盆地状的千年古都被比叡山、东山、岚山三面环抱，鸭川与桂川在二条城外汇成dNA双螺旋状的水网。棋盘式街道暗合长安城108坊布局，每处十字路口地下十米都埋着武周时期的青铜浑天仪——这是则天会布设的克隆基地坐标节点。
东山苔寺青苔在月光下泛着生物电流的幽蓝，每片苔藓都是活体传感器。当美咲的胎记靠近时，苔庭会浮现出杨贵妃手书的《霓裳羽衣曲》基因谱。
哲学之道两公里樱树隧道实为时空褶皱，树干内嵌着液态水晶导管。飘落的花瓣带有磁悬浮属性，会在子夜排列成遣唐使星图。
岚山竹海三十万根孟宗竹构成天然法拉第笼，竹节里生长着初代克隆体培育舱。竹叶摩擦声实为摩斯电码，重复发送\"玉环永生\"的警告。
只园町屋看似传统的木格子窗棂实为碳纳米管编织，障子纸能显示全息能剧。地窖里藏着昭和时期改造的低温克隆舱，制冷剂是提炼自贵妃香囊的龙脑晶。
京都塔量子站1964年建造的针状塔实为时空锚点，玻璃幕墙在暴雨夜会投射出平安京全息影像。地下200米藏着与骊山地宫相连的虫洞发生器。
伏见稻荷千本鸟居上万座朱红牌坊构成生物电路板，当林深的北斗七星痣触碰到特定鸟居时，会打开通往公元759年难波津的量子隧道。
黄昏时东山涌起的蓝紫色暮霭，实则是克隆体排放的端粒酶废气。
町屋纸灯笼内置生物荧光，光源来自基因改造过的萤火虫卵巢。
鸭川水面漂浮着武周时期的青铜镜残片，折射出多重时空叠影。
清水寺钟声混着纳米虫振翅的20hz次声波。
先斗町木屐声被青石板下的压力传感器转化为基因测序指令。
鞍马山瀑布隐藏着水锤泵机房，轰鸣声与杨贵妃克隆体的心跳同频。
银阁寺墙泥掺着玄宗年间龙涎香冻干粉，遇雨水蒸腾出致幻剂。
锦市场昆布摊下埋着挥发永生酶的黑市反应釜。
下鸭神社糺之森弥漫的腐殖质气息，实为克隆体代谢的端粒碎片。
在每月朔日（新月）的丑时三刻：
四条大桥石柱浮现出甲骨文刻的克隆体编号。
二条城唐门自动解体重组为武周时期通天宫阙。