冯太后得知此事后，十分生气。她认为这是献文帝对自己权威的挑战。后来，拓跋弘因为提拔捏造罪证致使李奕等人被杀的李为尚书，参与国政。而献文帝自己却痴迷于佛法，无心过问政事。这一系列行为将冯太后积攒许久的怒气再次拔高。自此，冯太后对献文帝心灰意冷，开始利用自己的声威与势力逼迫献文帝交出皇位。
在冯太后的强大压力下，献文帝有意将皇位禅让给颇有声誉的叔父——拓跋子推。但此举遭到冯太后的强烈反对。无奈之下，他只好禅让给不满5岁的儿子—拓跋宏。此时的献文帝时年十八岁，被迫成了太上皇。
公元476年六月，因为已成为太上皇的献文帝并没有完全放弃手中的权力，阻碍了冯太后的出面执政。冯太后一怒之下，将献文帝强行软禁。随后，献文帝被鸩杀于平城永安殿。而后，被尊为太皇太后的冯太后再度临朝听政，成为北魏的政治核心。
再次临朝听政的冯太后，已过而立之年。此时的她，无论才识、气度还是政治经验，都更加成熟了。献文帝死后，官吏贪残，民众反叛，使得北魏统治阶层面临前所未有的威胁。为了北魏的长治久安，也为了巩固自己的权力地位，冯太后恩威兼施，充分施展了她高超的政治智慧和政治才干。
首先，冯太后决定从整顿吏治入手。她深知官吏的腐败是导致社会动荡的重要原因之一。于是，她下令严厉打击贪污腐败行为，对那些贪污受贿的官员毫不留情地进行惩处。她除掉了朝廷内人人痛恨的贪官李欣和当初诬死宠臣李奕的李，树立了朝廷整顿吏治的良好形象。与此同时，冯太后对那些没有政治野心的贤臣巧妙安抚，给予他们充分的信任和支持。此外，她还特别注意培养扶植一些贤能之士做亲信，形成一个效忠于她的领导核心。
在冯太后任用的领导集团中，不光有拓跋氏贵族，也有汉族名士和内廷宦官。她深知不同阶层的人才都有其独特的优势和价值，只有将他们团结在一起，才能更好地为北魏的发展服务。而其中不乏有人又再次成为她的宠幸之臣。只是，冯太后对他们任以要职，委为心腹后，这些人也多成为她政治上的得力帮手和股肱之臣。
除此之外，因为宦官供事宫中，生活在帝妃周围的特性，冯太后将其中有才干的提拔为亲信，形成了“居中用事”的局面。可是聪明如她，虽然放权给宦官，却对其行为作出严格的限制。所以，在她掌控朝纲期间，并没有发生宦官专权，胁迫朝廷的现象。
冯太后一手培植起属于自己的政治集团，促使她的临朝专权取得了巨大成功。然而其中最为令人称道的是，冯太后除了运用高超的政治智慧和钢铁手腕稳定朝堂外，还对于北魏的政治、经济和社会风气进行了大刀阔斧的改革。
一直以来，由鲜卑族创立的北魏政权，其官吏并无俸禄，平日花销基本依靠贪污、掠夺和皇帝的随意赏赐。这种制度导致了官吏的腐败现象极为严重，百姓苦不堪言。为了解决这一问题，冯太后效仿两汉魏晋旧制，下达了“班俸禄”诏书。规定从朝廷到地方的各级官员，都由国家统一发放俸禄。同时，她还制定了严格的法律，对贪污受贿的官员进行严厉惩处。这一举措有效地遏制了官吏的腐败行为，使得北魏的政治风气得到了明显改善。
在经济方面，冯太后颁布了“均田令”。当时，北魏的土地兼并现象十分严重，大量农民失去了土地，生活陷入困境。“均田令”的实施，将国家掌握的土地按照一定的标准分配给农民耕种。农民得到了土地，生产积极性大大提高，同时也加强了政府对经济、土地的控制，促进了北魏的经济发展。这一制度的颁布一直沿用到北齐、北周直至隋唐300多年，对中国古代社会的经济发展产生了深远的影响。
为了加强中央对地方的管理和人口控制，抑制地方豪强的发展，冯太后实施了“三长制”。规定五家为一邻，设邻长；五邻为一里，设里长；五里为一党，设党长。邻长、里长、党长合称三长，负责检查户口，催督租赋，征发徭役和兵役等。“三长制”的实施，使得北魏的基层组织得到了充实，加强了中央集权，提高了政府的行政效率。
此外，冯太后还大兴儒学等汉家思想。她深知儒学对于维护社会秩序、培养人才的重要性。于是，她下令在全国范围内兴办学校，推广儒学教育。她还亲自参与制定了一系列礼仪制度，以规范人们的行为举止。通过这些措施，冯太后进一步推动了拓跋氏的汉化过程，促进了民族融合。
在这场改革之中，冯太后以一个政治家、改革家的巨大勇气，冲破了传统观念的束缚，克服了重重困难，推动了北魏社会的进步。她的改革措施，为日后北魏孝文帝迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了坚实的基础。而孝文帝拓跋宏日后能进行轰轰烈烈的汉化改革，与祖母冯太后在身旁的影响有着巨大的关系。
在改革的过程中，冯太后并没有把小皇帝皇孙拓跋宏当做傀儡，反而是对他悉心培养。她让小小年纪的拓跋宏积极参与朝廷事务，培养他的政治才干。并且自己还亲自作了《劝戒歌》和《皇诰》，作为小皇帝的学习指南和行为准则。在冯太后的教导下，拓跋宏逐渐成长为一个有抱负、有才能的君主。孝文帝对祖母冯太后也是格外的孝顺，祖孙关系十分融洽。
经历了风风雨雨的冯太后，也许真是累了。最终在公元490年九月，她在自己49岁的年纪上，在平城皇宫的太和殿走完了自己的传奇一生。她死后，谥号文明太皇太后，也就是人们口耳相传的“文明太后”。
冯太后的一生，充满了传奇色彩。她从一个没落的皇族后裔，历经磨难，成为了北魏的太后，掌握了国家的最高权力。她凭借着自己的智慧和勇气，稳定了北魏的政局，推动了北魏的政治、经济和文化发展。她的改革措施，不仅促进了民族融合，也为中国历史的发展做出了重要贡献。她的故事，将永远被人们铭记在心中，成为中国古代历史上的一段佳话。