大业九年（癸酉年，公元613年）
春季，正月丁丑日，隋炀帝下诏征召全国军队集结到涿郡。朝廷开始招募百姓充当“骁果”（精锐禁军），同时整修辽东古城来储存军粮。
灵武的贼寇首领白瑜娑劫掠官府牧马，还向北勾结突厥，陇右地区深受其害，人们称他为“奴贼”。
戊戌日，朝廷大赦天下。
己亥日，隋炀帝命令刑部尚书卫文升等人辅佐代王杨侑留守西京长安。
二月壬午日，隋炀帝下诏说：“宇文述因为军粮供应不上，导致朝廷军队陷入困境；这其实是军中官吏调度失误造成的，不是宇文述的过错，应当恢复他的官职爵位。”不久后，又加封他为开府仪同三司。
隋炀帝对身边大臣说：“高丽这小小的蛮夷，竟敢怠慢我大隋王朝；如今就算是要移山填海，我都有信心成功，何况是征服这个小贼寇！”于是再次商议讨伐高丽。左光禄大夫郭荣劝谏道：“戎狄之国不守礼法，这本是臣下该处理的小事；千钧之力的强弩，不会为了射杀一只小老鼠而发射，陛下何必亲自率领万乘之尊去对抗小贼寇呢！”隋炀帝不听。
三月丙子日，济阴人孟海公起兵造反，占据周桥，部众达到数万人。他见有人引用经书史籍，就立刻将其杀死。
丁丑日，朝廷征发十万壮丁修筑大兴城（长安）。戊寅日，隋炀帝前往辽东，命令民部尚书樊子盖等人辅佐越王杨侗留守东都洛阳。
当时各地盗贼四起，齐郡人王薄、孟让、北海人郭方预、清河人张金称、平原人郝孝德、河间人格谦、勃海人孙宣雅等人，各自聚集部众抢劫掠夺，多的有十几万兵力，少的也有几万人，山东地区深受其苦。天下太平已久，百姓不熟悉打仗，郡县官吏每次与贼寇交战，都望风溃败。只有齐郡丞閺乡人张须陀深得士兵拥护，他勇猛果断、善于作战，率领郡兵在泰山下进攻王薄。王薄依仗自己之前多次取胜，没有设防；张须陀突然袭击，大败王薄。王薄收拢残余兵力向北渡过黄河，张须陀又在临邑追击，再次击败他。王薄向北联合孙宣雅、郝孝德等部，聚集十几万兵力进攻章丘，张须陀率领两万步兵骑兵迎击，贼寇大败。贼寇首领裴长才等人率领两万部众突然抵达齐郡城下，大肆抢掠。张须陀来不及集结军队，只率领五名骑兵出战，贼寇争相围攻，把他们围了一百多层。张须陀身受多处创伤，却越战越勇。恰逢城中守军赶到，贼寇才逐渐后退。张须陀趁机率领士兵追击，裴长才等人战败逃走。庚子日，郭方预等人联合兵力攻陷北海郡，大肆抢掠后离去。张须陀对下属说：“贼寇依仗自己人多势众，认为我无法救援北海。我现在火速进军，一定能打败他们！”于是挑选精锐士兵，日夜兼程进军攻击，大败贼寇，斩杀数万人，前后缴获的贼寇物资粮草数不胜数。
历城县人罗士信，年仅十四岁，跟随张须陀在潍水上进攻贼寇。贼寇刚摆好阵势，罗士信就骑马冲到阵前，刺杀数人，砍下一个贼寇的首级扔到空中，再用长矛接住，高举着在阵前巡行；贼寇们都惊恐发愣，没人敢靠近。张须陀趁机率领军队奋勇进攻，贼寇彻底溃败。罗士信追击逃兵，每杀一个人，就割下对方的鼻子揣在怀里，回来后用鼻子数量验证杀敌人数；张须陀对他赞叹不已，把他留在身边。每次作战，张须陀先冲锋，罗士信作为副手紧随其后。隋炀帝派使者慰问勉励他们，还让人画下张须陀、罗士信作战的场景来看。
