为提升训练效果，孙传庭将一万精锐分为“骑兵队”“火铳队”“火炮队”与“堡垒防守队”，采用“分练+合练”的模式，每日训练六个时辰，从清晨直至黄昏。
-骑兵队训练：由从鄂尔多斯部请来的十名骑兵教官负责，每日清晨在兰州以西的戈壁滩上训练。教官们先向士兵传授“骑射技巧”——如何在快速奔跑的马背上稳定身体、瞄准目标，如何根据风向调整射击角度；再训练“骑兵对冲战术”——面对敌军骑兵冲锋时，如何保持阵型（采用“楔形阵”，突破敌军防线），如何与相邻的骑兵配合（左侧骑兵负责砍杀，右侧骑兵负责射击）；最后训练“迂回包抄战术”——如何快速绕到敌军侧翼，切断其退路，如何在包抄时避免被敌军反包围。为了让士兵快速掌握技巧，教官们采用“一对一”教学，每人负责十名士兵，从骑马姿势到武器使用，逐一纠正，每日训练结束后，还会组织“模拟对战”，由教官带领部分士兵扮演“准噶尔骑兵”，与其他士兵实战对抗。
-火铳队训练：由孙传庭的心腹幕僚、曾在锦州工坊学习过火铳使用的李参军负责。训练分为“静态射击”与“动态射击”——静态射击时，士兵们在固定位置，练习快速装填火药、瞄准射击，要求每分钟能射击三次，且两百步内击中直径一尺的靶心；动态射击时，士兵们分为两队，一队在跑动中射击（模拟追击敌军），一队在防御工事后射击（模拟堡垒防守），要求在移动中仍能保持较高的命中率。同时，李参军还会教授“火铳与骑兵配合”的战术——当骑兵引诱敌军进入火铳射程后，火铳队如何快速排成“三排横队”（第一排射击，第二排准备，第三排装填，循环往复，形成持续火力），如何在射击后快速撤退至安全区域，避免被敌军骑兵冲击。
-火炮队训练：由徐元明派来的火炮工匠负责，在肃州的堡垒旁搭建了模拟战场。工匠们先向士兵传授“火炮架设”技巧——如何在戈壁、山地等复杂地形快速固定炮架，如何根据距离调整炮口角度；再训练“火炮与火铳配合”——火铳队先射击，吸引敌军注意力，火炮队趁机调整角度，轰击敌军密集区域；最后训练“应急维修”——如何在火炮零件损坏时，快速更换备用零件，确保火炮能持续使用。为了提升实战能力，火炮队每日都会与堡垒防守队配合，进行“堡垒防御模拟战”，由部分士兵扮演“准噶尔骑兵”，向堡垒发起进攻，火炮队与火铳队协同防守，直至能熟练应对各种进攻方式。
-堡垒防守队训练：由肃州总兵赵光远负责，在已重修完毕的一座堡垒内进行。训练内容包括“城墙防守”（如何使用滚木、礌石、热油对付攀爬城墙的敌军）、“城门防守”（如何用铁链封锁城门，如何在城门后设置埋伏）、“粮库与水源保护”（如何在被围困时合理分配粮草与水源，如何防止敌军下毒）以及“突围战术”（若堡垒被攻破，如何保护伤员与物资，向友军驻地突围）。赵光远还会定期组织“堡垒被围模拟”，断水断粮一日，让士兵们体验被围困的场景，训练他们的意志力与应急反应能力。
除了分练，孙传庭每周还会组织一次“合练”，将四支部队整合起来，模拟“准噶尔部大规模入侵”的场景——假设准噶尔部派五千骑兵，分两路进攻肃州与甘州，骑兵队负责正面拦截与迂回包抄，火铳队与火炮队在堡垒内提供火力支援，堡垒防守队坚守阵地，机动骑兵队则在两地之间支援，确保每支部队都清楚自己的职责与配合方式。合练结束后，孙传庭会召集各队将领，分析训练中出现的问题，如“骑兵队与火铳队配合不默契”“火炮队射击速度太慢”等，逐一制定改进措施，确保下次合练时能有所提升。
