文华殿东暖阁，崇祯皇帝对侍立的司礼监掌印太监王承恩、兵部尚书、户部尚书吩咐道：
“扶桑新设，百事待举。然，首要者，在于定章程，明权限。**”
“一、着户部、兵部会同，速定《扶桑都护府钱粮则例》与《驻军粮饷奏销条例》。明确：都护府岁入（含田赋、商税、矿课），几成留用，几成解京；驻军饷银、粮秣，由何处起运，如何核销。此事，由陈子壮主理，多尔衮副署，但最终报部核定。**”（牢牢控制财政大权）
“二、告诉耿精忠，其麾下水师，一应补给、修船，仍走登莱水师渠道，定期向天津禀报。九州沿岸防务，需与陈子壮会商。”（保持水师相对独立，双向汇报）
“三、命吏部，此后都护府所属流官考核，需增加‘与都护协作’
一项，由多尔衮出具评语，但最终等第，由吏部定夺。”（赋予多尔衮部分人事建议权，但决定权在中央）
“四、给宋应星去函，其所请于九州设‘格物院’
分院之事，准。可先从勘探矿藏、绘制舆图着手。一应成果，直接报送工部与朕。”（技术情报渠道独立）
“五、谕令多尔衮：‘九州初附，民心未稳。当以抚慰为主，慎用刀兵。遇有大事，当与陈、耿二位副都护及诸流官协商办理，联衔上奏。’**”（明示集体决策、分权制衡原则）
这番安排，将扶桑都护府打造成了一个权力相互制约的机构。多尔衮拥有军事指挥权和最高名义，但行政、财政、人事、监察、情报等关键权力被分散并直接对中央负责，如同给他套上了无形的却坚实的锁链。
名护屋城都护府大堂，多尔衮端坐在都护主位之上，接受属官拜贺。他手持麟符，身着御赐蟒袍，威严无比。但当他看到下手分坐的陈子壮、耿精忠，以及那一排目光精明、举止有度的流官时，心中并无多少喜悦，反而升起一股沉重的压力。
他明白，崇祯皇帝给予了他荣耀和权力，但也给他设置了重重藩篱。他不再是那个在虾夷地和九州战场上可以独断专行的镇东将军了。如今，他每项命令，都需要考虑文官系统的配合，财政需要陈子壮的副署，与本土的联系受耿精忠的制约，甚至手下多了许多直接向北京汇报的“眼睛”。
“范先生，”晚间，他在密室中对范文程叹道，“陛下此举……是信不过我啊。”
范文程低声道：“王爷，此乃帝王常态。陛下既要用王爷之能，又要防王爷之势。如今局面，看似束缚，实为保全。王爷只需谨守臣节，办好差事，将这扶桑之地，治理得井井有条，陛下自然安心，王爷亦可永享富贵。”
多尔衮默然良久。他知道，自己已彻底被绑上了大明的战车，未来的命运，与这个扶桑都护府以及北京紫禁城里的那位皇帝，紧密相连。他必须在这权力的枷锁下，舞好这根沉重的权杖。
大明扶桑都护府的建立，标志着明朝对日战争的军事征服阶段基本结束，进入了更为复杂的统治消化阶段。九州岛上，明朝的屯田兵开始圈占土地，矿监深入山区勘察，市舶司的官吏在长崎清点货物、制定税则。