允明依言收藏法印，夫妻恩爱日甚。次年琼英诞下双胞胎，取名陶玄、陶素。恰逢永乐帝征召方士，有番僧献“移山填海”之术。允明仗义执言，以五雷印破其幻术，被荐入京任钦天监博士。
岂料番僧怀恨，暗将诅咒符箓埋于陶宅地基。一夜雷电交加，琼英突然披发跣足，取剪刺向婴孩！允明急祭五雷印，见妻子眼中红光挣扎：“妾身被妖僧咒力所控，快用宝篆镇我元神！”允明泪如雨下，不得已施法将琼英魂魄封入古砚。
次日番僧率东厂缇骑拿人，诬允明以妖术害妻。诏狱之中，允明忽见砚台渗血，浮现琼英血书：“妾魂暂寄砚中，夫速携儿南逃。三年后重阳，钱塘江口有舟相接。”当下狱墙无故崩塌，允明负双子逃出京师。
辗转至杭州时，玄素二子染疫。允明典当衣衫买药，昏倒断桥边。蒙渔家女阮氏相救，延医诊治。阮氏名唤阿蘅，原是放鹭舟人家女儿，虽布衣荆钗，却通晓岐黄之术。精心调治半月，二子渐愈。
允明感其恩德，帮衬渔市记账。这日清算鱼税，忽见市舶司文书中有“番僧贡礼”字样，细查竟是那妖僧奉旨出海求仙！夜观天象，见妖星犯帝座，急修血书托驿卒送京。谁知驿卒竟是东厂暗探，当即引来追兵。
仓皇逃窜间，允明负子跳入钱塘江。恍惚见琼英踏浪而来，抛下珍珠伞：“妾已求得太乙真人说情，许借东海龙宫暂避！”但见波涛分道，虾兵蟹将迎入水晶宫。龙王笑道：“张天师早传法旨，留君教养龙子三年。”
宫中无日月，允明教二子读书，兼修宝篆道法。忽一日虾将来报：“妖僧蛊惑圣驾东征，船队已至琉球！”允明掐指一算，急求龙王：“明日午时必有海啸，愿借分水犀救驾。”龙王叹道：“此乃天劫，然念君仁义，可遣赑屃负君往。”
但见巨龟劈浪而行，恰遇龙卷风摧折宝船。允明祭五雷印镇住风浪，妖僧作法引来巨鲸。正危急时，怀中宝篆飞化金网，罩住妖僧。忽闻仙乐悠扬，琼英乘丹鹤而至：“天师法旨：妖僧本蓬莱守鹤童子，私逃人间，今押返受审。”
永乐帝惊魂甫定，见允明救驾有功，赦免前罪。忽有御史呈上密卷：原是番僧诅咒案真相大白，东厂督主亦牵连下狱。帝欲加封允明，却见夫妻相携拜辞：“臣愿辞官归隐，守护宝篆。”
归途过吴江，见沈夫人已出家为尼。夜宿老宅时，古砚忽然开裂，琼英魂魄袅袅而出：“妾尘缘已尽，当返瑶池复命。双儿自有阮阿蘅抚育...”言毕化作虹霓消散。允明悲恸间，闻得叩门声，竟是阿蘅携医书来访：“梦见姐姐嘱我送药。”
后允明娶阿蘅为续弦，二子状元及第，宝篆供奉于朝天宫。百年后有人见允明骑鹤升仙，留下偈语：
玄文宝篆隐天机，沧海桑田几度移。
但存一点精诚在，白云深处是瑶池。
至今吴江有座“宝篆桥”，每逢雨霁，桥孔现七彩光晕。老辈人言：那是陶真人与夫人跨鹤归来，点数人间善恶哩！