夏季，四月庚午日，隋炀帝的车驾渡过辽河。壬申日，派遣宇文述和上大将军杨义臣进军平壤。
左光禄大夫王仁恭率领军队从扶馀道进军。王仁恭进军到新城，高丽数万士兵前来抵抗，王仁恭率领一千精锐骑兵击败高丽军，高丽军退守城池顽强抵抗。隋炀帝命令众将进攻辽东城，允许他们根据实际情况灵活处置。隋军使用飞楼、撞车、云梯、地道，从四面同时进攻，昼夜不停，但高丽军随机应变抵抗，二十多天也没能攻克，双方死伤惨重。冲梯的竹竿长十五丈，骁果吴兴人沈光爬上冲梯顶端，靠近城墙与高丽军交战，短兵相接中杀死十几人，高丽军争相攻击他，导致他从冲梯上坠落；还没落到地面时，恰好遇到冲梯上垂下的绳索，沈光抓住绳索又爬了上去。隋炀帝看到后，赞赏他的英勇，当即任命他为朝散大夫，常把他留在身边。
礼部尚书杨玄感，勇猛善战，擅长骑马射箭，喜欢读书，喜好结交宾客，天下有名的士人大多与他交往；他和薄山公李密关系很好。李密是李弼的曾孙，年轻时就有才华谋略，志向远大，轻视财物、喜好士人，曾任左亲侍。隋炀帝见过他后，对宇文述说：“之前左边仪仗队里那个皮肤黝黑的小孩，眼神非同寻常，别让他担任宫廷警卫！”宇文述于是暗示李密主动称病辞职，李密从此不再参与世事，专心读书。他曾骑着黄牛读《汉书》，杨素遇到后觉得他很特别，就把他召到家里，和他交谈后非常高兴，对儿子杨玄感等人说：“李密的见识气度如此出众，你们都比不上他！”从此杨玄感与李密结下深厚交情。有时杨玄感会轻视李密，李密说：“说话要实事求是，怎么能当面阿谀奉承！如果论在战场上决策应变、厉声呵斥就能震慑敌人，我比不上您；但要是论驱使天下贤才、让他们各尽其用，您比不上我：怎么能因为职位稍高就轻视天下士人呢！”杨玄感笑着表示信服。
杨素依仗功劳傲慢自大，在朝廷宴会时，有时会有失臣子礼仪。隋炀帝心里怀恨却不表露，杨素也察觉到了。等到杨素去世，隋炀帝对身边大臣说：“要是杨素没死，最终一定会被灭族。”杨玄感很清楚这件事，而且他自认为家族世代显贵，朝中文武大臣大多是他父亲的旧部下，看到朝政日益混乱，且隋炀帝猜忌心重，内心感到不安，就和几个弟弟暗中谋划叛乱。当时隋炀帝正忙于征伐高丽，杨玄感主动请求：“我家世代蒙受国恩，希望能担任将领出征。”隋炀帝高兴地说：“将门一定出将军，相门一定出宰相，果然不假！”从此对杨玄感更加宠信，让他多参与朝政。
隋炀帝征伐高丽时，命令杨玄感在黎阳督运粮草。杨玄感于是和虎贲郎将王仲伯、汲郡赞治赵怀义等人谋划，故意拖延漕运，不按时发运粮草，想让渡过辽河的各路隋军缺粮；隋炀帝派使者催促，杨玄感就谎称水路有很多盗贼，不能前后连续运粮。杨玄感的弟弟虎贲郎将杨玄纵、鹰扬郎将杨万石，都跟随隋炀帝在辽东，杨玄感暗中派人召他们回来，两人都逃了回来。杨万石逃到高阳时，被监事许华抓获，在涿郡斩首。
