公元29年，刘秀和马援聊完之后，就派来歙持节送马援回到了陇右。马援回去之后，就向隗嚣汇报了此次出使的情况，马援说：“我这次去到洛阳，皇上每次接见我的时候，我俩谈话能从晚上谈到天亮。皇上才智卓越，勇略过人，世上无人能敌。而且他还对我坦诚相见，没有一点隐瞒，为人胸怀宽广，气节高尚，与汉高祖比较相似；他熟读经学，处理政事和文辞辩论的能力，前代无人能比。”隗嚣问：“你觉得他和高祖相比如何？”马援回答：“他不如高祖。有人说高祖做事灵活变通，而当今皇上喜欢处理政务，做事情讲规矩，还不喜欢喝酒。隗嚣听了这话就显得不太高兴，觉得对方把当今皇上说得比高祖还厉害。
二月，朝廷宣布大赦天下。
这时的苏茂带着五校兵去垂惠救援周建。然后二人合力打败了马武，马武被打败后，就跑到王霸的军营去求救。王霸觉得敌军太猛，出战的话必输无疑，所以就坚守不出。这时，手下的将士想要出战，王霸就和他们说现在敌军士气正盛，不能贸然出兵，要等敌军对我们产生轻视之心、马武拼命抵抗，敌军疲惫的时候再出击，这样才能赢。后来苏茂、周建进攻马武，王霸手下的那些壮士就坚决请求出战，王霸这才出兵袭击敌军后方，不费吹灰之力就打退了他们。过了几天，苏茂和周建又来挑战，王霸就干脆在营里犒劳士兵、演奏音乐，哪怕敌军的箭都射中了他面前的酒樽，他也稳坐不动。这时的王霸认为敌军远道而来，粮草肯定没带那么多，想要速战速决，所以自己坚守不出才是“不战而屈人之兵”的好办法，最后敌军果然如他所料就撤退了。当天晚上就发生了一件令人意外的事，周建的侄子周诵反叛了，他把城门关了起来不让他们进，周建最终死在了逃跑的路上，周建死了之后，苏茂就逃到了董宪那里，刘纡逃到了佼强那里。
就在这时，彭宠发现他的妻子不仅做噩梦，还能看见一些奇奇怪怪的东西，而占卜和看风水的人都说会有兵变发生。但彭宠因为儿子后兰卿曾经作为人质侍奉汉朝，所以就没当回事，还让儿子在外带兵。有一天，彭宠正在便室斋戒，奴仆子密等三人就趁他睡觉的时候，把他绑在了床上，还假传命令把其他人都支开了。又把他的妻子叫来，彭宠的妻子进入便室后，看到丈夫被绑了起来，就大吃一惊说：“这些奴才造反了！”没想到这些家奴就揪着她的头，狠狠打她的耳光。彭彭宠看到自己妻子被打，就急忙说道：“赶快为将军们置办行装！”然后就有两个奴仆押着彭宠的妻子到后宫收取珍珠财宝，又留下一个奴仆看守彭宠。彭宠对看守自己的奴仆说：“你这个小孩子，我一向也非常爱护你。我知道你是被子密胁迫才做这种事的！你不如替我解开绳索，我就把女儿彭珠嫁给你做妻子，家里的财宝也都给你。”这个小奴仆本想解开绳索，但是看见门外的子密正在偷听他们说话，所以就没敢去解。子密等人在收取了后宫中的财宝衣物之后，就回到了彭宠所在的便室，等备好六匹马之后，他们就让彭宠的妻子缝制了两个细绢做的口袋。天黑以后，他们就解开彭宠的手，让他给守卫城门的将军写个出门条：“我现在派子密等人去我的儿子后兰卿那里，你们不要为难。”看到出门条写好之后，子密等人就斩杀了彭宠和他的妻子，又把人头装在口袋里，然后就拿着彭宠的手令出城去了，最后将他们的人头送到了洛阳。到了第二天，彭宠的部下发现宫门打不开，他们就翻墙进入了便室，然后看到彭宠的尸体在地上放着，把他们吓得也不知道该怎么办。彭宠死了之后，尚书韩立等人就拥立彭宠的儿子彭午为燕王。结果国师韩利又诛杀了彭午，还把他的头砍下带到了祭遵那里投降了。紧接着，祭遵就把彭宠的族人全部杀光了。
彭宠死了之后，刘秀就任命郭汲担任渔阳太守。而郭汲在上任后就开始安抚百姓、训练军队，慢慢就树立了自己的威信，渔阳地区的盗贼也少了，匈奴也不敢来侵扰了，五年的时间，当地人口就增加了一倍。除此之外，刘秀又派人把耿况从边境接到了京城，给他安排了大房子住，还把他封为了牟平侯。
