在埃及吉萨高地，装置甚至尝试反向抽取科学家的能量，并模拟出虚假的“净化成功”信号，险些让小队误判形势。
这些事件清晰地表明，“净化舰队”的渗透是系统性的、多层次的，其技术手段阴险而难缠。联合净化行动虽然清除了一批已发现的威胁，但过程艰难，且对“星之纽带”的复苏造成了一定的负面影响。更重要的是，谁也无法保证，是否还有更深层、更隐蔽的威胁尚未被发现。
科学特搜队总部，医疗中心旁的观察室内。
早田进在接受了光之国银十字军医疗官的初步治疗后，身体恢复速度加快，已经可以自由活动。他站在窗前，望着远处正在清理废墟的城市，眉头微蹙。他并非通过仪器，而是凭借那种日益清晰的、与地球本身的深层联系，隐约感知到了全球几个主要能量节点在净化过程中传来的“痛苦”波动。
“就像……身体里的寄生虫被强行拔除，虽然必要，但总会伤及元气……”他喃喃自语。
他的手下意识地伸进口袋，握住了那枚冰冷的贝塔胶囊。这一次，当全球能量网络因净化行动而产生波动时，他清晰地感觉到，胶囊深处那丝微弱的悸动，也随之变得急促了一些，仿佛一个沉睡的意识，被外界的“疼痛”所惊扰。
更让他感到奇异的是，他发现自己似乎能稍微引导自身那微弱的精神力，去“安抚”胶囊内那丝悸动。当他静心凝神，尝试将一种“平静”、“愈合”的意念传递过去时，那悸动竟然真的慢慢平缓了下来，并且，一种微弱的、带着暖意的反馈，仿佛逆流而上，轻轻触碰了他的意识一下。
这种互动极其细微，转瞬即逝，却让早田进心中巨震。
贝塔胶囊……真的在“活”过来！而且，这种“活”，似乎与地球能量网络的状态息息相关！
一个大胆的猜想在他心中形成：难道贝塔胶囊的“复苏”，需要吸收的不是光能，而是……地球“星之纽带”这种独特的、蕴含生命与星球意志的能量？
他将这个发现悄悄告诉了前来探望的矢的猛（爱迪）和未来（梦比优斯）。两人听后都感到十分惊讶。
“与星球能量共鸣而复苏……”矢的猛（爱迪）推了推眼镜，陷入深思，“这确实超出了光之国对能量武器的常规认知。如果真是这样，那么早田前辈你和贝塔胶囊，或许将成为我们理解乃至修复‘星之纽带’的关键。”
未来（梦比优斯）则充满希望：“早田前辈，如果贝塔胶囊能恢复，那是不是意味着……”
早田进摇了摇头，目光望向远方：“现在说这些还太早。而且，即使它能恢复，恐怕……也不再是以前的样子了。”他感觉到，一种新的、未知的可能性，正在他和这枚胶囊之间悄然萌芽。
就在地球方面忙于清理内部隐患、探索新的可能时，太阳系外围的黑暗中，新的威胁正在酝酿。
那些成功逃脱了首次净化、或者尚未被发现的间谍装置，在接收到“净化舰队”主力传来的新指令后，纷纷改变了策略，进入了更深度的潜伏状态。它们不再主动吸收能量或发送信号，而是将自身形态进一步“拟态化”，几乎完全模拟成“星之纽带”能量脉络的一部分，同时，开始以极其缓慢的速度，释放一种并非用于侦察、而是用于潜移默化影响周边生物圈与地磁环境的特殊信息素。
这种影响细微到难以察觉，短期内或许只是让某些动物的行为出现极其细微的异常，或者让局部地区的植物生长模式发生难以解释的偏转。但其长期目标，显然是试图从生态层面，逐步扭曲地球的生命形态，使其向着某种符合“净化舰队”需求的方向“演化”。
“种子播种”计划的第二阶段——深度渗透与社会结构解析，已然在无人察觉的暗处，悄然启动。盟约的力量带来了希望，但敌人无声的侵蚀，也同样无孔不入。净化行动清除了表面的毒疮，却未能根除深植于肌理的菌丝。光明与黑暗的较量，进入了更加复杂、更加考验耐心与智慧的相持阶段。地球的新生之路，注定荆棘密布。