当时右骁卫大将军来护儿率领水军从东莱将要入海进军平壤，杨玄感派家奴伪装成从东方来的使者，谎称来护儿谋反。六月乙巳日，杨玄感进入黎阳，关闭城门，大肆征发成年男子，用帆布制作头盔铠甲，设置官署僚属，全都依照隋文帝开皇年间的制度。他向附近各郡发送文书，以讨伐来护儿为名，命令各郡发兵到黎阳粮仓集合。郡县中能干的官员，杨玄感都以运粮为由把他们召集过来，任命赵怀义为卫州刺史，东光县尉元务本为黎州刺史，河内郡主簿唐祎为怀州刺史。
治书侍御史游元在黎阳督运粮草，杨玄感对他说：“暴君肆虐，身陷边远地区，这是上天要灭亡他的时候。我现在亲自率领义兵诛杀无道君主，您意下如何？”游元严肃地说：“您父亲蒙受国家恩宠，近代以来无人能比。您和弟弟们都身居高位，本应竭尽忠诚气节报答朝廷大恩。没想到您父亲的坟墓还没干，您就亲自谋划叛乱！我只有一死，绝不敢听从您的命令！”杨玄感发怒，把他囚禁起来，多次用兵器威胁，却不能让他屈服，最终杀死了他。游元是游明根的孙子。
杨玄感从运粮民夫中挑选年轻力壮者五千多人，又挑选丹杨、宣城的船夫三千多人，杀牛、羊、猪三牲誓师，并且对众人宣告：“皇上无道，不把百姓放在心上，天下动荡不安，死在辽东的人数以万计。现在我和各位起兵，来解救百姓的危难，怎么样？”众人都踊跃欢呼万岁。于是杨玄感部署军队，分配任务。唐祎从杨玄感那里逃回河内郡。
在此之前，杨玄感暗中派家僮到长安，召李密和弟弟杨玄挺前往黎阳。等到起兵时，李密恰好赶到，杨玄感非常高兴，把他当作主要谋士，对李密说：“您一直以拯救天下为己任，现在时机到了！您有什么计策？”李密说：“天子出征，远在辽东之外，距离幽州还有千里之遥。南边有大海，北边有强大的突厥，中间只有一条通道，形势本就极其艰险。您率领军队出其不意，长驱直入蓟城，占据临渝关的险要地势，扼住隋军的咽喉。隋军退路被切断，高丽人得知后，一定会从背后追击。不出一个月，隋军粮草就会耗尽，他们要么投降，要么溃散，不用打仗就能擒获隋炀帝，这是上策。”杨玄感说：“再说说中策。”李密说：“关中地区四面有险要屏障，是物产丰饶的天府之国，虽然有卫文升防守，但不值得担心。现在您率领军队大张旗鼓向西进军，路过城池不攻打，直接夺取长安。收纳当地豪杰，安抚百姓，占据险要地势防守。天子即使回来，也失去了根本之地，我们可以慢慢谋划夺取天下。”杨玄感说：“再说说下策。”李密说：“挑选精锐士兵，日夜兼程，袭击夺取东都洛阳，用洛阳的名义号令天下。但恐怕唐祎已经把我们的计划报告给洛阳，洛阳会提前固守。如果领兵攻打洛阳，一百天不能攻克，天下的军队从四面八方赶来，后果就不是我能预料的了。”杨玄感说：“不对，现在朝中百官的家眷都在东都，要是先夺取洛阳，足以动摇他们的军心。而且路过城池却不攻克，怎么能显示我们的威力！您说的下策，其实是上策。”于是率领军队向洛阳进军，派杨玄挺率领一千精锐作为前锋，先夺取河内郡。唐祎据城抵抗，杨玄挺没能攻克。
