混沌初开，鸿蒙始判，天地间有一缕先天清气，受日月精华千万年滋养，化形为神，自号昊天氏。彼时三界未定，群魔乱舞，人间哀鸿遍野。昊天氏发下宏愿，欲整肃乾坤，乃踏三十六重天，历一万七千五百劫，每劫十二万九千六百年。
这一日，昊天氏行至西昆仑绝顶，见紫气东来三万里，有玄鹤衔丹书而至。展开观之，乃天地至理凝结的《混元道经》。正参悟时，忽闻下界哭嚎震天，垂目望去，但见九幽血海翻涌，魔祖罗睺率八部天魔吞噬人间。昊天氏叹道：“不破不立，今日当证大道。”
遂取昆仑山五色石，采北极玄冰，纳南极真火，炼就一柄昊天剑。剑成之时，三十六重天震动，日月并耀于苍穹。昊天氏仗剑直下九重，与魔祖战于不周山下。这一战打得山崩地裂，罗睺召来亿万里血云，昊天剑引动周天星辰，斗到激烈处，忽见昊天氏头顶现出亩许大的庆云，其中三花聚顶，五气朝元，竟是勘破了混元道果。
魔祖见势不妙，欲遁入归墟，却被昊天剑斩去三首六臂。正当要绝其根本时，西方忽现七彩祥光，有道人乘青牛而来，言道：“天道贵生，魔祖虽恶，亦为造化一环，不如镇于北冥海眼，以全因果。”昊天氏稽首应诺，自此奠定三界秩序。
鸿钧道人显圣，册封昊天氏为“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝”，统御诸天，综领万圣。登基之日，三十三重天钟鼓齐鸣，瑶池金母献蟠桃，老君呈金丹，如来奉金莲，三界仙真齐聚凌霄宝殿。
然天庭初立，百废待兴。玉帝首颁天条三百六十款，设雷、火、瘟、斗、水、痘六部正神，又立四海龙王司雨，十殿阎罗掌生死。却不想诸神久居散漫，常有怠职之事。
这年人间大旱，江淮流域三年不雨，赤地千里。百姓设坛祈雨，香火直透九重天。玉帝震怒，召四海龙王问罪。东海龙王敖广伏地请罪：“非臣等渎职，实是雨部天尊私改雨簿，将江淮雨水尽数拨与其凡间族亲。”
玉帝命千里眼、顺风耳查探，果见闽南某县三年风调雨顺，而县令正是雨部天尊胞弟。玉帝冷笑：“朕初登大宝，便有人试探天威。”即命雷部众神布设九霄神雷阵，将雨部天尊削去顶上三花，打入轮回。又亲执昊天剑，将私改的雨簿一斩为二：“天道无私，岂容徇情！”言毕口含天宪，敕令四海龙王即刻行雨。
但见四海龙王现出万丈龙身，腾云驾雾而来。雷公擂鼓，电母照镜，风伯展袋，雨师洒露。顷刻间甘霖普降，枯木逢春。百姓望空叩拜，感念天恩。
此事方了，西王母来报：“蟠桃园中三千六百株仙树遭虫蛀，恐是魔气侵染。”玉帝亲往察看，但见桃叶枯黄，果实萎缩。运慧眼观之，竟见一丝若有若无的幽冥之气。遂召地藏王菩萨共查，发现乃当年魔祖罗睺残存魔念，附于桃蚜之上，欲坏天庭根基。
玉帝沉吟片刻，取瑶池圣水混合三光神水，以太阳真火煅烧七七四十九日，炼成“净世琉璃瓶”。持瓶绕桃园三周，洒下甘露，魔气尽消。蟠桃树重焕生机，花开九重，香溢三十三天。
正值王母寿诞，玉帝特开蟠桃盛会。八洞神仙献艺，嫦娥起舞，天官赐福。却见齐天大圣孙悟空盗金丹、窃御酒，扰乱盛会。玉帝本欲遣天兵擒拿，忽心有所感，叹道：“此猴乃补天石所化，与朕同源而生，杀之不祥。”遂请如来佛祖施法镇压于五行山下，留待日后机缘。
