元和二年（公元85年）
春天正月乙酉日，皇帝下诏书说：“法令规定，百姓家里生了孩子，可以免除三年的人头税。现在，只要是怀孕的妇女，每人赏赐三斛用来补养身体的谷物，她的丈夫也能免除一年的人头税。把这条写到法令里，以后就按这个执行！”皇帝还下诏给三公（太尉、司徒、司空）说：“有些官吏就爱做表面功夫，看起来像那么回事，实际上根本不是。这种情况我看腻了，也被折腾得够呛！那些真正能让地方安定的官吏，为人诚恳朴实，不搞花架子。他们做事，每天看好像没什么成绩，可时间一长，效果就显出来了。就像襄城令刘方，当地官吏和百姓都说他不折腾人。他虽然没有特别突出的政绩，但也算是靠谱的好官！如果把苛刻当成明察，把刻薄当成精明，把轻率当成恩德，把严厉当成威风，只要这四种坏风气一冒头，老百姓心里就会有怨气。我三番五次下诏书，传达旨意的使者在路上络绎不绝，可地方还是治理不好，有些百姓连生计都成问题，这毛病到底出在哪儿？大家好好想想以前的法令，一定要按我的意思把事情办好！”
这时候，北匈奴的首领车利涿兵等陆续带着人逃到汉朝边塞内，前前后后一共有七十三批人。当时北匈奴越来越衰落，内部人心离散。南匈奴在前面攻打，丁零部落从后面侵扰，鲜卑族在左边袭击，西域各国在右边进攻，北匈奴实在撑不住，只能远远地逃离故土。
南匈奴单于长去世后，单于汗的儿子宣继位，称为伊屠于闾鞮单于。
《太初历》已经用了一百多年，时间久了，节气推算就不太准，比实际天象慢了些。皇帝让治历官编、本梵等人仔细校对修订，制定出了《四分历》。二月甲寅日，新历法开始正式使用。
皇帝当太子的时候，曾向东郡太守、汝南人张酺学习《尚书》。丙辰日，皇帝到东方巡视，特意来到东郡，把张酺和他的学生，还有当地郡县的官吏都召集到官府庭院里。皇帝先以学生的礼仪，恭恭敬敬地听张酺讲了一篇《尚书》，之后才行君臣之礼。皇帝给张酺的赏赐特别丰厚，在场的人都跟着沾了光。
皇帝路过任城，亲自到郑均家里看望，还下令以后一直按尚书的俸禄标准给郑均发钱，直到他去世。当时的人都称郑均为“白衣尚书”（“白衣”指没有官职的人，意思是他没正式当官却享受尚书待遇）。
乙丑日，皇帝在定陶下田耕种，体验农事。辛未日，皇帝来到泰山，举行柴祭，把自己的功绩禀告给泰山之神；接着又到了奉高。壬申日，皇帝在汶上的明堂祭祀五帝；丙子日，大赦天下。戊寅日，皇帝前往济南。
三月己丑日，皇帝来到鲁国；庚寅日，在阙里祭祀孔子和他的七十二位弟子，还演奏了黄帝、尧、舜、禹、商、周六个朝代的乐舞，并把孔氏家族中二十岁以上的男子共六十二人都请来参加。皇帝问孔僖：“今天这场聚会，对你们孔氏家族来说，是不是很光荣啊？”孔僖回答：“我听说圣明的君主，没有不尊重老师、重视道义的。如今陛下屈尊，亲自来到我们这小小的地方，这是陛下在尊崇先师，为自己的圣德增辉。要说光荣，我可不敢当。”皇帝大笑着说：“要不是圣人的子孙，哪能说出这么有水平的话！”随后就任命孔僖为郎中。
壬辰日，皇帝到东平，想起了已故的东平献王刘苍，就对刘苍的儿子们说：“想念一个人，就会来到他生活过的地方。地方还在，人却没了。”说着眼泪就把衣襟都打湿了。皇帝随后前往献王的陵墓，用猪、牛、羊三牲齐全的太牢之礼进行祭祀，还亲自在神位前叩拜，痛哭一场，尽情表达哀思。
