唐开元年间，汴州有书生姓柳名子衿，字子清，乃前朝柳宗元旁支后裔。年方弱冠，容貌俊朗，通晓经史，尤工诗词。然家道中落，唯余城西老宅一栋，薄田数亩，与老仆福伯相依为命。
是年秋闱，子衿辞别福伯，携书箧赴长安应试。行至潼关，忽遇暴雨，见山麓有古刹，急趋避之。檐下先有一老者倚柱而立，青衫微湿，鹤发童颜，手持药锄，旁置竹篓，满盛草药。
子衿揖礼道：“晚生柳子衿，偶经此地，敢问长者尊号？”
老者还礼笑道：“老朽姓孙，山中采药人耳。观公子气象，可是赴京应试？”
二人叙谈间，雨愈急。忽闻寺内哭声哀切，循声见一妇人跪于佛前，怀中幼子面如金纸，气若游丝。
孙翁上前探看，蹙眉道：“此子中毒已深，非寻常药石可医。”
妇人泣道：“先夫获罪流放，妾携幼子返京，路遇歹人，强灌毒酒，欲夺钱财...”
孙翁自囊中取金针七枚，刺患儿要穴，又出青瓷瓶倾药末灌之。俄顷，患儿呕黑血升余，渐苏。
子衿暗惊其术。雨歇辞别时，孙翁忽道：“公子眉间隐有青气，三日内当有奇疾发作。若信老朽，可随我入山暂避。”
子衿虽疑，然感其医术，遂同行入华山。
至一幽谷，茅屋三楹，药圃环绕。夜半果觉浑身灼痛，视之肌肤现红斑如蛛网。孙翁施针用药，三日方愈。告曰：“此乃潼关客栈中的蜈蚣蛊，必是有人暗算。”
子衿蓦然忆起，考前曾拒汴州太守请托，为其纨绔子代笔。太守羞恼，竟下此毒手！
养疴期间，子衿助孙翁整理药草，见其室中医典浩瀚，多有孤本。翁笑言：“老朽孙思邈族裔，避世在此五十载矣。”
某日曝书，忽从《千金要方》夹页落残卷半幅，墨迹古奥，绘人体奇经八脉，题《青囊秘要》。孙翁叹道：“此乃华佗失传之术，可惜仅存半卷。”
子衿天资聪颖，月余竟识得百草性情。翁奇之，尽授岐黄之妙。
忽一日，京中驿使至，带来福伯血书。原来子衿离汴后，太守诬其科场舞弊，抄没家产，老仆下狱，宅院改作太守别业。
子衿悲愤欲绝，即欲下山复仇。孙翁阻曰：“彼官居四品，岂是布衣可撼？老夫有三策授君。”
翁取锦囊三枚，嘱道：“青囊医病，赤囊医心，玄囊医世。依次拆之，不可妄为。”
又赠青布药囊：“此中自有奇缘，慎之重之。”
子衿夜宿潼关驿，忽闻邻室呻吟不止。窥之见一官员腹大如鼓，冷汗涔涔。从人言乃工部侍郎张说，奉旨巡察河工。
子衿忆孙翁所授，断为水蛊之症。施针放血，又取车前子、牵牛子等药急煎。至晓，侍郎疾愈，感其恩德，邀与同行。
至洛阳，适逢皇妹永乐公主患怪疾，肌肤皴裂如树皮，太医束手。张说举荐子衿，帝召入宫。
子衿观公主脉象，断曰：“此非病也，乃中南诏瘴疠之毒。”取药囊中七叶莲捣汁敷之，三日肌肤光洁如初。
帝大悦，问所欲赏。子衿伏地泣诉汴州太守构陷之事。帝怒，遣御史查办，果得实情。太守夺职下狱，家产尽归子衿。
时值疫病流行，子衿设义诊于相国寺，活人无算。百姓感戴，称“柳菩萨”。忽有黑衣女子日暮来访，呈玉牌曰：“家主有请。”
随行至城外废观，但见蛛网密布，唯神像后暗门洁净。入地道里许，豁然开朗，竟藏精舍数间。
病榻上卧一老妪，面覆黑纱，气促声嘶：“老身琅琊王氏，中毒十年矣。闻公子妙手，特来相求。”
子衿诊脉大惊：“此非中原之毒，似苗疆蛊术？”