在训练的同时，孙传庭也没放松对边境的监控与对外的威慑。他与鄂尔多斯部首领商定，各派一千骑兵，组成“联合巡逻队”，分为两队，每日深入边境以西五十里至一百里的区域巡逻——一队沿肃州至吐鲁番的商道巡逻，保护过往商队，同时搜集准噶尔部的情报；另一队沿嘉峪关至哈密的戈壁巡逻，查看准噶尔部的营地位置与兵力变化。联合巡逻队的士兵均配备快马、连发火铳与望远镜，若遇准噶尔部的小股势力（人数少于两百人），便直接予以打击；若遇大股势力，则快速撤退，通过驿站传递情报，让边境驻军做好防御准备。
联合巡逻队出发后的第三日，第一队便在肃州以西三十里的一处戈壁滩遭遇了准噶尔部的两百人骑兵小队，对方正准备劫掠一支从吐鲁番来的商队（商队携带了大量的皮毛与玉石，是前往中原进行贸易的）。巡逻队的明军骑兵与鄂尔多斯部骑兵立刻兵分两路——明军骑兵从正面发起冲锋，士兵们在马背上快速射击，火铳子弹精准地击中敌军骑兵，打乱了其阵型；鄂尔多斯部骑兵则利用熟悉地形的优势，从侧翼绕到敌军后方，切断其退路，同时用弓箭射击，压制敌军的反击。准噶尔部骑兵没想到会遭遇联合部队，且对方的火铳威力远超他们的预期，仓促应战中节节败退，仅半个时辰便溃败而逃，明军俘获三十余人，追回了商队被抢的物资，还缴获了十匹战马与二十余把弯刀。
孙传庭得知消息后，立刻下令将被俘的准噶尔部士兵押往兰州，在城外的校场进行“公开审判”——向百姓与士兵揭露准噶尔部袭扰边境、劫掠商队的罪行，然后对被俘士兵进行“分化处理”：对被迫加入准噶尔部的西域部落青年，予以释放，让他们带回“明军善待俘虏、保护商队”的消息；对准噶尔部的核心士兵，则处以鞭刑后释放，让他们回去向噶尔丹传递“明军战力强盛、不好惹”的信号。同时，孙传庭还派使者前往吐鲁番部落，将缴获的物资归还给商队，并邀请部落首领前来肃州，共同商议“商道保护”事宜，进一步巩固双方的关系。
此次遭遇战与公开审判的消息，很快通过各种渠道传到了准噶尔部的驻地。首领噶尔丹得知后，虽未立刻放弃入侵计划，却也意识到明军的战斗力与威慑力远超他的预期，尤其是联合巡逻队的存在，让他的小股袭扰难以奏效；而西域部落与明军的合作，更是断了他获取补给与情报的重要渠道。权衡利弊后，噶尔丹暂时停止了对明朝边境的袭扰，将部队撤回了中亚腹地，转而集中精力巩固自己在西域的势力，西北边境的局势暂时趋于稳定。
与此同时，“西域联络使团”也传来好消息。使团在吐鲁番部落停留期间，不仅将王磊的“互市通商”政策传达给了部落首领，还帮助商队解决了与当地官员的矛盾，赢得了部落上下的信任。吐鲁番部落首领当场表示，愿与明军结盟，不仅会拒绝准噶尔部的“贡品”要求，还会在准噶尔部入侵时，向明军提供情报支持；随后，使团前往哈密、叶尔羌等部落，也均达成了“中立”或“结盟”的协议，准噶尔部在西域的孤立局面正式形成。
随着边境训练的推进、联合巡逻的常态化与西域部落的结盟，西北防务日益稳固。孙传庭将详细情况写成奏报，派人快马送往锦州，奏报中提到：“目前边境驻军训练已初见成效，骑兵队能熟练应对骑兵对冲，火铳队与火炮队配合默契，堡垒防守队能独立应对小规模进攻；联合巡逻队每日巡查，未再发现准噶尔部的袭扰；西域五部均与咱们达成合作，准噶尔部已撤回中亚，边境百姓已能安心耕作，商道恢复畅通。”
