清除余孽·东瀛平定
江户城的玄黑旗在春风中猎猎作响，四十八万尸兵列阵城外，煞气与东瀛的海风交织，形成一道肃杀的气场。衍空和尚立于幕府大殿前的高台之上，玄金龙袍反射着冷光，尸皇威压笼罩四野。德川家康身着黑色尸侍战甲，单膝跪地，手中捧着一份详尽的东瀛残余势力分布图——作为前幕府将军，他对东瀛各地的隐秘据点、顽固势力了如指掌，此刻正以尸侍的忠诚，为新主效力。
“德川家康，”衍空和尚的声音低沉而威严，“东瀛虽已归降，但各地余孽未清——本州岛北部的忍者残部、四国岛的海盗窝点、九州岛的萨摩藩余党，还有北海道的虾夷部落叛军，这些都是隐患。朕命你带路，率十万尸兵，分路清剿，务必斩草除根！”
德川家康叩首道：“属下遵令！定不负主人所托，扫清所有叛逆，稳固东瀛疆土！”“内心独白：这些余孽中有我昔日旧部，今日却要亲手清剿……但为了德川氏宗庙存续，我别无选择。衍空和尚给了我生路，我便要证明自己的价值。”
衍空和尚颔首，转身对众尸将下令：“杨过、梅超风率三万尸兵，随德川家康清剿本州岛余孽；铁木真、蒙哥率三万尸兵，扫荡四国岛海盗；王重阳、一灯大师率三万尸兵，平定九州岛萨摩藩残党；霍都、完颜阿骨打率三万尸兵，征伐北海道叛军；哲别、华筝率四万尸兵，负责海上清剿，断绝余孽退路！朕坐镇江户城，统筹全局！”
“遵令，衍空和尚！”众尸将齐声领命，煞气直冲云霄。一场历时三年的东瀛余孽清剿战，就此拉开序幕。
本州清剿·忍者覆灭
德川家康带着杨过、梅超风与三万尸兵，直奔本州岛北部的“暗夜谷”——这里是东瀛最后一支精锐忍者的聚集地，由前幕府忍者统领“暗影鬼爪”率领五千残余忍者驻守。暗夜谷地形险峻，谷内布满陷阱，忍者们擅长隐匿与暗杀，曾多次袭扰归顺的藩主领地。
“暗影鬼爪是我的旧部，擅长影遁之术，谷内设有‘幽冥阵’，需小心应对。”德川家康指着谷口的迷雾，对杨过与梅超风道，“他最擅长在阴影中偷袭，尸兵的尸气虽能感知气息，却容易被迷雾干扰。”
杨过摩挲着玄铁剑，眼中闪过战意：“忍者的偷袭，在我玄铁剑面前不堪一击！梅超风，你我左右包抄，德川家康率尸兵正面推进，破他的幽冥阵！”
梅超风的九阴白骨爪黑芒闪烁：“正合我意！我倒要看看，东瀛忍者的影遁，能不能躲过我的尸气感知！”
尸兵们结成玄煞盾阵，在德川家康的指引下，避开谷口的陷阱，缓缓进入暗夜谷。谷内迷雾弥漫，能见度不足三丈，忍者们的气息被迷雾掩盖，时不时有毒针、忍刀从阴影中袭来。但尸兵们刀枪不入，毒针无法穿透玄铁战甲，忍刀砍在身上也仅留白痕。
“暗影鬼爪，出来受死！”德川家康高声喊道，声音穿透迷雾，“幕府已亡，你顽抗到底，只会自取灭亡！若归顺，衍空和尚可饶你不死！”
迷雾中传来一阵冷笑：“德川家康，你这个叛徒！投靠异族和尚，背叛东瀛，还有脸来劝降？今日便让你与这些妖兵，葬身暗夜谷！”
