李元婴和蒋王李恽都喜好聚敛财物，高宗曾赏赐诸王每人五百段丝帛，唯独没有赏赐他们二人，下诏说：“滕王叔叔、蒋王哥哥自己能够经营家业，不需要赏赐财物；赐给两车麻，用来串钱。”二王感到非常惭愧。
秋季七月，西突厥沙钵罗可汗侵犯庭州，攻陷金岭城和蒲类县，杀害掠夺几千人。高宗下诏任命左武候大将军梁建方、右骁卫大将军契苾何力为弓月道行军总管，右骁卫将军高德逸、右武候将军薛孤吴仁为副总管，征调秦、成、岐、雍四府的兵力三万人以及回纥骑兵五万人前往讨伐。
癸巳日，高宗下诏让各位礼官、学士商议明堂制度，决定以高祖配祭五天帝，太宗配祭五人帝。
八月己巳日，任命于志宁为左仆射，张行成为右仆射，高季辅为侍中；于志宁、张行成仍保留同中书门下三品的头衔。
己卯日，郎州白水蛮反叛，侵犯麻州，高宗派遣左领军将军赵孝祖等人发兵讨伐。
九月癸巳日，废除玉华宫，改为佛寺。戊戌日，将九成宫改名为万年宫。
庚戌日，左武候引驾卢文操翻墙盗窃左藏库的财物，高宗认为引驾的职责是纠察违纪行为，卢文操却自己偷盗，下令将他处死。谏议大夫萧钧劝谏说：“卢文操的罪行确实难以宽恕，但按照法律还不至于处死。”高宗于是赦免了卢文操的死罪，对侍臣说：“这才是真正的谏议大夫啊！”闰九月，长孙无忌等人献上删定后的律令格式，甲戌日，高宗下诏向全国颁布。
高宗对宰相说：“听说各地官员办事时还在相互顾念情面，大多不能秉公处理。”长孙无忌回答说：“这不敢说没有；但肆意徇私枉法，确实也没人敢做。至于稍微照顾点人情，恐怕陛下也难免会有。”长孙无忌以元舅的身份辅佐朝政，凡是他所说的话，高宗无不赞许采纳。
冬季十一月辛酉日，高宗前往南郊祭祀。
癸酉日，高宗下诏：“从今往后，京官及外州官员有进献鹰隼、犬马的，论罪惩处。”
戊寅日，特浪羌首领董悉奉求、辟惠羌首领卜檐莫各自率领本部落一万多户前往茂州归附唐朝。
窦州、义州蛮族首领李宝诚等人反叛，桂州都督刘伯英率军讨伐平定。
郎州道总管赵孝祖征讨白水蛮，蛮族首领秃磨蒲及俭弥于率领部众占据险要地势抵抗，赵孝祖将他们全部击杀。恰逢大雪，蛮族百姓饥寒交迫，几乎死亡殆尽。赵孝祖上奏说：“贞观年间讨伐昆州乌蛮，开始设置青蛉、弄栋二州。弄栋以西有小勃弄、大勃弄两条河流域，当地蛮族常常煽动诱惑弄栋蛮族，企图让他们反叛。勃弄以西与黄瓜、叶榆、西洱河相连，人口稠密、物产丰富，比蜀川还多，没有统一的大首领，喜好结仇斗殴。如今借着击败白水蛮的兵力，请允许我顺便征讨四方蛮族，安抚平定他们。”高宗下诏批准。
十二月壬子日，处月部落的朱邪孤注杀死招慰使单道惠，与突厥阿史那贺鲁勾结。
这一年，百济派遣使者入朝进贡，高宗告诫他们：“不要与新罗、高丽相互攻伐，否则，我将发兵讨伐你们。”
永徽三年（壬子年，公元652年）
春季正月己未朔日，吐谷浑、新罗、高丽、百济一同派遣使者入朝进贡。
癸亥日，梁建方、契苾何力等人在牢山大败处月部落的朱邪孤注。朱邪孤注连夜逃跑，梁建方派副总管高德逸率领轻骑兵追击，行军五百多里，生擒朱邪孤注，斩首九千级。军队返回后，御史弹劾梁建方兵力足以继续追击却逗留不前；高德逸奉诏购买马匹时，擅自挑选优良骏马。高宗因梁建方等人有功，不予追究。大理卿李道裕上奏说：“高德逸挑选的马匹，体力异常强健，请纳入宫中马厩。”高宗对侍臣说：“李道裕是司法官员，进献马匹并非他的本职，却妄图迎合我的心意；难道是我做事不能让臣下信任吗！我正在自我反省，所以不再贬黜李道裕了。”