这时的吴汉又带着耿弇和王常在平原打败了富平、获索的贼军，把他们一路追杀到了勃海，最后有上万人选择投降。随后刘秀又下令让耿弇去打张步。
平敌将军庞萌平时看起来很谦逊，刘秀也特别信任他，还说他是可以托付大事的人。刘秀就派他和盖延一起去攻打董宪，但是诏书只给了盖延，压根就没提庞萌，庞萌就怀疑是盖延在刘秀面前说了他的坏话，一怒之下就反叛了，还打败了盖延，随后就和董宪联合起来自称是东平王。刘秀知道后气坏了，就决定亲自带兵前去讨伐，还写信给将领们说自己看错了庞萌，要灭他全族，并让大家到睢阳集合。庞萌攻破彭城后，就想杀了楚郡太守孙萌，郡吏刘平就趴在太守身上请求一死，身上受了七处伤，最终庞萌被感动，就放了他们。等太守醒来后，感到口渴，刘平就用自己伤口的血给他喝。
岑彭打下夷陵后，田戎就逃到了蜀地，可他的妻子和手下的几万人却成为了岑彭的俘虏。田戎逃到蜀地后，公孙述就把他封为了翼江王。这时的岑彭想要攻打蜀地，但蜀地地势险要，导致粮草的运输十分困难，经过一番衡量之后，他就留下了几个人驻守夷陵，自己则带兵回到了津乡去镇守通往荆州的交通要道，还招降了一些蛮夷部落。
夏天四月，民间发生了旱灾和蝗灾。这时隗嚣就问班彪，现在的天下会不会像周朝灭亡后出现战国那样的情况，使天下再次陷入长期的纷争之中，还是会有一个人统一天下。班彪说周朝和汉朝的情况不一样，周朝分封诸侯，后来诸侯强大才出现了纷争；而汉朝实行郡县制，导致臣子的权力不大。王莽篡位是国家高层出了问题，百姓还盼着汉朝复兴，现在全国各地起兵的人都打着刘氏的旗号，而且那些占据州郡的豪杰根基远不如当年的诸侯，百姓也十分怀念汉朝，所以汉朝复兴是必然的。
隗嚣跟班彪说，你分析周朝和汉朝的形势还算有道理，但是说汉朝复兴是因为百姓习惯了刘氏名号就不对了。当年刘邦打天下的时候，老百姓哪里知道汉朝啊？而班彪为了劝隗嚣归顺汉朝，就写了篇《王命论》。他说，自从尧把位子传给舜，舜再传给禹，再到商汤、周武王得天下，这都是有天命传承的。刘氏家族是继承了尧的正统，还有赤帝子的符命，他们得到了鬼神的保佑，老百姓也都认可。那些觉得天下就像野鹿，谁抢到就算谁的人，根本不懂得天命是强求不来的。像韩信、英布、项羽、王莽那么厉害的人，想靠蛮力夺取天下，最后都没有好下场，其他人就更别想了。以前陈婴的母亲因为他家世代贫贱，觉得突然称王不吉利，就劝陈婴别干；王陵的母亲看出汉王会得天下，为了让王陵坚定不移的追随汉王，就直接自杀了。就连普通妇女都能看清的形势，男人就更应该明白这个道理。再说了，高祖这个人宽厚仁义，而且会用人，张良、郦食其、韩信、陈平这些人都能在他手下发挥自己的才能。而且当时出现了好多祥瑞的征兆，韩信、张良都说这是上天注定的，不是人力所能做到的。班彪就劝隗嚣，要是能早点归顺汉朝，不要有那种非分之想，这样才能让子孙后代永享富贵。但是隗嚣根本不听，班彪实在没办法，就跑到了河西去避难。班彪跑到河西之后，就感到窦融对他特别好，于是就给窦融出主意，让他归顺汉朝。
想当初，窦融他们听说了刘秀的威望和德行后，心里是想归附汉朝的。但是河西离洛阳太远了，因此一直没能和朝廷取得联系，就暂时接受了隗嚣给的封号，隗嚣还封他们做将军。可是隗嚣这个人虽然表面上看着和和气气，实际上心里却有其他的想法。他很快就派张玄去劝窦融他们，张玄嘴皮子特别厉害，他见到窦融等人就说，更始帝刚成功就失败了，这就说明一个姓氏不可能复兴两次。你们现在要是随便找个靠山，那以后肯定会受制于人，还不如自己占着地盘，然后和陇西、蜀地的武装力量联合起来，要是厉害一点呢，就能像战国时期的六国一样称霸一方，要是差点的话，也能当个像赵佗那样的一方诸侯。