嘉靖三十二年（1553年）明朝命都御史王忬提督军务，名将俞大猷率兵猛攻汪直在舟山的基地烈港。汪直败走日本平户。
嘉靖三十四年（1555年）汪直虽在日本，但仍有意与明朝和解。他派人传话给明朝政府，表示愿意协助剿灭其他海盗，以换取开放海禁，允许合法贸易。
嘉靖三十六年（1557年）在浙直总督胡宗宪的谋划下，由其幕僚蒋洲、陈可愿出使日本，成功说服汪直。
胡宗宪对汪直采取了“剿抚并用，以抚为主”的策略，一方面承诺为其请功开放海市，另一方面将其留在内陆的家人放出监狱，优厚安置，以示诚意。
九月，汪直率庞大舰队抵达舟山群岛的岑港，观望形势。
结局：受诱被杀，海上格局剧变（1558-1559年）
嘉靖三十七年（1558年）汪直在岑港等待明朝的答复期间，因要求（开放海禁）迟迟得不到满足，且明朝地方官员对其充满警惕，双方信任破裂。
明朝军队围攻岑港，战事持续数月，汪直部众损失惨重。
嘉靖三十八年（1559年）冬，在胡宗宪的再次保证下，汪直决定亲自前往杭州与官方谈判。
十二月二十五日（公历已入1560年1月），汪直抵达杭州，旋即被浙江巡按御史王本固逮捕下狱。
尽管胡宗宪曾上书请求赦免汪直以安抚海上势力，但在朝野“严诛海寇”的巨大舆论压力下，明世宗（嘉靖皇帝）最终下旨处决汪直。
同年，汪直在杭州官巷口被处斩。临刑前，他叹息道：“死吾一人，恐苦两浙百姓。”
历史评价与影响
倭寇问题的缩影：汪直是“嘉靖大倭寇”的代表性人物。其队伍中虽有许多日本人（真倭），但主体是像他这样的中国海商和破产渔民（假倭）。他的兴衰反映了“海禁”与“海上贸易需求”之间不可调和的矛盾。
亦商亦盗的双重性：他既是从事武装贸易的商人，追求合法地位；也是劫掠沿海的寇盗。他的行为逻辑核心是追求贸易利润，当合法途径被堵死时，便走上了武装走私乃至暴力反抗的道路。
时代的悲剧人物：他的死并未解决倭寇问题，反而因其群龙无首，导致海上势力分裂，各路小股倭寇的侵扰更加猖獗，东南沿海的动荡又持续了多年。他的结局也印证了在僵化的朝贡体制和海禁政策下，试图通过妥协达成和解的艰难。
推动政策转变：汪直事件及其后持续不断的倭患，让明朝统治者逐渐认识到单纯严禁的弊端。最终在嘉靖死后，隆庆元年（1567年），明朝部分开放了海禁，实行“隆庆开关”，在一定程度上承认了私人海外贸易的合法性。从某种意义上说，汪直等人的活动客观上推动了这一历史进程。