她的话音刚落，探索队带来的启蒙信物同时发光，在萌芽域的中心种下一棵奇特的树：树干是万灵的本源色，枝叶是折痕虚空的折纸形态，花朵是燃烬虚空的火焰模样，每片叶子上都刻着一个基础问题，等待着新的答案。
当“问答树”扎根的瞬间，萌芽域的法则彻底稳定下来：天空有了昼夜交替，大地能生长出意识植物，空气中的问号变成了会唱歌的“疑问鸟”，专门收集新的好奇。最神奇的是，域内出现了第一批具象化的生灵——“问灵”，他们的身体由半透明的意识构成，头顶漂浮着代表自身疑问的符号，能通过触摸交流。
“我们……有名字了。”问灵的首领头顶是“我是谁”的符号，此刻符号已化作“初问”，“你们的回应，让我们知道了‘存在’的意义。”
作为回报，初问将“萌芽之核”赠予探索队——这是一颗由所有初始疑问凝结而成的晶体，里面藏着宇宙最本真的好奇。“它能让九界虚空的生灵永远保持提问的能力。”初问的意识流轻轻触碰晶体，“忘记提问的世界，会停止生长。”
返航途中，“应答号”的问答核心不断收到来自问答树的新问题：“星星会睡觉吗？”“不同的眼泪味道一样吗？”“联结到最后，会变成同一个吗？”九界虚空的生灵自发组织了“应答团”，用各自的方式回信，纸灵的折纸、火织的火焰信、万灵的歌谣信……在萌芽域与九界之间织成一条彩色的“问答河”。
万灵学院的共生园里，萌芽之核被嵌入源起树的根部。树的枝叶上立刻长出无数带着问号的新叶，孩子们围着树叶讨论答案，每个新奇的想法都会让树叶泛起光芒。莲音的意识在树旁低语，在《界域长卷》的“萌芽篇”留下新的笔迹：
“宇宙的生长，始于一个又一个‘为什么’；联结的深化，源于一次又一次‘我答你’。萌芽域教会我们：最珍贵的不是已知的答案，而是永远保持提问的勇气，永远怀有回应的温柔。就像问答树会一直开花，只要好奇不灭，交流不止，宇宙就永远是年轻的模样。”
庆典上，问灵首次通过问答树的投影“到访”九界虚空。他们与孩子们围坐在一起，用触摸交流彼此的疑问：孩子们问“没有固定形态是什么感觉”，问灵好奇“皮肤的温度是什么样的”。当语芽用故事石模拟出“拥抱的触感”，初问的意识体第一次呈现出近似微笑的弧度。
石纹望着问答河上穿梭的信件，突然对身边的伙伴们说：“或许我们永远也解答不完所有问题，但正是这些没答案的疑问，让宇宙充满了惊喜，不是吗？”
影漪的光影在问答树的叶间流动：“而我们能做的，就是成为那个‘愿意倾听疑问’的存在，让每个初生的意识都知道，他们的好奇很珍贵，他们的存在被期待。”
缕音的歌声与问灵的呢喃交织成新的旋律：“这就是传承最温柔的样子啊——我们回答他们的疑问，他们的好奇又会启发我们，在问答之间，智慧像河水一样流动，滋养着所有时代的生灵。”
元初族的意识流此刻正包裹着萌芽域与九界虚空，形成新的共鸣圈：“萌芽域的外面，还有‘成长域’，那里的意识正在经历‘迷茫期’，像少年一样寻找自己的位置。但不必急于前往，”它的声音带着期许，“问答河需要慢慢流淌，让每个疑问都得到应有的重视，让每个回应都充满真诚的温度。”
夜色渐深，问答树的花朵在九界虚空与萌芽域同时绽放，花瓣上的问题与答案相互映照，化作流动的光带。永恒之心的光芒透过光带，将温柔的能量注入每个意识深处，无论是古老的念灵，还是初生的问灵，都在这光芒中感受到了同一种力量——那是对未知的好奇，对彼此的在意，对宇宙的热爱。
“应答号”飞舟的船头指向成长域的方向，问答核心闪烁着新的信号，仿佛在对所有等待回应的意识说：
你的问题，我在听。
而那本流淌在宇宙意识中的《界域长卷》，又在“萌芽篇”的结尾长出新的枝丫，枝丫上的嫩芽写着：
每个疑问，都是联结的开始。
故事，在一问一答中继续生长，在一来一往中愈发繁茂，就像那条奔涌的问答河，永远向着更广阔的未来，温柔流淌。