己巳日，任命同州刺史褚遂良为吏部尚书、同中书门下三品。
丙子日，高宗祭祀太庙；丁亥日，祭祀先农神，亲自耕种籍田。
二月甲寅日，高宗登上安福门楼，观看百戏表演。乙卯日，高宗对侍臣说：“昨天登楼，是想观察民情风俗的奢侈与节俭，并非为了欣赏歌舞。我听说胡人擅长击鞠之戏，曾想观看一次。昨天刚登楼，就有一群胡人前来击鞠，想必是认为我酷爱此戏。帝王的一举一动，岂能轻率随意。我已经焚毁了鞠，希望杜绝胡人的窥探之心，也借此自我告诫。”
三月辛巳日，任命宇文节为侍中，柳奭为中书令，任命兵部侍郎三原人韩瑷代理黄门侍郎、同中书门下三品。
夏季四月，赵孝祖大败西南蛮族，斩杀小勃弄酋长殁盛，生擒大勃弄酋长杨承颠。其余蛮族部众都聚集在险要之地固守，大的部落有几万人，小的有几千人，赵孝祖将他们全部击败降服，西南蛮族于是平定。
甲午日，澧州刺史彭思王李元则去世。
六月戊申日，派遣兵部尚书崔敦礼等人率领并州、汾州的步兵骑兵一万人前往茂州，征调薛延陀残余部众渡过黄河，设置祁连州安置他们。
秋季七月丁巳日，立陈王李忠为皇太子，大赦天下。王皇后没有儿子，柳奭为皇后谋划，因李忠的母亲刘氏地位卑微，劝皇后立李忠为太子，希望他能亲近自己；对外则暗示长孙无忌等人向高宗请求。高宗采纳了这个建议。乙丑日，任命于志宁兼任太子少师，张行成兼任太子少傅，高季辅兼任太子少保。
丁丑日，高宗问户部尚书高履行：“去年新增户籍多少？”高履行上奏：“去年新增户籍总计十五万。”高宗又询问隋代和现在的户籍数，高履行上奏：“隋代开皇年间，户籍有八百七十万，如今户籍有三百八十万。”高履行是高士廉的儿子。
九月，代理中书侍郎来济担任同中书门下三品。
冬季十一月庚寅日，弘化长公主从吐谷浑前来朝见。
癸巳日，濮恭王李泰在均州去世。
散骑常侍房遗爱娶太宗之女高阳公主为妻，公主十分骄横放纵。房玄龄去世后，公主教唆房遗爱与兄长房遗直分家析产，不久又诬告房遗直。房遗直亲自上书辩解，太宗严厉责备了公主，从此公主的宠爱衰减，心中郁郁不乐。恰逢御史弹劾盗窃案，查获僧人辩机的珍宝枕头，据称是公主所赠。经查，公主与辩机私通，赠送的财物数以亿计，还另外派了两名女子侍奉房遗爱。太宗大怒，将辩机腰斩，杀死奴婢十多人；公主更加怨恨，太宗去世时，她毫无悲伤之色。高宗即位后，公主又让房遗爱与房遗直相互诉讼，房遗爱因此被外放为房州刺史，房遗直为隰州刺史。此外，僧人智勖等人多次私下侍奉公主，公主让掖庭令陈玄运窥探宫廷中的吉凶征兆。
此前，驸马都尉薛万彻因事被削除官爵，流放宁州担任刺史，入朝时与房遗爱关系亲密，曾对房遗爱表达怨恨之情，还说：“如今我虽然脚有残疾，但如果留在京师，那些鼠辈还不敢轻举妄动。”并与房遗爱谋划：“如果国家发生变故，就尊奉司徒荆王李元景为君主。”李元景的女儿嫁给房遗爱的弟弟房遗则，因此李元景与房遗爱往来密切。李元景曾自称梦见自己手持日月。驸马都尉柴令武是柴绍的儿子，娶巴陵公主为妻，被任命为卫州刺史，却借口公主生病留在京师求医，趁机与房遗爱相互勾结谋划。高阳公主企图罢黜房遗直，夺取他的封爵，派人诬告房遗直对自己无礼。房遗直也上书告发房遗爱和公主的罪行，说：“他们罪孽深重，恐怕会连累我们家族。”高宗命令长孙无忌审理此案，又查出房遗爱和公主谋反的证据。
