将开辟的根据地地方党组织和军事部门领导，但军事指挥和干部任免权仍由独立旅掌握。这些部队熟悉当地情况，既能协助主力作战，也能独立开展游击战。
2.成立生产建设兵团：抽调部分体力好、有手艺的官兵，组成专门的开荒、种粮、修械、被服队伍，名义上“脱离”战斗序列，实则为全军提供后勤保障，同时亦是隐蔽的战斗预备队。
3.设立教导大队和预备役：将一批年纪较轻、有培养前途的班排长和士兵，编入扩大的旅教导大队，进行更长时间的培训，作为干部储备。其余人员登记造册，作为预备役，分散安置在根据地群众家中，平时生产，战时集中。
这套方案的核心就是：化整为零，藏兵于民，寓兵于工（农）。
命令传达下去，部队中不可避免地产生了巨大的思想波动。尤其是那些被划入“超编”序列的官兵，情绪低落，甚至有些激愤。