唐祎又派人告诉东都的越王杨侗和樊子盖等人，让他们领兵防备，修武县百姓也纷纷聚集起来防守临清关。杨玄感无法通过，就在汲郡南边渡过黄河，跟随他的人多得像集市上的人一样。他派弟弟杨积善率领三千士兵从偃师南边沿着洛水向西进军，杨玄挺从白司马坂翻过邙山向南进军，杨玄感亲自率领三千多人跟随在后面，三路军队相距约十里，对外宣称是大军。他的士兵都只拿着单刀和柳木盾牌，没有弓箭铠甲。东都方面派河南县令达奚善意率领五千精锐士兵抵抗杨积善，将作监、河南赞治裴弘策率领八千人抵抗杨玄挺。达奚善意渡过洛水南岸，在汉王寺扎营；第二天，杨积善的军队赶到，达奚善意的军队不战自溃，铠甲兵器都被杨积善缴获。裴弘策出兵到白司马坂，刚一交战就战败逃走，士兵损失了一大半，杨玄挺也不追击。裴弘策撤退三四里，收拢溃散的士兵，重新摆好阵势等待杨玄挺；杨玄挺慢慢赶到，休息了很久，突然起身进攻，裴弘策又战败，这样连续交战五次。丙辰日，杨玄挺一直推进到太阳门，裴弘策只剩下十几名骑兵逃回宫中，其余士兵全部归降杨玄感。
杨玄感在上春门驻扎，每次誓师都对众人说：“我身为上柱国，家中财产数以万计，要说富贵，我已经没什么可追求的了。现在我不顾灭族之祸起兵，只是为了天下百姓解除水深火热的危难！”众人都很感动。父老乡亲争相献上牛和酒，年轻人到军营门口请求参军的，每天有上千人。
内史舍人韦福嗣是韦洸的侄子，随军出兵抵抗杨玄感，被杨玄感抓获；杨玄感对他礼遇优厚，让他和自己的亲信胡师耽一起掌管文书。杨玄感让韦福嗣写信给樊子盖，列举隋炀帝的罪恶，信中说：“现在我打算废掉昏君、拥立明君，希望您不要拘泥于小节，以免自取灾祸。”樊子盖刚从地方调到京城任职，东都的旧官员大多轻视他，以至于在部署军事时，官员们大多不服从命令。裴弘策和樊子盖官职同级，之前出兵讨伐贼寇失利，樊子盖又让他出兵，他不肯去，樊子盖下令把他拉出去斩首示众。国子祭酒河东人杨汪，只是稍微有些不恭敬，樊子盖也准备杀他；杨汪磕头磕得头破血流，才得以幸免。从此将领官吏都震惊敬畏，没人敢抬头看樊子盖，他的命令都能顺利执行。杨玄感出动全部精锐攻城，樊子盖根据情况灵活防守，杨玄感无法攻克。但达官贵族的子弟们响应招募参军的，听说裴弘策被处死，都不敢进城。韩擒虎的儿子韩世咢、观王杨雄的儿子杨恭道、虞世基的儿子虞柔、来护儿的儿子来渊、裴蕴的儿子裴爽、大理卿郑善果的儿子郑俨、周罗睺的儿子周仲等四十多人，都投降了杨玄感，杨玄感把亲信要职都交给他们。郑善果是郑译的侄子。
杨玄感收拢兵力达到五万多人，派遣五千人防守慈磵道，五千人防守伊阙道，派韩世咢率领三千人包围荥阳，顾觉率领五千人夺取虎牢关。虎牢关守军投降，杨玄感任命顾觉为郑州刺史，镇守虎牢关。
代王杨侑派刑部尚书卫文升率领四万军队救援东都，卫文升到了华阴，挖掘杨素的坟墓，焚烧他的尸骨，以此向士兵表示必死的决心，然后大张旗鼓地从崤山、渑池出兵，直逼东都城北。杨玄感领兵迎击；卫文升边打边进，在金谷驻扎。
