朱棣那道恩威并施、如同紧箍咒般的圣旨，如同一道冰冷的符箓，悬于凌云和整个南洋体系的头顶。它既是无上的信任，也是无形的枷锁。朝堂的波澜暂时被强力压下，但吕宋基地内的空气，却因此变得更加凝练、更加务实，甚至带着一丝压抑的紧迫感。
没有时间庆祝擢升，更没有时间沉湎于过去的伤痛或抱怨皇帝的猜忌。凌云深知，那“三年之期”和钦差行辕，就是悬在头顶的达摩克利斯之剑。他必须在这有限的时间里，拿出实实在在、无可辩驳的成果，才能赢得真正的主动权。
整个南洋，如同一张被拉满的强弓，进入了前所未有的高速运转状态。
格物院南洋军工研造司（简称“南工院”）成为了绝对的核心。陈默被正式任命为院判，统领所有技术研发。凌云将缴获的所有技术样本、图纸、数据，以及从苍梧大陆带回的每一片晶体碎屑、每一段记忆中的结构细节，全部向“南工院”无条件开放。同时，来自帝国本土工部、钦天监乃至民间被征召的能工巧匠，也开始源源不断汇入吕宋，充实着研究力量。
研究的重点，聚焦于几个核心方向：
1.“熔炉”能源的逆向与替代：直接复制“圣主”的能源核心几乎不可能，其材料学和基础物理理论远超当前水平。陈默带领团队转变思路，尝试理解其能量释放原理，并以此为指导，改进现有的蒸汽动力和正在起步的电力系统。他们设计出了更高压力、更高热效率的舰用锅炉，并开始小规模试验基于电磁感应的原始发电机和电动机，试图在能量“质”无法突破的情况下，先提升“量”与“效”。
2.“幽蓝炮”的解析与防御：对能量武器残骸的分析表明，其本质是一种高能粒子流或等离子束。短期内无法复制，但防御研究取得了进展。通过反复试验，他们发现特定厚度和角度的复合装甲（钢甲夹层陶瓷或特殊石棉），配合主动式水幕喷雾系统，能有效削弱能量武器的穿透和烧蚀效果。各主力战舰开始根据这一成果，进行紧急的装甲升级改造。
3.“幽灵船”的追踪与反制：针对其高机动性和隐匿性，“南工院”改进了水下听音器（被动声呐雏形）和磁性异常探测器，并开始研发基于触发引信的水雷和火箭助推深弹，力求在敌方高速舰艇靠近前予以拦截或威慑。
4.“星辉”与“格物”的融合：玄玑子与静尘并未离开，他们成为了“南工院”的特殊顾问。玄玑子尝试将道门对“气”与“场”的理解，融入到能量探测和屏蔽装置的设计中，虽然看似玄奥，却在几次模拟测试中，意外地提升了探测器对特定能量波动的敏感度。静尘则协助筛选和培养心智坚定、不易受精神干扰的技术人员和士兵，并参与设计了一些用于稳定心神、提升注意力的训练方法。
就在“南工院”埋头攻坚的同时，军事改革也在同步进行。
凌云亲自操刀，以远征血战的经验教训为蓝本，重新编练南洋新军。
·陆军：摒弃旧式密集阵型，强调散兵线、火力协同与土木作业。新成立的“神机营”开始批量换装后装线膛击发枪（虽然故障率仍高，但射程和精度远超燧发枪），并配备了轻型迫击炮和手榴弹。
·海军：新的战舰设计图纸已经出炉，代号“破浪2型”。它拥有更优化的水线、更强的装甲（特别是针对能量武器的防御）、更密集的副炮群，以及计划中的、更强大的蒸汽轮机（如果研发成功）。现有的“定远号”等主力舰，也在进行相应的现代化改装。