由于逃跑过程中，马麒一马当先，而且其军服独特，被人民革命军火力照顾，当场被迫击炮击中。
随着马麒被迫击炮击毙，他的亲信部队群龙无首，先后放下武器向人民革命军投降，至此甘肃、青海等地的主要反抗力量都被清理干净。
占领兰州，人民革命军刘道义部又花了半个多月清理马麒在甘肃、青海的残部。
1899年11月17日，刘道义才率10万大军攻入新疆东部。
此时，在新疆东部主要驻守着一支袁伪政权的北洋新军，共3000余人，还有五千多人蒙古族、回族武装。
由于袁伪政权与这里的联系已经被切断了两个月左右，所以当人民革命军到来之后，这里的北洋新军和少数民族武装纷纷投降。
经过两个多月的征讨，人民革命军占领了新疆除后清政权控制的伊犁地区外所有地区。
此时，后清政权的伪帝是伊尔根觉罗·长庚的亲儿子，他压根儿不想投降，加之之前从沙俄购买了不少武器弹药，拼凑出五万大军，便想继续割据伊犁。
为此，伊尔根觉罗·长庚还派了使者前往人民革命军营地，称愿意废除帝号，作为中华共和国的藩属国，称臣纳贡。
刘道义觉得这伊尔根觉罗·长庚很搞笑，反问使者道：“如今中华共和国皇帝都没有了！你们要向谁称臣？”
那后清使者一时无言以对。
刘道义也进行了劝降，可惜这些满清遗老遗少，不愿意放弃贵族身份，再次拒绝了投降。
1900年2月21日，刘道义率领部队发动对后清政权的进攻。
伊尔根觉罗·长庚的五万大军，接连几次大败之后，残部随伊尔根觉罗·长庚父子，逃入俄国境内。
3月1日，刘道义部便占领了伊犁地区，后清那些满清遗老遗少，纷纷跪地投降，一些参与反抗的被编成垦殖师送往勘察加半岛垦殖。
解放了新疆全境之后，人民革命军与中亚俄军进入了对峙状态。
因为，俄国在之前的条约已经宣布放弃不平等条约取得的领土，所以中华共和国政府，要求俄国政府按照条约归还清廷与其在西北划界时，割让的约44万平方公里的领土。
已经从国内外压力中喘过气来的尼古拉二世，还想拖延归还西北领土，还想以5000万共和国银元购买这块土地。
但是被岳天严词拒绝了，并指出唐朝着名诗人便出生在这一地区，自己不能让李白变成外国人。
1900年5月份，已经基本结束国内战争的中华共和国，在与俄国交界地区集结了70万大军，此时从海参崴到乌兰乌德等地的铁路已经修好，使得西西伯利亚的俄军处于巨大压力之中。
此时，担心又卷入战争的英国和法国，明确声明不介入两国的争端，使得俄国陷入孤立无援中。