辽东城久攻不下，隋炀帝派人制造一百多万个布袋，装满泥土，打算堆积成一条宽三十步、和城墙一样高的“鱼梁大道”，让士兵登上大道攻城。又制造八轮楼车，高度超过城墙，排列在鱼梁大道两侧，想从楼车上向下射杀城内守军，约定日期发起总攻，城内高丽军处境危急。恰逢杨玄感谋反的文书送到，隋炀帝非常害怕，召纳言苏威进帐，对他说：“这小子很聪明，会不会成为祸患？”苏威说：“能分辨是非、判断成败，才算聪明，杨玄感为人粗疏，肯定成不了大气候。但恐怕会因此逐渐引发叛乱的苗头。”隋炀帝又听说达官贵族的子弟都在杨玄感那里，更加担忧。兵部侍郎斛斯政一向和杨玄感关系很好，杨玄感谋反，斛斯政参与了谋划，杨玄纵兄弟逃回，就是斛斯政暗中安排的。隋炀帝打算彻底追查杨玄纵等人的同党，斛斯政内心不安，戊辰日，逃奔高丽。庚午日，夜里二更时分，隋炀帝秘密召集众将，命令他们率军撤退，军中的物资、器械、攻城器具堆积如山，营垒、帐篷都保持原样，全部丢弃后撤离。士兵们人心惶惶，不再有秩序，各路军队四散分开。高丽军很快就发现了隋军撤退，但不敢追击，只是在城内击鼓呐喊。到第二天午时，才逐渐派兵出城，到远处侦察，还怀疑隋军是诈退。过了两天，才派出几千士兵追击，又害怕隋军人数众多，不敢靠近，一直保持八九十里的距离，等到隋军快要渡过辽河时，知道隋炀帝的御营已经全部渡过，才敢逼近隋军后军。当时隋军后军还有数万人，高丽军趁机追击抢掠，最后面几千名老弱士兵被杀死掳走。
起初，隋炀帝再次征讨高丽时，又问太史令庾质：“这次出征情况会怎样？”庾质回答：“臣实在愚昧，还是坚持之前的看法，陛下若亲自率军出征，耗费的人力财力实在太多。”隋炀帝发怒说：“我亲自去都打不赢，只派别人去，怎么可能成功！”等到隋炀帝撤军回来，又对庾质说：“你之前不想让我出征，就是料到会有今天这种情况吧。杨玄感能成功吗？”庾质说：“杨玄感虽然地位显赫，但向来不得民心，他只是趁着百姓疲惫，希望侥幸成功。如今天下统一，不是轻易能动摇的。”
隋炀帝派虎贲郎将陈棱到黎阳进攻元务本，又派左翊卫大将军宇文述、左候卫将军屈突通乘坐驿车火速发兵讨伐杨玄感。来护儿抵达东莱后，听说杨玄感围攻东都，召集众将商议撤军回救东都。众将都认为没有皇帝的诏令，不应擅自撤军，坚决不同意。来护儿厉声说：“洛阳被围，是心腹之患；高丽违抗命令，不过是疥癣小疾。国家的事，只要知道该做就必须去做，擅自撤军的责任由我承担，和你们无关，有敢阻拦的，按军法处置！”当天就率军返回，还让儿子来弘、来整骑马通过驿道向朝廷奏报。当时隋炀帝刚回到涿郡，已经下敕令让来护儿救援东都，见到来弘、来整后非常高兴，赐给来护儿玺书说：“你撤军的时候，正是我下敕令让你回师的日子，君臣心意相合，远隔千里却如符契般契合。”
在此之前，右武候大将军李子雄因事获罪被除名，朝廷让他随军效力，当时他跟从来护儿在东莱。隋炀帝猜忌他，下诏将李子雄押送到自己的行营。李子雄杀死使者，逃奔杨玄感。卫文升率领两万步兵骑兵渡过瀍水，与杨玄感交战，杨玄感多次击败他。杨玄感每次作战都身先士卒，所到之处无人能挡，又善于安抚士兵，士兵们都愿意为他拼死作战，因此每次交战大多获胜，部众也越来越多，达到十万人。卫文升兵力悬殊，死伤殆尽，只好退守邙山南麓，与杨玄感决战，一天内交战十多次。恰逢杨玄挺被流箭射中身亡，杨玄感的军队才逐渐后退。