听完张玄说的话后，窦融就把大家召集起来商量这事，那些有见识的人就说，皇帝的名字在谶语里早就出现过，以前谷子云、夏贺良这些能够窥探天机的人都说汉朝会再次得到天命。对此，刘子骏还改名来应和谶语。王莽末年，西门君惠就想拥立刘子骏为皇帝，可他失败被杀前还说刘秀才是真命天子，这些事大家都知道。而且现在虽然有好多人都称帝了，但是只有洛阳的皇帝地盘最大、兵力最强、号令也最明确，怎么看都是他最有帝王相。就这样，大家你一言我一语的，也没商量出个什么结果。最后还是窦融拍板，决定归顺汉朝，于是就派长史刘钧带着信去洛阳朝见刘秀。巧合的是，刘秀也派人来招抚窦融，而且还和刘钧在路上碰上了，两人就一起回洛阳。刘秀在见到刘钧后非常的开心，就安排人好吃好喝的招待他，在他回去的时候还给窦融带了封信，信里说现在益州有公孙述，天水有隗嚣，窦融的态度就能影响天下的局势。刘秀说窦融要是想创立齐桓公、晋文公那样的霸业，辅佐我这个弱小的政权，就好好干；要是想搞割据，也得早点拿定主意。还说自己和窦融离得远，不会互相吞并，但肯定有人会劝窦融学习任嚣教赵佗割据的那套。刘秀还强调，做帝王的可以划分土地，但不能划分百姓，让窦融自己好好考虑。最后，刘秀封窦融为凉州牧。这封信传到河西后，大家都惊呆了，都说皇上虽然离得远，却对这边的情况了解得一清二楚。
到了六月，朱祜猛烈的攻打黎丘，秦丰实在撑不下去就投降了，随后，他就被装在囚车里押送到了洛阳。就在这时，吴汉上书弹劾朱祜违反了朝廷的命令，私自接受了秦丰的投降。最后刘秀把秦丰杀了，但是没有处罚朱祜。
秦丰被杀之后，董宪就带着刘纡、苏茂、佼强等人离开了下邳，回到了兰陵，然后派苏茂和佼强帮庞萌去围攻桃城。当时刘秀在蒙地溜达，他听说这事儿后，就把辎重都留在了蒙地，亲自带着轻装部队星夜兼程的去支援桃城。当他走到亢父的时候，有人就说，大家着急忙慌的赶路，现在都累坏了，应该休息休息，但是刘秀没听，等又走了十里后，就在任城安营扎寨，任城距离桃城还有六十里路。到了第二天，将领们都想进攻，庞萌他们也来挑战，可是刘秀却下令不许出战，还说大家要好好的养精蓄锐，先挫挫敌人的锐气。那会儿吴汉他们在东郡，刘秀就赶紧派人去把他们召来。这时的庞萌他们还挺纳闷，说刘秀大老远的赶来支援，到地方后却按兵不动，他这是想引我们到城下，咱们可不能上当！于是就拼了命的去攻打桃城。而桃城里的守军听说自家皇上来了，就一个个都跟打了鸡血似的，士气十分高涨，庞萌他们连着打了二十多天，都没打下来，反而把士兵累的半死。等到吴汉、王常这些将领到齐之后，刘秀就带着大军前去支援桃城，还亲自上阵指挥，结果把庞萌他们打得落花流水。眼看大势已去，庞萌、苏茂和佼强就连夜往董宪那里逃去。
本年七月，刘秀先到沛地溜达，接着又去了湖陵溜达。这时的董宪和刘纡带着几万人马驻扎在昌虑，董宪还拉拢五校残部，和他们一起在建阳防守。刘秀到了蕃地后，就距离董宪他们只有一百多里路了，这时的将领们又想进攻，可刘秀还是不同意。刘秀料定五校部队若是没有了粮食，那肯定会撤退的，于是就让大家守好营垒，等敌人疲惫之后再进攻。果然没过多久，五校部队就撤了。五校部队撤退之后，刘秀就亲自带兵，从四面围攻董宪，这场仗打了三天，结果以董宪的失败而告终。最终，佼强带着人投降了，苏茂逃跑投奔张步去了，董宪和庞萌则是逃到了郯地。八月，刘秀就去了郯地溜达，在这转了一圈之后，就留下吴汉继续攻打郯地，自己又去了彭城和下邳溜达。后来吴汉攻下了郯地，董宪和庞萌又逃到了朐地。而刘纡不知道跑哪儿去了，最后被他的部下高扈给杀了，然后高扈就投降了吴汉。吴汉收编了高扈的部队后，接着就进军围攻朐地。
