可就在此时，本源号的雷达突然探测到一股强烈的能量波动——混沌本源晶的内部，竟隐藏着一道巨大的黑色身影！身影的能量波动远超之前遇到的任何敌人，甚至比虚空之主与金色面具人（星能守护者）的能量总和还要强大！“那是什么？核心内部怎么会有如此强大的能量波动？”少年的声音带着恐惧，战舰的护罩开始剧烈闪烁，显然已无法承受核心内部的能量威压。
黑色身影缓缓从混沌本源晶中显现，它的体型高达百米，体表覆盖着层层叠叠的黑色鳞片，鳞片缝隙中流淌着金色与黑色交织的能量，头部的紫色眼眸散发着冰冷的光芒，正死死锁定着本源号。“是‘混沌本源之主’！星能文明记载中，混沌能量的原始主宰！”星能守护者的声音带着颤抖，“星能文明当年就是为了封印它，才在晶核中留下平衡符文，没想到它竟还活着！”
混沌本源之主发出一声震耳欲聋的嘶吼，一道黑色能量束从它口中射出，直刺本源号的舰体。“快避开！”陈玄大喊，少年立刻操控战舰转向，能量束擦着舰尾掠过，击中身后的混沌屏障，屏障瞬间破碎，无数混沌战士趁机冲入核心内部，将本源号团团包围。
陈玄握紧手中的光剑，双晶能量在体内疯狂涌动——他知道，这场战斗将是他们迄今为止最艰难的一战，若不能战胜混沌本源之主，不仅无法解开星能与混沌分离的秘密，整个宇宙都将被混沌能量吞噬。“苏璃，你用双晶能量强化战舰的护罩；星能守护者，你负责解析金色光芒中的平衡符文，寻找混沌本源之主的弱点；少年，你操控创世炮攻击混沌战士，为我们争取时间；我去牵制混沌本源之主！”
陈玄纵身跃出战舰，光剑带着双晶能量，直刺混沌本源之主的紫色眼眸。本源之主侧身避开，巨大的爪子带着黑色能量，拍向陈玄。他纵身跃起，光剑横扫，金紫能量刃击中本源之主的鳞片，却只留下一道浅浅的痕迹——这鳞片的硬度，远超他的想象！
“双晶能量对它的伤害有限！必须找到它的弱点！”陈玄心中清楚，继续硬拼只会徒劳消耗能量。他看向混沌本源之主的胸口，那里的鳞片颜色明显比其他部位更浅，且隐约能看到金色的平衡符文在闪烁——那里很可能就是本源之主的能量核心，也是平衡符文封印的关键位置！
“星能守护者！金色符文的能量如何引导？本源之主的弱点在胸口！”陈玄对着通讯器大喊，同时向本源之主的胸口冲去。星能守护者立刻回应：“将双晶能量注入金色符文！符文会引发晶核内部的平衡能量，暂时压制本源之主！但需要你靠近胸口，才能精准注入能量！”
陈玄咬紧牙关，避开本源之主的攻击，纵身跃向它的胸口。本源之主察觉到危险，大口一张，一道巨大的黑色能量漩涡在它口中形成，试图将陈玄吸入。“星核本源?双晶盾！”陈玄将双晶能量凝聚成一道护盾，挡住漩涡的吸力，同时将光剑的能量全部注入，一剑刺向本源之主胸口的金色符文。
“噗嗤——”光剑刺入鳞片，金色符文瞬间爆发出强烈的光芒，本源之主发出一声痛苦的嘶吼，身体剧烈震颤，黑色能量从它体内喷涌而出，周围的混沌战士瞬间被能量吞噬，化为飞灰。可就在此时，混沌本源晶核心突然开始剧烈坍塌，空间出现无数道裂缝，仿佛随时会彻底崩溃。
“核心要塌了！快离开这里！”苏璃的声音带着焦急，本源号已突破混沌战士的包围，在核心外等待陈玄。陈玄趁机拔出光剑，纵身跃向本源号，可就在他即将登上战舰时，混沌本源之主突然伸出爪子，抓住了他的脚踝，将他向核心深处拖去。“我不会让你们离开！我要让整个宇宙陪我一起毁灭！”
“陈玄！”苏璃与少年的声音带着绝望，试图操控战舰靠近救援，却被核心坍塌的能量波挡住。陈玄体内的双晶能量已彻底耗尽，只能眼睁睁看着自己被拖向核心深处。可就在此时，他手中的黑色结晶碎片突然爆发出金色光芒，光芒与本源之主胸口的金色符文产生强烈共鸣，本源之主的爪子突然松开，身体剧烈抽搐，显然被共鸣能量压制。
陈玄抓住机会，纵身跃回本源号。本源号立刻加速，冲出混沌本源晶核心，向混沌本源域的外围疾驰。当战舰远离核心时，身后传来一声巨大的爆炸，混沌本源晶核心彻底坍塌，化为一片巨大的混沌能量云，混沌本源之主的嘶吼声也逐渐消散在能量云中。
陈玄瘫坐在舰桥的地板上，体内的能量已彻底耗尽，可他的心中却没有丝毫放松——混沌本源之主虽被核心坍塌暂时压制，但并未彻底消灭，且核心坍塌后，大量混沌能量向宇宙中扩散，新的危机已在悄然酝酿。他看向手中的黑色结晶碎片，碎片的金色光芒仍在闪烁，表面浮现出一道新的星能符文——这道符文，与星能传承水晶中记载的“宇宙平衡符文”一模一样，显然是解开星能与混沌分离秘密的关键。
“根据碎片新浮现的符文，星能文明当年为了维持宇宙平衡，将星能与混沌的核心能量分别封印在星能本源域与混沌本源域，可后来因某种原因，混沌核心的封印出现松动，才导致暗星深渊的混沌核心分离，引发一系列危机。”星能守护者的声音带着疲惫，他看着碎片上的符文，“若想彻底解决混沌危机，必须找到星能文明留下的‘宇宙平衡阵’，重新加固两个本源域的封印，而平衡阵的线索，很可能藏在星能传承水晶中未被解析的部分。”