秋季七月癸未日，余杭百姓刘元进起兵响应杨玄感。刘元进手长一尺多，手臂下垂能过膝盖，自认为相貌非凡，暗中有谋反的打算。当时隋炀帝再次从三吴地区征调士兵讨伐高丽，三吴的士兵都互相说：“往年天下全盛时，我们的父兄去征讨高丽，还有大半人没能回来；如今国家已经疲惫，还要去打仗，我们这些人肯定要全军覆没了！”因此很多人逃亡。郡县官府追捕得很紧急，逃亡的人听说刘元进起兵，纷纷前来投奔，一个月内，部众就达到数万人。
起初，杨玄感抵达东都时，自认为天下人都会响应，很快就能成功。他得到韦福嗣后，把对方当作心腹，不再专任李密。韦福嗣每次谋划计策都犹豫不决、模棱两可。李密看穿了他的心思，对杨玄感说：“韦福嗣本来就不是我们的同盟，其实心怀观望；您刚开始举大事，身边却有奸人，要是听他的意见，肯定会被耽误，请杀了他！”杨玄感说：“何至于到这种地步！”李密退下后，对亲信说：“楚公（杨玄感）想造反却不想成功，我们这些人现在要成俘虏了！”
李子雄劝杨玄感尽快称帝，杨玄感拿这事问李密。李密说：“从前陈胜想称王，张耳劝谏却被疏远；魏武帝（曹操）想谋求九锡之礼，荀彧反对却被诛杀。现在我想说真话，又怕重蹈这两人的覆辙；要是阿谀顺从，又不是我的本意。为什么呢？自从起兵以来，虽然多次获胜，但各郡县并没有响应我们的；东都的防守还很坚固，天下的援兵也越来越多，您应当奋勇作战，早日平定关中，现在却急于称帝，这不是向天下人显示自己心胸狭隘吗！”杨玄感笑着放弃了称帝的想法。
屈突通率军驻扎在河阳，宇文述随后也赶到。杨玄感向李子雄询问计策，李子雄说：“屈突通熟悉军事，要是他渡过黄河，胜负就难料了，不如分兵阻拦他。屈突通过不了河，樊子盖、卫文升就会失去援军。”杨玄感同意这个计策，准备派兵阻拦屈突通；但樊子盖知道了他的谋划，多次进攻他的军营，让他无法分兵。屈突通趁机渡过黄河，在破陵驻军。杨玄感分兵两路，西路抵抗卫文升，东路抵御屈突通。樊子盖又出兵大战，杨玄感的军队多次战败。杨玄感和部下商议对策，李子雄说：“东都的援军越来越多，我们军队多次战败，不能久留，不如直接进入关中，打开永丰仓救济贫苦百姓，三辅地区就能轻易平定；占据府库，再向东争夺天下，这才是霸王之业。”李密说：“弘化留守元弘嗣在陇右掌握强兵，我们可以谎称他谋反，派使者迎接您入关，这样能欺骗众人。”
恰逢华阴杨家的人请求担任向导，壬辰日，杨玄感解除对东都的包围，率军向西奔赴潼关，对外宣称：“我已经攻破东都，现在去夺取关西！”宇文述等各路军队随后追击。杨玄感抵达弘农宫时，当地父老拦住他劝说道：“弘农宫城空虚，又有很多粮食，容易攻克。”杨玄感认为有道理。弘农太守蔡王杨智积对下属说：“杨玄感听说大军将至，想向西图谋关中，要是他的计划成功，就很难对付了；我们应当用计策牵制他，让他无法前进，不出十天，就能活捉他。”等到杨玄感的军队抵达城下，杨智积登上城墙辱骂他；杨玄感发怒，留下军队攻城。李密劝谏说：“您现在谎称率军西进，军事行动贵在神速，何况追兵很快就到，怎么能停留！要是前进不能占据潼关，后退又没有据点，士兵一旦溃散，我们怎么自保！”杨玄感不听，坚持攻城，还放火烧城门；杨智积在城内也加大火势，让杨玄感的士兵无法进城。