当初东平献王回封国的时候，骠骑将军府的官吏丁牧、周栩因为敬佩献王爱贤下士，舍不得离开，就留在王府里做了几十年大夫，先后侍奉献王祖孙三代。皇帝听说这件事后，把两人都召见了。皇帝既同情他们多年得不到升迁，又想宣扬献王的美德，就把他们都提拔为议郎。
乙未日，皇帝到东阿，向北登上太行山，又来到天井关。夏天四月乙卯日，皇帝回到宫中。庚申日，皇帝到祖庙祭祀祷告。
五月，皇帝把江陵王刘恭改封为六安王。
秋天七月庚子日，皇帝下诏说：“《春秋》很看重‘三正’（夏正建寅、殷正建丑、周正建子，代表不同的历法岁首），也很慎重对待‘三微’（冬至一阳生，天统之正；腊月阴气受阳气感化，地统之正；正月万物萌动，人统之正）。以后修订法律，规定十一月和十二月不能判决囚犯，只在冬初十月判决就行了。”
冬天，南单于派兵和北匈奴的温禺犊王在涿邪山交战，杀了不少敌人，缴获了很多物资，然后凯旋而归。武威太守孟云上书说：“之前北匈奴和我们和亲，可南匈奴又去抢劫他们。北单于觉得汉朝骗了他，正谋划着侵犯边塞。我觉得应该把南匈奴抢来的人口送还，好安抚北单于。”皇帝下令让百官在朝堂上讨论这件事。
太尉郑弘、司空第五伦认为不能答应，司徒桓虞和太仆袁安却觉得应该送还。郑弘情绪激动地大声斥责桓虞：“那些说要送还人口的人，都是不忠之臣！”桓虞也生气地呵斥他，第五伦和大鸿胪韦彪也都气得脸色大变。司隶校尉见状，上书弹劾郑弘等人，郑弘他们只好上交印绶请罪。
皇帝回复说：“大家讨论了这么久，各有各的想法。本来事情就是要通过商议来决定，策略要靠大家共同制定。大家争论时和和气气、有礼有节才好，要是都憋在心里不说话，对朝廷反而不好。你们何必这么自责请罪呢！都把印绶拿回去，继续好好工作！”于是皇帝下诏说：“江河湖海之所以能容纳百川，是因为它地势低下。稍微委屈一下，又算得了什么！何况现在我们和匈奴已经确定了君臣关系，他们言辞恭顺，条约明确，还不断派人来进贡，我们怎么能违背信义，让自己落个理亏的名声！命令度辽将军和中郎将庞奋，用双倍的价钱赎回南匈奴抢来的人口，送还给北匈奴；南匈奴杀敌、俘虏敌人，还是按照以前的标准记功行赏。”
元和三年（公元86年）
春天正月丙申日，皇帝到北方巡视；辛丑日，在下田耕种。二月乙丑日，皇帝告诫侍御史和司空说：“现在正是春天，我沿途经过的地方，不许砍伐树木、捕杀动物。车子能绕路就绕路，马匹能解开休息就解开休息，千万别破坏了春天万物生长的好时候。”
戊辰日，皇帝来到中山，出了长城；癸酉日，返程途中到了元氏。三月己卯日，皇帝前往赵国；辛卯日，回到宫中。
太尉郑弘多次向皇帝上书，说侍中窦宪权势太大，话说得十分恳切直白，窦宪因此非常恨他。正巧郑弘上书弹劾窦宪的党羽，尚书张林和洛阳令杨光为官贪婪残暴。奏书送上去后，有个官吏和杨光关系好，就偷偷把这事告诉了杨光，杨光又跑去告诉窦宪。窦宪马上反咬一口，弹劾郑弘作为大臣，却泄露机密。皇帝信以为真，把郑弘狠狠责备了一顿。