司空、安州都督吴王李恪的母亲是隋炀帝的女儿。李恪文武双全，太宗常认为他像自己，曾想立他为太子，因长孙无忌坚决反对而作罢，因此李恪与长孙无忌结怨。李恪的名望一向很高，深受众人拥戴，长孙无忌十分忌恨他，想借此事诛杀李恪以断绝众人的期望。房遗爱得知后，便谎称与李恪同谋，希望能像纥干承基那样免死。
永徽四年（癸丑年，公元653年）
春季二月甲申日，高宗下诏将房遗爱、薛万彻、柴令武全部斩首，李元景、李恪、高阳公主、巴陵公主一同赐死。高宗私下对侍臣说：“荆王是我的叔父，吴王是我的兄长，我想赦免他们的死罪，可以吗？”兵部尚书崔敦礼认为不行，于是将他们处死。薛万彻临刑前大声喊道：“薛万彻是顶天立地的勇士，留下我为国家效命，难道不好吗？竟然因房遗爱而被杀！”吴王李恪临死前骂道：“长孙无忌擅自玩弄权术，陷害忠良，祖宗有灵，应当不久就会将他灭族！”
乙酉日，侍中兼太子詹事宇文节，特进、太常卿江夏王李道宗，左骁卫大将军驸马都尉执失思力，都因与房遗爱交往而获罪，流放岭南。宇文节与房遗爱关系亲密，房遗爱入狱后，宇文节多次为他说情。江夏王李道宗一向与长孙无忌、褚遂良不和，因此都被治罪。戊子日，将李恪的同母弟弟蜀王李愔废为庶人，安置在巴州；房遗直贬为春州铜陵尉，薛万彻的弟弟薛万备流放交州；停止房玄龄配享太宗庙庭的待遇。
任命开府仪同三司李积为司空。
起初，林邑王范头利去世，儿子真龙即位，大臣伽独杀死真龙，诛灭了范氏家族。伽独自立为王，国人不服，于是立范头利的女婿婆罗门为王。国人都思念范氏，又罢黜婆罗门，立范头利的女儿为王。女王无法治理国家，有个叫诸葛地的人，是范头利姑母的儿子，父亲被范头利杀害，他向南逃奔真腊。大臣可伦翁定派遣使者将他迎回并拥立为王，把女王嫁给她，民众才安定下来。夏季四月戊子日，诸葛地派遣使者入朝进贡。
秋季九月壬戌日，右仆射北平定公张行成去世。甲戌日，任命褚遂良为右仆射，仍担任同中书门下三品，兼管选拔官员之事。
冬季十月庚子日，高宗前往骊山温泉；乙巳日，返回宫中。
起初，睦州女子陈硕贞用妖言迷惑民众，与妹夫章叔胤起兵反叛，自称文佳皇帝，任命章叔胤为仆射。甲子日夜，章叔胤率领部众攻打桐庐，将其攻陷。陈硕贞撞钟焚香，率领两千士兵攻陷睦州及於潜，进攻歙州未能攻克。高宗下诏命扬州刺史房仁裕发兵讨伐。陈硕贞派遣部将童文宝率领四千人侵犯婺州，刺史崔义玄发兵抵抗。民间传言陈硕贞有神力，触犯她军队的人必遭灭族，士兵们十分恐惧。司功参军崔玄籍说：“起兵凭借正义尚且难以成功，何况依靠妖术虚妄之说，岂能长久！”崔义玄任命崔玄籍为前锋，亲自率领州兵随后跟进，到达下淮戍时，遭遇叛军，双方交战。身边的人用盾牌掩护崔义玄，崔义玄说：“刺史躲避箭矢，士兵们谁还肯拼死作战！”下令撤去盾牌。于是士兵们奋勇争先，叛军大败，斩首数千级。崔义玄允许残余叛军投降；进军到睦州境内，投降的叛军数以万计。十一月庚戌日，房仁裕的军队赶到，与崔义玄会合，擒获陈硕贞、章叔胤，将他们斩首，残余叛军全部平定。崔义玄因功被任命为御史大夫。