攻城三天没能攻克，杨玄感才率军西进。抵达閺乡时，宇文述、卫文升、来护儿、屈突通等各路军队在皇天原追上了他。杨玄感登上盘豆山，摆开阵势，连绵五十里，边战边退，一天内战败三次。八月壬寅日，杨玄感在董杜原摆阵，各路军队发起进攻，杨玄感大败，只和十多个骑兵逃往上洛。追击的骑兵赶到，杨玄感大声呵斥，骑兵们都转身逃走。逃到葭芦戍时，杨玄感只剩下弟弟杨积善，两人徒步逃跑。杨玄感知道自己无法逃脱，对杨积善说：“我不能被人杀死羞辱，你杀了我吧！”杨积善抽刀杀死杨玄感，随后自杀，却没有死，被追兵抓获，和杨玄感的首级一起送到隋炀帝的行营。隋炀帝下令在东都集市将杨玄感的尸体剁成碎块示众，三天后，又把尸体切碎焚烧。杨玄感的弟弟杨玄奖担任义阳太守，准备去投奔杨玄感，被郡丞周旋玉杀死；杨仁行担任朝请大夫，在长安被处死。
杨玄感围攻东都时，梁郡百姓韩相国起兵响应，杨玄感任命他为河南道元帅。一个月内，韩相国的部众就达到十多万人，抢劫掠夺各郡县；抵达襄城时，听说杨玄感战败，部众逐渐溃散，韩相国被官吏抓获，首级被送到东都。
隋炀帝因为元弘嗣是斛斯政的亲信，当时元弘嗣留守弘化郡，就派卫尉少卿李渊骑马前去将他逮捕，顺势让李渊接替他担任弘化留守，关右十三郡的军队都归李渊征调。李渊治理军队宽厚简约，很多人都归附他。隋炀帝因为李渊相貌奇异，又听说他的名字应验谶语，对他心怀猜忌。不久后，隋炀帝征召李渊到自己的行营，李渊恰逢生病没能前去拜见。他的外甥女王氏在后宫任职，隋炀帝问王氏：“你舅舅怎么来得这么晚？”王氏回答说李渊生病了，隋炀帝说：“他会不会死啊？”李渊听说后非常害怕，于是开始沉迷饮酒、收受贿赂，以此掩盖自己的锋芒。
癸卯日，吴郡人朱燮、晋陵人管崇聚集部众在江左地区抢劫掠夺。朱燮原本是还俗的道士，博览经史，很懂兵法，身材矮小，曾任昆山县博士，他和几十个学生一起起兵，深受劳役之苦的百姓纷纷前来投奔。管崇身材高大，相貌英俊，志向豪迈，隐居在常熟，自称有帝王之相，所以盗贼们都拥戴他。当时隋炀帝在涿郡，派虎牙郎将赵六儿率领一万士兵驻扎在杨子，分为五个营垒防备南方的盗贼。管崇派部将陆顗渡过长江，趁夜袭击赵六儿，攻破两个营垒，缴获器械物资后离去，部众越来越多，达到十万人。
辛酉日，司农卿云阳人赵元淑因是杨玄感的同党被处死。隋炀帝派大理卿郑善果、御史大夫裴蕴、刑部侍郎骨仪，和东都留守樊子盖一起追查杨玄感的同党。骨仪原本是天竺胡人。隋炀帝对裴蕴说：“杨玄感振臂一呼，就有十万人跟随，这更说明天下人不能太多，人多了就会聚集起来当盗贼。不把他们全部处死，就无法惩戒后人。”樊子盖本性残酷，裴蕴又得到隋炀帝的这个旨意，于是用严酷的刑法追查，处死了三万多人，他们的家产全部被没收，其中被冤枉而死的人占了大半，还有六千多人被流放。杨玄感围攻东都时，曾打开粮仓救济百姓，凡是接受过粮食的百姓，都被埋在都城南边。杨玄感交好的文士会稽人虞绰、琅邪人王胄，都因牵连获罪被流放边疆，两人随后逃亡，被抓获后处死。
