针对境内尚未完全肃清的小股土匪和溃兵，孙传庭采取“精兵清剿”与“保甲联防”相结合的策略。
秦军以哨、队为单位，主动出击，清剿匪患，保护百姓的农业生产和财产安全。
这一过程，既锻炼了部队的实战能力，也彻底恢复了地方秩序。
由于表现出色且陕西战略地位日益重要，崇祯批准孙传庭将秦军从两万余人扩编至七万精锐。
新兵源很多是得到安置、心怀感激的本地青壮，忠诚度和士气很高。
同时，借助朝廷军工体系的支持，秦军的火器化率大幅提升至70%，装备了优质的燧发枪和轻型火炮，从一支以冷兵器为主的边军，蜕变为一支装备精良、步炮协同的新式军队。
这支军队扎根于西北，对当地情况了如指掌，且深得民心，成为稳固大后方的定海神针。
崇祯皇帝和孙传庭都深知，仅靠耐旱作物是治标，改善农业基础条件才是治本。
于是，在明末财政依然紧张的情况下，一项规模空前的水利兴修计划在陕西坚定不移地推进。
“打井万口”计划：在前期“打井五千口”成功经验的基础上，孙传庭动员军民，利用农闲时节，在关中平原、渭河谷地等地下水较为丰富的区域，又持续开凿了超过一万口灌溉水井。
这些水井配备了改进的畜力水车，极大增强了对干旱的抵抗能力，使得部分土地甚至可以实现小麦等精细作物的灌溉种植，提高了农业产值。
组织人力疏浚整修了郑国渠、白渠等古老灌渠的部分段落，虽然无法完全恢复汉唐盛况，但仍有效灌溉了数万顷良田。
在陕北等更为干旱的黄土高原地区，大力推广修建储水窖，雨季蓄水，旱季使用，解决了人畜饮水和小规模灌溉的难题。
这些水利工程，不仅直接提高了粮食产量，更深刻地改变了靠天吃饭的农业模式，增强了社会应对自然灾害的韧性，为陕西从“生存经济”向“发展经济”的缓慢转变奠定了基础。
至崇祯四年夏秋，陕西的面貌已然焕然一新：
社会秩序安定：大规模流民现象消失，土匪基本肃清，百姓安居乐业。
经济基础巩固：粮食产量稳步增长，不仅实现了自给自足，甚至偶有余粮可支援临近省份或军需。
军事力量强大：一支七万人、装备精良、士气高昂且深得民心的秦军牢牢掌控着西北局势。
战略地位转变：陕西不再是需要朝廷不断输血、时刻担心其爆发的“溃疡”，而是变成了进可支援山西、河南，退可屏护京畿的稳固战略后方和重要兵源基地。
这场持续数年的“西北深耕”，其意义不亚于任何一场辉煌的战役。
它从根本上扭转了帝国腹地的颓势，为崇祯即将发起的辽东决战，提供了一个稳定、可靠且拥有强大军力的战略大后方。
孙传庭以其卓越的治理能力，证明了皇帝“标本兼治”战略的正确性，也为他自己和这支强大的秦军，在未来的帝国格局中，赢得了不可替代的位置。