癸丑日，任命兵部尚书崔敦礼为侍中。
十二月庚子日，侍中蓚宪公高季辅去世。
这一年，西突厥乙毗咄陆可汗去世，他的儿子颉苾达度设号称真珠叶护，开始与沙钵罗可汗产生矛盾，与五弩失毕部落一同攻打沙钵罗可汗，将其击败，斩首一千多级。
永徽五年（甲寅年，公元654年）
春季正月壬戌日，羌人首领冻就归附唐朝，朝廷在其辖地设置剑州。
三月戊午日，高宗前往万年宫。
庚申日，追赠武德年间的功臣屈突通等十三人官职。
起初，王皇后没有儿子，萧淑妃受到宠爱，王皇后十分忌恨。高宗做太子时，入宫侍奉太宗，见到才人武氏便心生喜爱。太宗去世后，武氏随同众妃嫔前往感业寺削发为尼。太宗的忌日，高宗前往感业寺上香，见到武氏，武氏哭泣，高宗也为之落泪。王皇后得知后，暗中让武氏留发，劝高宗将她纳入后宫，想借此离间高宗对萧淑妃的宠爱。武氏聪慧机敏，善于权谋，刚入宫时，言辞谦卑、举止恭顺地侍奉王皇后。王皇后十分喜爱她，多次在高宗面前称赞她的美貌。不久，武氏深得高宗宠爱，被册封为昭仪，王皇后和萧淑妃的宠爱都逐渐衰减，两人于是一同诬告武氏，高宗都不予采纳。武昭仪想追赠自己的父亲，却没有合适的名义，因此借着褒赏功臣的机会，普遍追赠屈突通等人，而将武士彟也列入其中。
乙丑日，高宗前往凤泉汤；己巳日，返回万年宫。
夏季四月，大食国发兵攻打波斯，杀死波斯王伊嗣侯，伊嗣侯的儿子卑路斯逃奔吐火罗。大食军队撤离后，吐火罗发兵护送卑路斯返回，立他为波斯王。
闰四月丙子日，朝廷在处月部落的辖地设置金满州。
丁丑日夜，天降大雨，山洪暴发，冲毁玄武门，宫中值宿的卫士纷纷逃散。右领军郎将薛仁贵说：“哪有天子危急而宿卫士兵敢怕死的道理！”于是登上宫门横梁大声呼喊，警示宫中之人。高宗急忙出宫登上高处，不久洪水涌入寝殿，淹死的卫士及麟游县百姓达三千多人。
壬辰日，新罗女王金真德去世，高宗下诏立她的弟弟金春秋为新罗王。
六月丙午日，恒州发生大水，滹沱河泛滥，淹没五千三百户人家。
中书令柳奭因王皇后失宠，内心不安，请求辞去政务；癸亥日，被罢为吏部尚书。
秋季九月丁酉日，高宗返回京师。
戊戌日，高宗对五品以上官员说：“从前在先帝身边，见到五品以上官员议论政事，有的在朝堂上当面陈述，有的退朝后上书奏事，终日不绝；难道如今就没有事情可议了吗？为什么你们都不说话呢？”
冬季十月，朝廷雇佣雍州四万一千人修筑长安外郭城，三十天完工。癸丑日，雍州参军薛景宣密封上书说：“汉惠帝修筑长安城后不久就去世了；如今再次修城，必定会有大灾祸。”于志宁等人认为薛景宣的话大逆不道，请求将他处死。高宗说：“薛景宣虽然狂妄，但如果因上书进言获罪，恐怕会堵塞言路。”于是赦免了他。
高丽派遣将领安固率领高丽、靺鞨军队攻打契丹；松漠都督李窟哥率军抵抗，在新城大败高丽军队。
这一年粮食大丰收，洛州粟米每斗价值两钱半，粳米每斗十一钱。
王皇后、萧淑妃与武昭仪相互诬告诋毁，高宗不相信王皇后、萧淑妃的话，唯独信任武昭仪。王皇后不能曲意逢迎高宗身边的人，她的母亲魏国夫人柳氏及舅舅中书令柳奭入宫拜见六宫妃嫔时，也不懂礼节。武昭仪观察到王皇后不敬重的人，必定全心与他们结交，将得到的赏赐分给他们。因此王皇后和萧淑妃的一举一动，武昭仪都了如指掌，并全部上报给高宗。
