危机的警钟，以远比黄金航行更快的速度，通过电波的传递，率先抵达了帝国的心脏——南京。
当顾昭从那份翻译过来的、字字泣血的电报中，读到“无名之疫”与“已折损我部数百人”时，一种比当年在山海关。
他知道，他最担心的事情，终究还是发生了。大航海时代，从来不是温情脉脉的诗与远方，它是文明的碰撞，是财富的掠夺，也是病毒的交换。印第安人曾经面对的灭族之灾，如今，已经以一种更加凶猛的方式，敲响了大明帝国的大门。
但顾昭，从来不是一个会在危机面前退缩的人。在他的字典里，危机，往往意味着机遇。
仅仅在收到电报的两个时辰之后，一个史无前例的机构，便以雷霆万钧之势，宣告成立——“帝国紧急防疫委员会”。
由工部尚书、帝国首席工程师孙元化，以及西山医学院的院长，一名来自佛罗伦萨的、对欧洲黑死病有着深入研究的医生——安东尼奥，共同领衔。委员会被授予了几乎不受限制的权力，可以调动帝国所有的医疗、海军、以及情报资源，以应对这场迫在眉睫的、看不见的战争。
然而，顾昭明白，仅仅依靠行政命令，是无法战胜这场危机的。真正的力量，源自于民众的理解与支持。他没有选择封锁消息，制造信息壁垒，因为他深知，未知所带来的恐慌，远比病毒本身更加致命。
他做出了一个让所有旧时代官僚都为之瞠目结舌的决定——公开一切。
三日后，《皇家日报》的头版头条，刊登了一篇由护国主顾昭亲自撰写的署名文章。
其标题，足以让整个帝国为之震动——《告全体公民书：我们与未知的战争》。
在这篇文章中，顾昭以一种前所未有的、坦诚到近乎残酷的笔触，将环球舰队在美洲的遭遇，原原本本地公之于众。他没有丝毫隐瞒黄金的发现，更没有丝毫粉饰瘟疫的恐怖。
他第一次，用最通俗易懂的语言，向全体国民，普及了来自另一个时空的科学概念。
“……在我们的世界中，除了我们肉眼可见的鸟兽鱼虫，还存在着一个我们无法看见的、充满了无数微小生灵的世界。朕愿称其为‘微生物’。它们中的一些，与我们和平共处；而另一些，则如同最凶残的虎狼，一旦侵入我们的身体，便会引发疾病，朕称其为‘病毒’。”
“我英勇的将士，在为帝国带回无尽财富的同时，也遭遇了来自新大陆的、一种我们前所未闻的‘病毒’。我们的身体，对于这种陌生的敌人，尚未形成有效的防御之法，朕称其为‘免疫’。这，便是我等面临的无名之疫的根源。”
“……恐惧源于未知，而科学，则是刺破未知的唯一利剑。朕在此，不为安抚，只为告知。朕要求每一位公民，从今日起，学习并严格遵守西山医学院颁布的《卫生防疫条例》，勤洗手，饮开水，不食生冷。这不是懦弱，这是我们作为一个文明整体，对抗未知敌人的第一道防线。”
这篇文章，如同一颗投入平静湖面的巨石，激起了整个社会的滔天巨浪。有过天花之灾惨痛经历的民众，在最初的恐慌之后，更多地是被顾昭那坦诚的态度，和文章中展现出的、那种被称为“科学”的、强大而理性的力量所折服。
一种全民动员的、紧张而有序的气氛，开始在帝国上下悄然形成。
而就在这股由危机催生出的、对“科学”的巨大关注，达到舆论最高点的时刻，顾昭，趁热打铁，抛出了他真正的、酝酿已久的宏伟蓝图。
南京，钦天监旧址。
这座曾经服务于皇权，用以观测星象、预言吉凶的古老建筑群，如今已被彻底清空。取而代之的，是一片热火朝天的巨大工地。
就在工地的中央，一场简朴而又无比庄严的奠基仪式，正在举行。
一块巨大的、由整块花岗岩雕琢而成的奠基石，被巨大的起重机缓缓吊起，准备嵌入地基。
而在奠基石前，站着一群足以代表这个时代、这个国家所有顶尖智慧的人物。
护国主，顾昭。他的身边，是满头白发，但精神矍铄的孙元化；是刚刚从民间被请来，神情还有些局促的《天工开物》的作者，宋应星；是金发碧眼，身穿大明官服的耶稣会士，汤若望；是来自英国的战俘，如今却被奉为座上宾的蒸汽机工程师，爱德华；还有首席大法官常宇，西山医学院院长等人……
他们代表着中、西、新、旧，代表着工程、物理、化学、天文、法律、医学……这个国家所有最聪明的头脑，在这一刻，都汇聚于此。
在万众瞩目之下，顾昭走上前台。他没有拿讲稿，只是环视着眼前的众人，以及更远处那些闻讯而来的、黑压压的市民。他的声音，通过一个原始的、利用共振原理制造的扩音器，清晰地传遍了整个广场。
“诸位，我们脚下的这片土地，曾是大明最神秘的地方之一——钦天监。在这里，我们的祖先，用肉眼和最原始的仪器，窥探着星空的奥秘，并试图从中，找到国家的命运。”
“他们的精神，值得尊敬。但他们的方法，已经落后于这个时代。”
顾昭的声音，陡然拔高，充满了斩钉截铁的力量。
“三百年前，当郑和的宝船在印度洋上宣扬国威之时，我们错过了继续向西，发现整个世界的机会，我们错过了海洋！一百年前，当利玛窦和徐光启合译《几何原本》之时，我们与一个名为‘科学’的、能够解释世界万物运行规律的伟大工具，擦肩而过！”
他的话，如同重锤，敲击在每一个人的心上。
“今天！就在这里！在这片曾经只为皇权服务的土地上！我要以中华护国主的名义，将原本松散的西山书院、军械总局、制图总局、医学院等所有研究机构，正式整合，成立一个属于这个国家的、至高无上的科研殿堂——大明国家科学院！”
他停顿了一下，目光如炬，扫过全场。