话音刚落，谷内突然涌起黑色雾气，无数黑影在雾中穿梭，正是“幽冥阵”。忍者们借助阵法隐匿身形，发动群体性暗杀，数名尸兵不慎落入陷阱，被暗弩射中眼睛，倒地不起。
“雕虫小技！”杨过怒喝一声，玄铁剑劈出一道剑气，撕裂迷雾，“黯然销魂掌·无中生有！”掌风凝聚成黑色气团，炸开后将周围的黑影震显身形。梅超风趁机纵身跃入雾中，九阴白骨爪挥舞，黑芒所过之处，忍者们惨叫着现身，被一爪撕裂喉咙。
德川家康率尸兵正面推进，他熟知幽冥阵的运转轨迹，指引尸兵破坏阵眼——谷内的三座黑色石碑。尸兵们挥刀砍断石碑，幽冥阵的威力瞬间减弱，迷雾渐渐消散。暗影鬼爪见状，亲自率领精锐忍者冲了出来，忍刀泛着寒光，直取德川家康。
“叛徒，受死！”暗影鬼爪的忍刀带着黑气，劈向德川家康的头颅。
德川家康侧身避开，尸气凝聚成拳，反击道：“识时务者为俊杰，你我皆为东瀛人，何必让百姓再受战火之苦？”他的拳风带着尸气，与忍刀碰撞，发出刺耳的声响。
杨过纵身跃至两人中间，玄铁剑横扫：“你的对手是我！”剑气将暗影鬼爪逼退，梅超风趁机绕后，九阴白骨爪刺穿了他的肩膀。暗影鬼爪惨叫一声，想要施展影遁逃跑，却被德川家康的尸气缠住，无法脱身。
“束手就擒吧！”德川家康沉声道。
暗影鬼爪眼中满是绝望，咬碎口中的毒囊，当场自尽。剩余的忍者见首领身亡，纷纷溃散，被尸兵们逐一斩杀。本州岛的忍者余孽，就此覆灭。
四国扫海·海盗授首
与此同时，铁木真与蒙哥率领三万尸兵，抵达四国岛南部的“黑礁湾”——这里是东瀛最大的海盗窝点，盘踞着两万海盗，他们勾结萨摩藩余党，劫掠沿海村落，甚至骚扰大尸王朝的运粮船队。
“这些海盗熟悉海路，战船轻便，擅长近海偷袭。”铁木真立于战船之上，手持马鞭，“蒙哥，你率一万尸兵乘坐小艇，从两侧礁石绕后；我率两万尸兵，正面进攻，将他们逼入绝境！”
蒙哥领命，率尸兵乘坐小艇，在礁石间穿梭。海盗们发现尸兵战船，纷纷驾着快船出击，船上的火炮、强弩齐发，试图阻拦。但尸兵战船由玄铁加固，火炮轰击仅留浅痕，强弩更是无法穿透。
铁木真下令投石机发射巨石，砸向海盗快船，一艘艘快船被砸得粉碎。尸兵们乘坐小艇，纵身跃上海盗战船，弯刀挥舞，斩杀海盗。海盗们虽凶悍，却哪里是尸兵的对手，纷纷被斩杀或生擒。
“首领，快逃！”一名海盗嘶吼着，驾着旗舰想要突围。
蒙哥见状，纵身跃至海盗旗舰上，巨斧挥舞，将海盗首领劈成两半。剩余的海盗见首领身亡，彻底溃散，有的跳海逃生，却被尸兵们追上，尽数斩杀。
黑礁湾一战，两万海盗被全歼，四国岛的海上隐患被彻底清除。铁木真下令烧毁海盗窝点，加固沿海防御，确保海路畅通。
九州平叛·藩主归降
王重阳与一灯大师率领三万尸兵，抵达九州岛南部的萨摩藩——前藩主岛津义久的儿子岛津忠恒，收拢了一万残余武士，占据鹿儿岛城，拒不归顺，还屠杀了衍空和尚派去的安抚使者。