隋炀帝擅长写文章，不喜欢别人的文采超过自己。薛道衡死后，隋炀帝说：“他还能写出‘空梁落燕泥’这样的句子吗！”王胄死后，隋炀帝吟诵他的佳句说：“‘庭草无人随意绿’，他还能写出这样的句子吗！”隋炀帝自负才学，常常轻视天下的读书人，曾对身边大臣说：“天下人都认为我是凭借祖上的基业才拥有天下，要是让我和士大夫们公平竞争，我也该当皇帝。”
隋炀帝曾随意地对秘书郎虞世南说：“我生性不喜欢别人劝谏，要是地位显赫的人通过劝谏来博取名声，我最不能容忍；至于地位低下的人，我虽然会稍微宽容一些，但最终也不会让他们有出头之日。你要明白这一点！”虞世南是虞世基的弟弟。
隋炀帝派裴矩安抚陇右地区，裴矩趁机前往会宁，慰问曷萨那可汗的部落，还派阙达度设抢劫吐谷浑来充实自己，回来后向隋炀帝奏报情况，隋炀帝重重赏赐了他。
九月己卯日，东海百姓彭孝才起兵造反，部众有几万人。
甲午日，隋炀帝的车驾抵达上谷，因为供给不足，罢免了太守虞荷等人的官职。闰九月己巳日，隋炀帝前往博陵。
冬季十月丁丑日，贼寇首领吕明星围攻东郡，虎贲郎将费青奴击败了他。
刘元进率领部众准备渡过长江，恰逢杨玄感战败，朱燮、管崇迎接刘元进，推举他为主帅，占据吴郡，刘元进自称天子，任命朱燮、管崇为尚书仆射，设置百官。毗陵、东阳、会稽、建安等地的豪杰，大多逮捕当地长官响应刘元进。隋炀帝派左屯卫大将军代郡人吐万绪、光禄大夫下邽人鱼俱罗率军讨伐他们。
十一月己酉日，右候卫将军冯孝慈在清河讨伐张金称，战败身亡。
杨玄感向西进军时，韦福嗣逃到东都自首，当时和他类似的人都没有被追究。樊子盖收缴了杨玄感的文书档案，找到韦福嗣起草的书信草稿，密封后呈给隋炀帝；隋炀帝下令将韦福嗣押送到行营。李密逃亡后，被人抓获，也送到东都。樊子盖将韦福嗣、李密、杨积善、王仲伯等十多人戴上枷锁，押往高阳。李密和王仲伯等人暗中谋划逃跑，让大家拿出随身携带的钱财给押送的使者，说：“我们死了以后，这些钱都留给您，希望您能用这些钱把我们埋葬，剩下的就当作对您的报答。”使者贪图钱财，答应了他们，对他们的防备逐渐松懈。李密请求去集市买酒肉，每次宴饮都喧哗到深夜，使者也不放在心上。走到魏郡石梁驿时，李密等人把防守的人都灌醉，穿墙逃跑。李密叫韦福嗣一起走，韦福嗣说：“我没有罪，天子不过是当面责备我几句罢了。”抵达高阳后，隋炀帝把书信草稿拿给韦福嗣看，将他交给大理寺处置。宇文述上奏说：“对这些叛逆之徒，臣子们都应当痛恨，要是不用重刑惩处，就无法震慑后人。”隋炀帝说：“任凭你处置。”十二月甲申日，宇文述在野外，把所有该受刑的人绑在木架上，用车轮套住他们的脖子，让九品以上的文武官员都拿着兵器砍杀、射箭，箭射得像刺猬毛一样密集，受刑的人身躯破碎，还套在车轮里。杨积善、韦福嗣还被处以车裂之刑，尸体都被焚烧，骨灰随风飘散。杨积善自称亲手杀死了杨玄感，希望能免死。隋炀帝说：“他不过是枭鸟一样的逆子！”于是下令将杨积善的姓改为“枭”。
唐县人宋子贤擅长幻术，能变幻出佛像，自称是弥勒佛出世，远近的人都相信他，他于是谋划趁无遮大会时起兵袭击隋炀帝的车驾；事情泄露后，宋子贤被处死，他的同党一千多家也被诛杀。