以及一千名炮兵和九千名后勤辅兵。
大军自西宁誓师出发，沿湟源、青海湖一线，踏上传统的入藏官道（唐蕃古道）。
沿途，他们得到了刚刚归附的和硕特蒙古各部的向导和物资支持，进展相对顺利。
陈奇瑜治军严整，大军浩浩荡荡，旌旗遮天。
他们的目标明确：拉萨。沿途土司、头人望风归附，提供乌拉差役（物资劳役）。
大军经过那曲时，与唐王朱聿键的使团汇合，获得了最新的拉萨情报。
面对这支装备精良、规模庞大、并代表着中央王朝正统的军队，拉萨的噶厦政府（由固始汗和格鲁派联合组建的临时机构）内部主和派彻底占据上风。
未等明军抵达，便已派出使者，携带哈达和礼物，前往迎接，表示恭顺。
第三把利剑，来自南方。
石柱宣慰使、指挥使马祥麟接到云南巡抚陈奇瑜转来的圣旨后，立即集结了五千白杆兵精锐，并汇合丽江木府提供的两千纳西族弩兵和三千辅兵，共一万人马，从云南丽江出发。
南路军的路线最为险峻，需要穿越横断山脉的万丈深渊和湍急江河，气候变幻莫测。
但白杆兵素以山地战闻名天下，克服了重重困难。
他们经中甸（香格里拉），过奔子栏，渡过金沙江，一路北上，进入了西藏东南的林芝（工布地区）。
他们的到来，有效地震慑了西藏东南地区（如波密、工布）可能存在的离心势力，并与来自东面的中路主力形成了战略呼应，确保了明军对全藏东南一角的控制。
崇祯八年秋，明军三路大军，如期实现了对西藏的战略合围。
曹变蛟的西路军，虎视眈眈地驻扎在阿里和日喀则西部。
梅之焕的中路主力与唐王朱聿键的使团，兵临拉萨城下，军容壮盛。
陈奇瑜、马祥麟的南路军，控制了林芝等地，保障了侧翼。
在如此强大的军事压力下，固始汗率先表示臣服，他深知已无法与明朝抗衡。
五世达赖喇嘛和四世班禅也再次上表，恳请“大皇帝陛下怜悯众生，早日息兵罢战，接受西藏僧俗的归顺”。
仍在日喀则困守的藏巴汗丹迥旺波，见大势已去，外无援军，内无斗志，最终在崇祯八年十月，开城向城外的明军投降。
至此，大明王师以三路并进之势，未经历大规模血战，便成功地完成了对西藏全境的军事控制。
崇祯八年冬，陈奇瑜、曹变蛟、马祥麟三将在拉萨城外胜利会师。
唐王朱聿键在布达拉宫前举行了盛大的受降仪式。
固始汗、达赖喇嘛、班禅喇嘛以及投降的藏巴汗（被押往北京）的代表，共同向大明皇帝的牌位行三跪九叩大礼。
崇祯皇帝接到捷报，下旨：
在拉萨设立“乌思藏都指挥使司”，陈奇瑜暂领都指挥使。
在日喀则、阿里、林芝等地设立卫所，屯驻军队。
册封五世达赖喇嘛、四世班禅为“大明护国弘教禅师”，确认其宗教领袖地位，但规定“政教分离，兵民分治”。
册封固始汗为“大明遵文行义承教护国汗”，但其权力被严格限制于青海，西藏军政大权收归朝廷派遣的驻藏大臣（由文官担任）和都指挥使。
日月浪涛旗，终于飘扬在了世界屋脊之上。
大明帝国通过这次宏大的多路进军，以前所未有的力度和深度，将西藏纳入了中央政府的直接管辖之下，奠定了此后数百年的疆域格局。
帝国的西南边陲，至此彻底安定。