外洋之讼的波澜稍平，一场源于内部、关乎“创新”与“垄断”界限的争议，又在南京城的工坊与市井间悄然发酵。这便是《大明商律》中悬而未决的“专利”条款，在具体实践中引发的困惑与冲突。
事起于南京城内一家名为“巧工坊”的木工作坊。坊主李德贵，是个心思活络的中年匠人，他深受格物院公布的某些力学原理启发，苦思冥想数月，对传统木工常用的“榫卯结构”进行了一番精妙改良，设计出一种结合了特定角度与凹凸咬合的新式榫卯。此榫卯不仅结合更为紧密牢固，且在某些特定构件（如桌椅腿与面框的连接）上，安装效率较旧法提升了近三成。
李德贵如获至宝，立刻依照《大明商律（草案）》中关于“工艺专利”的设想（虽该篇尚未正式颁行，但理念已流传），带着详细的图纸和一件样品，前往格物院机械部备案，希望能获得类似“专营权”的保护，禁止他人仿造。
格物院机械部主事赵士桢（已从蒸汽机车事故中恢复）接待了他。赵士桢仔细查验了图纸和样品，对李德贵的巧思颇为赞赏，但也面露难色。
“李坊主，此物确实精巧，于木工技艺有推进之功。”赵士桢斟酌着词句，“然《商律·专利篇》尚在争议之中，未有定论。格物院目前只能为你备案存证，注明此构思源于你处，并出具一纸‘技艺认定书’，证明此物确系新颖有用。但凭此文书，恐难以禁止他人仿制，除非你能证明他人是窃取了你的图纸。”
李德贵虽有些失望，但拿到格物院的认定书，依旧视若珍宝，回到坊中便开始大量制作采用新式榫卯的家具，果然因其牢固与美观，很快打开了市场，售价虽略高，仍供不应求。
然而，好景不长。不过月余，南京城内另一家规模更大的“鲁班坊”，便推出了几乎一模一样的榫卯结构家具，价格却比“巧工坊”低廉近两成。明眼人一看便知是仿造。
李德贵又惊又怒，拿着格物院的认定书和“鲁班坊”的家具作为证据，一纸诉状告到了南京刑部，指控“鲁班坊”坊主孙大锤“窃夺技艺，仿造牟利”。
此案一出，立刻引发了南京工商界的广泛关注。许多新兴的小作坊主和独立匠人站在李德贵一边，他们认为若无专利保护，自己辛辛苦苦的创新转眼便会被大工坊凭借资本和规模优势仿造挤垮，谁还愿意投入心血钻研新技术？而“鲁班坊”孙大锤及一些传统大工坊主、行会头目则持反对意见。
“木工榫卯，乃祖宗传下的手艺，千百年来皆是如此！略有改进，便要独占？天下哪有这等道理！”孙大锤在堂上振振有词，“他李德贵能做，我孙大锤为何做不得？莫非这榫卯之法，他申请了便成了他家的私产？此非鼓励创新，实乃阻碍技艺流传，与民争利！”
他的辩词，代表了许多守旧工匠和商人的观念：技艺乃天下公器，略有改良便欲垄断，是坏了行规。
都察院右都御史李守俊等人，再次敏锐地抓住了攻击新政的切入点。此次，他们不再直接反对“格物”本身，而是针对其衍生出的“专利”概念进行猛烈抨击。
“陛下！工匠之术，贵在切磋流传，方能日益精进！今有人欲以一己之‘巧’，便禁止他人习用同类之法，此非锢蔽智慧，阻碍百工进步为何？”李守俊在朝会上引经据典，甚至搬出了鲁班、“梓人传”等典故，“若此风一开，则将来各行各业，稍有改良便申请‘专利’，划地为牢，则技艺如何交流？物价如何平抑？此乃与‘格物致知’开放之本意相悖，实为商贾逐利之巧立名目！”