三界稍定，玉帝忽感道心波动，知是尘缘未了。原来当年历劫时，曾有一世为凡间书生，与卖豆腐的老翁有半师之谊。如今老翁转世七次，今生投在江南为蚕农，正值困顿。玉帝乃化做游方道士，降临凡间。
但见桑田枯黄，蚕户面有菜色。打听方知，此地遭了“鬼蚕”之灾——蚕宝宝吐丝即断，户户绝收。玉帝夜宿破庙，运神通探查，见一黑气盘踞蚕神庙。原是当地庙祝勾结妖道，在神像下埋了厌胜之物，欲逼百姓献童男童女祭祀。
玉帝假意应征庙祝，被引至密室。见妖道正炼邪法，供桌上摆着七盏魂灯。玉帝现出真身，喝曰：“朕统三界，岂容邪祟害民！”妖道大惊，化黑风而逃。玉帝屈指一弹，昊天剑分身追出三千里，将妖道钉在峨眉山绝壁。又取三光神水洒向桑田，枯木逢春，蚕宝宝重吐银丝。
蚕农感念，欲为道士立生祠。玉帝笑而不受，踏云而去时，空中飘落金简一枚，上书《养蚕真经》。百姓方知遇天帝临凡，望空叩拜不已。
返回天庭途中，忽见东海恶浪滔天。巡海夜叉来报：“龙王三太子被九头虫所困，水晶宫危在旦夕。”玉帝蹙眉：“朕已敕封四海龙王，何妖敢犯天威？”亲临东海，见九头虫现万丈妖身，九个头颅喷吐毒火玄冰。原来竟是上古相柳遗种，欲夺四海之精修炼魔功。
玉帝脱去九章法服，现出混元道体。头顶现出亩许庆云，其中三花旋转，五气结成华盖。也不用法宝，只将右手一指，喝声：“定！”周天星辰顿止运转，万里波涛凝如琉璃。九头虫九个头颅齐喷本命毒焰，玉帝张口一吸，竟将毒焰尽数吞入腹中，运三昧真火炼成一颗毒珠。
“汝修炼不易，奈何逆天行事。”玉帝叹道，将毒珠掷还。九头虫被自家毒焰所伤，现出原形——竟是共工怒触不周山时，溅出的一滴精血所化。玉帝取八景宫灯，将其封印于北冥之眼，永世不得出。
龙王感激涕零，献上定海神针铁。玉帝笑道：“此物合该另遇明主。”命龙王好生保管，日后自有缘法。
刚回凌霄殿，忽感心潮涌动。掐指一算，原是当年镇压魔祖罗睺时，其一丝残魂附在昊天剑上，潜入天宫。此刻正蛊惑执掌天条的青童君，欲篡改天道法则。
玉帝急赴天条殿，见青童君双目赤红，正在篡改姻缘簿。原来魔魂欲乱三界人伦，使人间夫妻反目，父子成仇，从根本上动摇天庭气运。
“道友迷了。”玉帝轻叹，头顶现出混沌珠，照定青童君元神。那魔魂尖啸欲逃，被玉帝一掌罩住。却不料魔魂竟自爆本源，污了三百条天条。玉帝不惜损耗本命元气，口吐真言，字字化成金色符篆，将破损天条逐一修补。
忽见一道天条崩裂，化作流光坠向凡间。玉帝分神追赶，见那流光投生在一书生之妻腹中。来年此子降生，取名包拯，日后将成为铁面无私的判官，补全人间法度——此乃后话。
修补天条毕，玉帝元气大伤，闭关九九八十一日。出关时忽见三界怨气升腾，原是人间帝王失德，战乱四起。玉帝欲降天罚，太白金星谏曰：“天道无为，人道自强。若事事干预，反失造化之机。”
玉帝颔首：“善。”乃命九天玄女降世，传授兵法韬略；遣文曲武曲下凡，辅佐明主；又让四海龙王节制雨水，使恶君之地旱涝交替。不过三年，民心归附有德之君，天下重归太平。
这日巡视天河，见织女坐望凡尘，面有忧色。问之，乃思凡间牛郎。玉帝感其真情，特准每年七月七日鹊桥相会。却不想开此先例，引得瑶池仙女皆动凡心。