夏天四月丙寅日，皇帝收回了郑弘的印绶。郑弘心灰意冷，主动到廷尉那里“自首”，打算坐牢。皇帝又下诏把他放了出来。郑弘趁机上书，请求退休回家，皇帝没同意。后来郑弘病重，又上书谢罪说：“窦宪作恶多端，罪行滔天，天下人都疑惑不解，无论贤能还是普通百姓，都对他恨之入骨，大家都说‘窦宪到底用了什么手段迷惑陛下！当年王氏家族（指西汉王莽家族）专权乱政，最后导致国家灭亡，这样的祸事还历历在目啊’。陛下身为天子，要保住江山万代相传，可要是轻信了奸臣，不考虑国家存亡的大事，那怎么行！我虽然命不久矣，但到死都不会忘记对国家的忠诚。希望陛下能严惩窦宪这个大奸臣，也好让天下百姓和地下冤魂的怨气有个发泄的地方！”皇帝看了奏章，派太医去给郑弘看病，可太医还没到，郑弘就去世了。
皇帝任命大司农宋由为太尉。
司空第五伦因为年老多病，上书请求退休。五月丙子日，皇帝下诏批准，还下令以后一直按二千石官员的俸禄标准供养他，直到他去世。第五伦为官一心为公，坚守节操，上书进言从来都是有一说一，不模棱两可。他性格朴实诚恳，不擅长花言巧语，在任时一直以清正廉洁着称。有人问他：“您有没有私心啊？”他回答说：“以前有人送我一匹千里马，我虽然没接受，但后来朝廷选拔官员的时候，我心里总会想起这个人，不过最后也没任用他。像这样的情况，能说我没有私心吗？”
皇帝任命太仆袁安为司空。
秋天八月乙丑日，皇帝到安邑，参观盐池。九月，皇帝回到宫中。
烧当羌的迷吾又和弟弟号吾，带着各个部落造反。号吾先带着一小队人，偷偷跑到陇西边界捣乱。督烽掾李章带人追击，活捉了号吾，把他押到郡里。号吾求情说：“你杀了我一个人，对羌人来说没什么损失。要是能放我回去，我保证让大家都撤兵，以后再也不侵犯边塞。”陇西太守张纡就把号吾放了。号吾回去后，羌人果然解散，各自回到原来的地方。迷吾也退到黄河以北的归义城。
疏勒王忠从康居王那里借了些兵，回来占据损中，还派使者向班超假投降。班超识破了他的诡计，假装答应。忠只带着少数骑兵来见班超，班超当场把他斩杀，还趁机打败了他的手下。从此，西域南部的道路就畅通无阻了。
楚王刘英的母亲许太后去世。皇帝下诏重新安葬楚王刘英，还追封他爵位，赐谥号为楚厉侯。
皇帝任命颍川人郭躬担任廷尉。郭躬判决案件、裁定刑罚时，大多秉持怜悯宽恕的原则。他梳理出四十一条量刑较重、可从轻发落的条文，上奏给皇帝，这些建议都得到了批准并施行。
鲁国的博士曹褒上书，认为“应当制定典章制度，编写出属于汉朝的礼仪规范”。太常巢堪却觉得“制定礼仪是关乎一代的重大典章，不是曹褒一个人能完成的，不能答应”。皇帝知道这些儒者思想保守，难以和他们一起开创事业，而朝廷的礼仪制度又应该及时确立，于是任命曹褒为侍中。玄武司马班固提议“应该广泛召集众多儒者，共同讨论礼仪制度的得失”。皇帝说：“俗话说‘在路边盖房子，三年都盖不成’。讨论礼仪的人聚在一起，就像在打口水仗，互相质疑，各执一词，根本没法落笔。当年尧创作《大章》之乐，有一个夔就足够了。”
章和元年（公元87年）
春天正月，皇帝召见曹褒，交给他叔孙通编写的十二篇《汉仪》，说道：“这套制度零散简略，很多地方不符合经典，现在你要依据礼法逐条修正，让它能够真正推行。”
护羌校尉傅育想讨伐烧当羌，但考虑到烧当羌刚刚归降，不想大张旗鼓出兵，就招募人去挑衅其他羌人、胡人部落，想引发冲突。结果羌人、胡人不愿配合，反而再次反叛，逃出边塞，重新投靠迷吾。傅育请求征调各郡数万兵力一起攻打羌人。还没等各郡军队集结，三月，傅育就独自率军进发。迷吾得知消息后，带着部落迁徙离开。傅育派三千精锐骑兵拼命追击，夜里追到三兜谷时，因为疏忽大意没有设防，迷吾趁机发动袭击，大败汉军，傅育和八百八十名官兵被杀。等各郡的军队赶到时，羌人已经撤离。皇帝下诏，任命陇西太守张纡为护羌校尉，率领一万士兵驻守临羌。