王皇后的宠爱虽然衰减，但高宗还没有废后的打算。恰逢武昭仪生下女儿，王皇后心生怜爱前去逗弄，王皇后离开后，武昭仪暗中将女儿掐死，用被子盖住。高宗到来后，武昭仪假装欢笑，掀开被子一看，女儿已经死了，立刻惊恐啼哭。询问身边的人，身边的人都说：“皇后刚才来过这里。”高宗大怒说：“皇后杀了我的女儿！”武昭仪趁机哭泣着诉说王皇后的罪状。王皇后无法自证清白，高宗从此有了废后立武昭仪的想法。又担心大臣们不同意，于是与武昭仪前往太尉长孙无忌的府第，宴饮至酣畅尽兴，席间册封长孙无忌宠姬的三个儿子为朝散大夫，还装载了十车金银珠宝、丝绸锦缎赏赐给长孙无忌。高宗趁机从容地说起王皇后没有儿子，以此暗示长孙无忌，长孙无忌却用其他话题岔开，始终不顺着高宗的意思，高宗和武昭仪都不高兴地离去。武昭仪又让母亲杨氏前往长孙无忌府第，多次请求，长孙无忌最终还是没有答应。礼部尚书许敬宗也多次劝说长孙无忌，被长孙无忌严厉斥责。
永徽六年（乙卯年，公元655年）
春季正月壬申朔日，高宗前往昭陵祭拜；甲戌日，返回宫中。
己丑日，巂州道行军总管曹继叔在斜山击败胡丛、显养、车鲁等蛮族，攻占十多座城池。
庚寅日，立皇子李弘为代王，李贤为潞王。
高丽与百济、靺鞨联合出兵，侵犯新罗北部边境，夺取三十三座城池；新罗王金春秋派遣使者前来求救。二月乙丑日，高宗派遣营州都督程名振、左卫中郎将苏定方发兵攻打高丽。
夏季五月壬午日，程名振等人渡过辽水，高丽见他们兵力稀少，打开城门渡过贵端水迎战。程名振等人奋勇进攻，大败高丽军队，杀敌俘获一千多人，焚烧其外郭城及村落后方才返回。
癸未日，任命右屯卫大将军程知节为葱山道行军大总管，率军讨伐西突厥沙钵罗可汗。
壬辰日，任命韩瑗为侍中，来济为中书令。
六月，武昭仪诬告王皇后与她的母亲魏国夫人柳氏施行厌胜之术，高宗下诏禁止王皇后的母亲柳氏入宫。秋季七月戊寅日，将吏部尚书柳奭贬为遂州刺史。柳奭行至扶风时，岐州长史于承素迎合旨意，上奏弹劾柳奭泄露宫中言语，柳奭又被贬为荣州刺史。
唐朝沿袭隋朝制度，后宫设有贵妃、淑妃、德妃、贤妃，地位都为一品。高宗想特别设置宸妃一职，任命武昭仪担任，韩瑗、来济劝谏说没有这样的旧例，于是作罢。
中书舍人饶阳人李义府被长孙无忌厌恶，被贬为壁州司马。敕令还未传到门下省，李义府就秘密得知了消息，向中书舍人幽州人王德俭询问对策，王德俭说：“皇上想立武昭仪为皇后，犹豫不决的原因，只是担心宰相们有异议。你如果能上书建议立武昭仪为后，就能转祸为福。”李义府表示赞同，当天，他代替王德俭在宫中值宿，叩门上书，请求废黜王皇后，立武昭仪为后，以顺应民心。高宗十分高兴，召见李义府，与他交谈后，赏赐他一斗珍珠，让他留任原职。武昭仪又秘密派遣使者慰劳勉励他，不久便破格提拔他为中书侍郎。于是卫尉卿许敬宗、御史大夫崔义玄、御史中丞袁公瑜都暗中向武昭仪表达忠心。乙酉日，任命侍中崔敦礼为中书令。
八月，特别设置尚药奉御蒋孝璋为员外官，待遇等同于正员。员外官待遇等同于正员，从蒋孝璋开始。