冬天十月，刘秀就到鲁地去溜达。这时的张步听说耿弇要来了，于是就派大将军费邑驻守历下，又让人驻守祝阿，还在泰山、钟城一带扎了几十个营寨等着耿弇。耿弇渡过黄河后，就先去打祝阿，结果不到半天就打下来了。拿下祝阿之后，他就故意留了个缺口，让祝阿的败兵逃到钟城去。钟城的人听说祝阿已经失守，被吓得直接弃城跑了。费邑又派弟弟费敢去镇守巨里。耿弇带兵逼近巨里后，就一边让士兵赶紧准备攻城用的器械，一边又宣布三天后全力攻城。可他私下里却放松了对俘虏的看管，还故意让俘虏逃回去，把攻城的计划透露给费邑。费邑得知计划后，果然带着三万精兵前来救援巨里。这可把耿弇给高兴坏了，就跟将领们说：“我准备攻城器械，就是为了把他们引出来，在野外打他们，不比攻城强多了！”于是耿弇就分了三千人守着巨里，自己则带着精兵占据了高地，然后和敌人交战，这次不仅把费邑的军队打了个大败，还当场杀了费邑。当耿弇把费邑的脑袋挂起来示众时，巨里城里的人都吓坏了，费敢就带着人逃回了张步那儿。这一战，耿弇缴获了敌人大量的粮草物资，接着又去攻打其他没拿下的城池，最后平定了四十多个营寨，拿下了济南。
当时的张步驻扎在剧地，他先派弟弟张蓝带着两万精兵去守卫西安，各郡太守合起来带着一万多人守卫临菑，这两座城相距四十里。当耿弇大军走到画中这个地方的时候，就发现这个地方正好在两城的中间。耿弇仔细一瞅，西安城小但是城防坚固，士兵也是最精锐的；临菑看着大，其实更好打一些，于是就下令各部五天后一起攻打西安。张蓝听说这个消息后，就日夜防备。到了第五天半夜，耿弇却让将士们吃饱饭，天亮时直奔临菑城。可是护军荀梁等人不同意他这么干，他们觉得要是先打临菑，那西安肯定会来救援；若是先打西安，那临菑肯定不会管，所以应该先打西安。耿弇却说：“不对！不对！西安知道我们要打它，肯定自顾不暇，哪有功夫去救援临菑？现在我们出其不意地攻打临菑，临菑城里肯定会陷入慌乱当中，这样的话，我们一天就能打下来。等拿下临菑，西安就会陷入孤立无援的境地，到时他们肯定也得逃跑，这就是‘打一个就能拿下两个的道理’。反过来，要是先打西安，一时半会儿肯定打不下来，而且还会让士兵死伤惨重。就算我们费尽千辛万苦的打下来，张蓝就会带着人逃回临菑，到时两军合兵一处，又摸清了我们的虚实。而我们现在深入敌境，粮草又供应不上，这样不出一个月，都不用交战，我们自己就溃败了。”于是耿弇就去攻打临菑，结果半天就拿下了。张蓝听说临菑失守后，被吓得连夜逃回了剧地。这时，耿弇下令部队不许抢劫，等张步来了再动手，目的就是就是为了激怒张步。张步听说后，就大笑着说：“尤来、大彤有十几万人马，我都能攻破他们的营寨。现在耿弇的兵比他们少，还都疲惫不堪，我有什么可怕的！”于是张步就带着三个弟弟张蓝、张弘、张寿，还有原来大彤的首领重异等人，号称是二十万大军，浩浩荡荡的开到临菑城东，随即就准备攻打耿弇。这时的耿弇就给朝廷上书说：“现在我守着临菑，城防坚固；张步从剧县赶来，士兵又累又饿。他要是进攻的话，我就引诱他，然后给他沉痛的打击；他要是撤退的话，我就前去追击。我守着营垒作战，士兵战斗力会更强，我们以逸待劳，以实击虚，如此一来不出十天，我就能拿下张步。”接着耿弇就先到菑水边去转悠，结果和重异的部队碰上了。这时，手下的精锐骑兵就想出击，而耿弇怕过早打击敌人的锋芒，让张步不敢进兵，所以就故意示弱，带着兵退回了小城，在城里列好阵势，又派都尉刘歆、泰山太守陈俊带兵在城下布阵。张步来势汹汹，直接就带兵攻打耿弇的营垒，开始和刘歆等人交战。耿弇则是登上王宫的残台进行观望，他看到刘歆和张步交战后，就亲自带着精兵从东城下横向冲击张步的军队，结果把张步打得大败。在这场激战中，耿弇的大腿中了箭，他直接就用佩刀砍断了箭杆，身边的人都没发现。一直打到天黑，战斗才结束。第二天一早，耿弇又带兵出战。