从金田起义到定都天京，杨秀清一直是太平军的“实际指挥者”。他虽然没读过兵书，却有着惊人的军事天赋：他善于观察地形，总能找到最有利的作战位置；他善于调动兵力，能把有限的兵力发挥出最大的作用；他还善于鼓舞士气，每次打仗前，他都会“天父下凡”，说“天父会保佑咱们，咱们一定能打赢”，让太平军士兵们士气大振。
1852年，太平军攻打长沙，久攻不下，清军的援军又快到了，将领们都想撤退。可杨秀清却坚持要打，他说：“长沙是湖南的重镇，拿下长沙，就能打开通往湖北的大门，咱们不能退！”他亲自勘察地形，发现长沙城西的湘江边防守薄弱，就派萧朝贵率领精锐部队，从湘江边发起猛攻。虽然萧朝贵在战斗中牺牲了，但太平军最终还是攻克了长沙。
1853年3月，太平军攻克南京，洪秀全把南京改名为“天京”，定为太平天国的都城。在定都天京的庆功宴上，洪秀全说：“咱们能有今天，东王功不可没！以后，朝廷的政事，都由东王负责，你们都要听东王的！”从此，杨秀清不仅掌握了太平天国的军权，还掌握了政权，成了太平天国真正的“掌权者”。
定都天京后，杨秀清开始大展拳脚，治理太平天国。他确实有治国的才能，推出了很多有利于太平天国发展的政策：
在军事上，他派太平军北伐和西征。北伐军虽然最终失败，但也给清廷造成了很大的打击，牵制了清军的兵力；西征军则先后攻克了武昌、九江、安庆等重镇，扩大了太平天国的版图，还缴获了大量的粮食和武器，为太平天国的发展提供了保障。
在政治上，他整顿吏治，严惩贪官污吏。太平天国刚定都天京时，很多官员都贪污受贿，欺压百姓。杨秀清知道后，亲自审理案件，把那些贪污受贿的官员处死，还制定了严格的规章制度，规范官员的行为。在他的治理下，太平天国的吏治一度变得比较清明。
在经济上，他推行“圣库制度”，把百姓的财产集中起来，统一分配。虽然这个制度后来因为各种原因没能完全落实，但在一定程度上解决了太平军的粮食和物资问题，也让老百姓得到了一些实惠。
在文化上，他废除了科举制度，开设“女科”，允许妇女参军、做官。这在当时是非常超前的做法，打破了传统的封建礼教，让妇女得到了一定的解放。
在杨秀清的治理下，太平天国一度呈现出“欣欣向荣”的景象。《贼情汇纂》里记载：“秀清为人多智，善驭下，天国军政，一以委之，由是军威日盛，疆域日广。”这段话虽然是清廷官员写的，带有一定的偏见，但也客观地评价了杨秀清的治国才能。
可随着权力越来越大，杨秀清的心态也渐渐变了。他开始变得骄傲自大，目中无人，甚至不把洪秀全放在眼里。他经常“天父下凡”，对洪秀全指手画脚，有时候甚至会当众训斥洪秀全。有次，洪秀全因为小事处罚了一个后宫妃嫔，杨秀清就“天父下凡”，说洪秀全“虐待妃嫔，对天父不敬”，逼着洪秀全跪下受罚，还打了洪秀全四十板子。
洪秀全心里虽然不满，但也只能忍了——谁让杨秀清是“天父代言人”呢？可杨秀清却得寸进尺，开始为自己谋取私利。他修建了豪华的东王府，东王府的规模比洪秀全的天王府还大，里面有几千个侍从，吃饭用的都是金碗银筷，出门要坐64人抬的大轿；他还从民间选了很多美女，充实自己的后宫，生活过得比洪秀全还奢侈。
将领们对杨秀清的不满也越来越深。有的将领因为一点小事，就被杨秀清严厉处罚；有的将领立了功，却得不到应有的奖赏。北王韦昌辉就因为一次作战失利，被杨秀清当众训斥，还被打了一百板子，心里一直怀恨在心；翼王石达开也因为跟杨秀清意见不合，被杨秀清排挤，手里的权力越来越小。
这时候的杨秀清，就像一个“赢了钱就得意忘形的赌徒”，根本没意识到，自己已经把身边的人都得罪光了，一场针对他的“阴谋”正在悄悄酝酿。
1856年，太平天国的军事形势一片大好：西征军攻克了武昌、九江、安庆等重镇，北伐军虽然失败，但也牵制了清军的大量兵力；清军的江南大营和江北大营被太平军攻破，清廷对天京的包围被解除。杨秀清见太平天国形势越来越好，心里的权欲也越来越膨胀——他不满足于做“二把手”，想做太平天国的“一把手”。
这年夏天，杨秀清又玩起了“天父下凡”的把戏。他倒在地上，过了一会儿站起来，对着洪秀全说：“天父在此！秀全，你身为天王，却不管朝政，沉迷享乐，该打四十板子！还有，你现在是天王万岁，我是东王九千岁，这不公平，你应该封我为东王万岁！”
洪秀全心里恨得牙痒痒，可当着众人的面，又不能反驳“天父”，只能先答应下来，说：“天父息怒，朕这就封东王为万岁！”可洪秀全心里很清楚，一旦封杨秀清为“万岁”，自己就会变成一个傀儡，甚至可能被杨秀清害死。于是，洪秀全偷偷给在江西打仗的韦昌辉写信，让他赶紧回天京，除掉杨秀清。
韦昌辉早就等着这一天了。他接到信后，连夜率领三千精锐，从江西赶回天京。1856年9月2日凌晨，韦昌辉率领士兵，趁着夜色冲进东王府。杨秀清还在睡梦中，就被韦昌辉的士兵砍了头。韦昌辉杀红了眼，不仅杀了杨秀清的家人和亲信，连东王府的侍从、厨师，甚至跟杨秀清有过交往的教众，都不放过，天京城里血流成河，短短一个月，就有两万多人被杀——史称“天京事变”。
杨秀清死后，他的尸体被韦昌辉切成小块，挂在天京街头示众，还被贴上了“反革命分子”的标签。曾经权倾朝野的东王，最后落得个如此凄惨的下场，实在让人唏嘘。
《太平天国史》里记载：“杨秀清专权自恣，逼封万岁，秀全阴令韦昌辉诛之，昌辉遂屠东王府，死者二万余人，天国由是衰矣。”这段话虽然简短，却道出了杨秀清的悲剧——他的专权和权欲，不仅害死了自己，还让太平天国陷入了内乱，从此由盛转衰。
参考《太平天国史》