王磊接到奏报时，正在辽东查看春耕情况。他看着奏报，脸上露出欣慰的笑容，对身边的亲卫说：“孙传庭不仅肃清了内陆残部，还筑牢了边境防线，甚至争取到了西域部落的支持，真是不负所望。”他随即提笔回信，对孙传庭予以嘉奖：“将军调度有方，练兵强防、震慑外敌、外联部落，三事皆成，功不可没。后续需继续加强训练，不可因暂时的平静而松懈；同时，落实与西域部落的互市政策，在肃州、甘州尽快开设互市口岸，让百姓与商人切实受益，进一步巩固联盟。本公下月将前往西北，亲自视察防务，与将军共商后续防御大计。”
五月初，王磊带着亲卫抵达兰州。孙传庭率麾下将领出城迎接，百姓们也自发地涌上街头，手持鲜花与锦旗，高呼“国公爷万岁”——自明军肃清残部、稳固边防后，西安至兰州的商道重新畅通，物资运输恢复正常，边境村落再也没有被袭扰，百姓终于能安心生产与生活，对王磊充满了感激。
在兰州校场，王磊观看了明军的战术合练——骑兵队冲锋如雷，火铳队射击如林，火炮队轰击精准，堡垒防守队反应迅速，四支部队配合默契，完全看不出是刚整合不久的部队。合练结束后，王磊走到士兵中间，拿起一把连发火铳，掂量了一下，对一名正在擦拭武器的年轻士兵说：“训练苦不苦？这火铳用着顺手吗？”
士兵挺直腰板，大声回答：“回国公爷，训练虽苦，但想到能保护家乡与百姓，就不觉得苦！这火铳威力大、装填快，用着特别顺手，有了它，就算准噶尔部的骑兵来再多，咱们也不怕！”
王磊满意地点头，对在场的将士们说：“各位将士，你们是西北的守护者，是中原百姓的屏障。准噶尔部虽暂时撤退，但野心未灭，未来仍可能卷土重来；西域部落虽与咱们结盟，但也需要咱们用实力与诚意来维系。你们的训练，不仅是为了守住当下的安宁，更是为了给天下百姓争取长久的太平。本公向你们保证，朝廷会永远记得你们的功劳，足额发放粮饷，照顾好你们的家人，让你们在前线作战时，没有后顾之忧！”
随后，王磊前往肃州，视察边境堡垒与惠民仓。在肃州堡垒上，他登上箭楼，拿起望远镜，望着远方连绵的戈壁与巍峨的嘉峪关，对身边的孙传庭说：“一座堡垒，不仅是军事防线，更是民心防线。咱们守住了边境，百姓才能安居乐业；百姓支持咱们，防线才能固若金汤。后续要在堡垒周边开垦荒地，组织士兵与百姓一起耕种，实现‘军粮部分自给’；同时，在互市口岸设立‘纠纷调解处’，及时解决汉人与西域部落百姓的贸易纠纷，让互市真正成为‘互利共赢’的桥梁。”
孙传庭躬身应道：“国公爷放心，末将定按您的指令行事，守住西北，不仅要筑牢军事防线，更要赢得民心与盟友，让西北成为咱们北伐最稳固的后方！”
离开西北前，王磊收到了洪承畴从锦州传来的消息：崇祯在京城内因粮饷断绝、军心涣散，已无力顾及边境，只能派太监前往各地催缴赋税，却遭到百姓的强烈反抗，不少地方官员已暗中与洪承畴联络，表达了归附之意。王磊知道，北伐的时机已越来越近，而西北的稳固，无疑为他增添了最坚实的底气。
返回锦州的路上，王磊望着窗外逐渐泛绿的田野，心中更加坚定了“先稳固四方，再挥师北伐”的决心。他知道，一统天下的道路还很长，未来还会遇到各种挑战，但只要像巩固西北这样，一步步解决问题，赢得民心与盟友，就一定能实现“天下太平、百姓安居乐业”的目标。