长安令裴行俭得知朝廷将要立武昭仪为皇后，认为国家的灾祸必定从此开始，与长孙无忌、褚遂良私下商议此事。袁公瑜得知后，将此事告知武昭仪的母亲杨氏，裴行俭因此被贬为西州都督府长史。裴行俭是裴仁基的儿子。
九月戊辰日，任命许敬宗为礼部尚书。
一天，高宗退朝后，召长孙无忌、李积、于志宁、褚遂良进入内殿。褚遂良说：“今天皇上召见我们，多半是为了皇后的事，皇上心意已决，违抗他必定会死。太尉是皇上的舅舅，司空是开国功臣，不能让皇上背负杀舅舅和功臣的名声。我褚遂良出身平民，没有立下汗马功劳，却能身居高位，还受先帝临终托付，不拼死力争，死后有何面目去见先帝！”李积称病没有入宫。长孙无忌等人进入内殿后，高宗看着长孙无忌说：“皇后没有儿子，武昭仪有儿子，如今我想立武昭仪为皇后，你们觉得怎么样？”褚遂良回答说：“皇后出身名门望族，是先帝为陛下迎娶的。先帝临终前，握着陛下的手对我说：‘我把佳儿佳妇托付给你了。’这是陛下亲耳听到的，话音还在耳边回响。皇后没有听说有什么过错，怎能轻易废黜！我不敢曲意顺从陛下，违背先帝的遗命！”高宗不高兴地结束了谈话。第二天，高宗又提起此事，褚遂良说：“陛下如果一定要更换皇后，恳请陛下从天下名门望族中挑选贤良女子，何必一定要立武氏！武氏曾经侍奉过先帝，这是众人皆知的事情，天下人的耳目，怎能蒙蔽呢！千秋万代之后，人们会怎么评价陛下！希望陛下三思！我如今违抗陛下，罪该万死！”说完将朝笏放在殿阶上，解下头巾叩头至流血，说：“归还陛下的朝笏，请求放我回家种田。”高宗大怒，下令将他带出去。武昭仪在帘后大声喊道：“何不打死这个蛮子！”长孙无忌说：“褚遂良是受先帝临终托付的大臣，即使有罪也不能施加刑罚！”于志宁不敢说话。
韩瑗趁机上奏政事，哭泣着极力劝谏，高宗不采纳。第二天，韩瑗又劝谏，悲痛不已，高宗下令将他带出去。韩瑗又上书劝谏说：“平民百姓娶妻嫁女，尚且会相互挑选，何况天子呢！皇后是天下母亲的典范，善恶都由她影响，所以嫫母辅佐黄帝成就大业，妲己导致殷王灭亡，《诗经》说：‘赫赫有名的宗周，因褒姒而灭亡。’每次阅览古代史事，常常令人叹息，没想到如今圣明的朝代也会出现这样的事情。做事不遵循法度，后代子孙会怎么看待！希望陛下慎重考虑，不要被后人嘲笑！如果我的话能对国家有益，即使被剁成肉酱，也是我分内之事！从前吴王不听伍子胥的劝告，最终姑苏台被麋鹿出没。我担心天下百姓失望，宫廷中长满荆棘，宗庙不能再享受祭祀，这一天为期不远了！”来济上书劝谏说：“帝王立皇后，上应效法天地乾坤，必须选择懂礼教的名门望族女子，性情娴静善良，符合天下百姓的期望，顺应神灵的意愿。因此周文王造船迎接太姒，从而兴起《关雎》所倡导的教化，百姓承蒙福泽；汉成帝放纵欲望，立婢女为皇后，导致皇统断绝，社稷倾覆。周朝的兴盛如此，汉朝的灾祸又这样，希望陛下仔细审察！”高宗都不采纳。
有一天，李积入宫拜见，高宗问他说：“我想立武昭仪为皇后，褚遂良固执地认为不行。褚遂良是受先帝临终托付的大臣，这件事是不是应该就此作罢？”李积回答说：“这是陛下的家事，何必再询问外人呢！”高宗的心意于是坚定下来。许敬宗在朝堂上宣扬说：“乡下老头多收了十斛麦子，尚且想更换妻子；何况天子想立一位皇后，与其他人有什么关系，却妄加议论！”武昭仪让身边的人将这话告知高宗。庚午日，将褚遂良贬为潭州都督。