1561年（嘉靖四十年）倭寇大举进犯台州。戚继光率军在台州附近的花街、上峰岭、长沙等地，与倭寇连续交战九次，九战九捷，大获全胜。史称“台州大捷”。此役后，浙江倭患基本平息。
第四部分：两度入闽，荡平寇氛（1562-1566）
1562年（嘉靖四十一年）因福建倭患严重，奉命率戚家军入闽支援。八月，攻克倭寇在福建的三大巢穴之首——横屿，采用“负草填泥”的战术，奇袭成功。
随后，乘胜夜袭牛田、林墩倭巢，连战连捷，福建倭寇为之震动。
1563年（嘉靖四十二年）因功升任副总兵。戚家军回浙休整期间，福建倭寇卷土重来，围攻仙游。再次奉命入闽，与总兵俞大猷、刘显等部协同作战，大败倭寇，解仙游之围。
1564-1565年（嘉靖四十三至四十四年）与俞大猷等将领配合，陆续剿灭福建境内残余倭寇。至1565年，与俞大猷会师，平定广东倭寇。肆虐中国东南沿海近二百年的倭患基本宣告终结。
第五部分：北镇蓟州，拱卫京师（1567-1582）
1567年（隆庆元年）在首辅张居正的力荐下，被调往北方，以都督同知总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事务，官秩二品。
1568年（隆庆二年）受命担任蓟镇总兵，负责山海关至居庸关的长城防务，直至1582年，镇守蓟州长达十六年。整顿边防：从南方调来戚家军旧部作为骨干，训练北兵，创建车、步、骑多兵种协同作战的军队。
加固长城：大规模整修、加固蓟镇长城，创建了空心敌台（骑墙堡垒）一千余座，内驻士兵，储存粮械，极大提升了长城的防御能力。今日所见金山岭、司马台等雄伟长城段，多为其时遗存。
着书立说：总结在北方练兵的经验，撰写《练兵实纪》等军事着作。
在其镇守期间，蓟门军容成为诸边之冠，蒙古部族不敢轻易进犯，京师安全得以保障。
第六部分：晚年坎坷，将星陨落（1583-1588）
1583年（万历十一年）后台首辅张居正病逝后遭政敌清算。戚继光因与张居正关系密切，受到牵连，被调离蓟镇，改任广东总兵，形同贬谪。
1585年（万历十三年）因旧疾复发，加之政治失意，上疏请求引退。获准后，返回故乡山东登州。
1588年（万历十五年）农历腊月初八（公历1588年1月5日），家无余财、贫病交加的一代名将戚继光在登州家中与世长辞。
其《止止堂集》等诗文着作，展现了其作为儒将的文学修养。
身后影响：戚继光以其卓越的军事才能、严格的治军风格和“封侯非我意，但愿海波平”的崇高情怀，被后世尊为民族英雄。他所缔造的“戚家军”和《纪效新书》、《练兵实纪》等着作，成为世界军事史上的宝贵财富。