夏天六月戊辰日，司徒桓虞被免职。癸卯日，朝廷任命司空袁安为司徒，光禄勋任隗为司空。任隗是任光的儿子。
齐王刘晃和弟弟利侯刘刚，还有他们的母亲太姬，相互告状。秋天七月癸卯日，皇帝下诏，把刘晃的爵位贬为芜湖侯，削减刘刚的食邑三千户，收回太姬的玺印绶带。
壬子日，淮阳顷王刘昞去世。
鲜卑族进入匈奴左地，攻打北匈奴，大获全胜，斩杀优留单于后返回。
羌人首领迷吾又联合其他部落侵犯金城塞，张纡派从事、河内人司马防在木乘谷迎战。迷吾战败逃走，通过翻译表示想要投降，张纡接受了。迷吾带着部众来到临羌，张纡大摆宴席，在酒里下毒，埋伏的士兵趁机杀死八百多名羌人首领，还砍下迷吾的头颅，拿到傅育的坟墓前祭奠。随后，张纡又发兵攻打迷吾的残部，斩杀、俘虏数千人。迷吾的儿子迷唐，与其他部落化解仇怨，通过通婚、交换人质的方式结盟，占据大、小榆谷发动叛乱，势力越来越大，张纡根本无法控制。
壬戌日，皇帝下诏，因为祥瑞不断出现，将年号改为章和。当时，京城和全国各地频繁出现祥瑞之兆，前前后后有几百上千次，上书进言的人都认为这是国家兴盛的好兆头。只有太尉的属官、平陵人何敞觉得不对劲，他对宋由和袁安说：“祥瑞是因为君主有德行才出现，灾异则是由于政治有问题才发生。如今有怪鸟在宫殿上空飞翔，奇异的草在庭院里生长，这些现象不能不仔细审视！”宋由和袁安听了十分害怕，不敢回应。
八月癸酉日，皇帝到南方巡视。戊子日，驾临梁国；乙未日，月底，来到沛国。
这一天发生了日食。
九月庚子日，皇帝来到彭城。辛亥日，前往寿春，并恢复阜陵侯刘延的阜陵王爵位。己未日，驾临汝阴。冬天十月丙子日，皇帝回到宫中。
北匈奴陷入大乱，屈兰储等五十八个部落、二十八万人，前往云中、五原、朔方、北地归降汉朝。
曹褒依据旧有的典章制度，融合《五经》《谶记》的内容，编撰了从天子到平民，关于冠礼、婚礼、吉礼、凶礼等完整流程的制度，共一百五十篇，上奏给皇帝。皇帝因为大家对礼仪制度的看法很难统一，所以只是收下了奏疏，没有再让有关部门进行评议审核。
这一年，班超征调于阗等国的军队，总共两万五千人，攻打莎车。龟兹王则征调温宿、姑墨、尉头的军队，集结五万人前去救援。班超召集将校和于阗王商议说：“现在我们兵力少，敌不过对方，不如假装各自撤退。于阗军队从这里向东走，我率领的军队从这里向西返回，到夜里听到鼓声就出发。”同时，班超故意放松对俘虏的看管，让他们有机会逃跑报信。龟兹王听说后大喜，亲自率领一万骑兵在西边拦截班超，温宿王率八千骑兵在东边截击于阗军队。班超得知两路敌军已经出动，秘密召集各部人马整装待发。天刚蒙蒙亮，汉军就疾驰冲向莎车军营。莎车军队惊慌失措，四处奔逃，班超率军追击，斩杀五千多人，莎车国被迫投降，龟兹等国的援军也纷纷撤退。从此，班超在西域威名远扬。
章和二年（公元88年）
春天正月，济南王刘康、阜陵王刘延、中山王刘焉来京城朝见。皇帝生性宽厚仁慈，十分看重亲情，所以他的叔父济南王、中山王，每次入朝都备受恩宠。皇帝的各位兄弟也都被留在京城，没有前往封国。此外，皇帝赏赐群臣的财物，远远超过了规定的标准，国库都快被掏空了。