魏忠贤得知杨涟上疏的消息时，正在司礼监与心腹议事。初闻之下，他惊得几乎从座位上跳起来，一股寒意从脚底直窜头顶。杨涟的名声、地位和这奏疏的分量，让他感到了前所未有的威胁。他急忙拿着奏疏的抄本，像丢了魂一样去找客氏商量。
客氏仔细听了奏疏内容，脸上非但没有惊惶，反而露出一丝冰冷的、不屑的笑容：“杨涟？哼，这些东林党人，一个个自命清高，把持言路，动不动就指手画脚，好像天下就只有他们才是忠臣。早就该收拾了！忠贤，你现在圣眷正隆，怕他们作甚？皇上难道还会信他们不信你？”
客氏的镇定和怂恿，给魏忠贤打了一剂强心针。他定下神，立刻赶往乾清宫。这一次，他没有选择皇帝做木工的时候，而是扑倒在御前，放声痛哭，涕泗横流。
“皇上！皇上要为老奴做主啊！”他哭得情真意切，仿佛受了天大的委屈，“老奴一心一意伺候皇上，打理宫中事务，不敢有丝毫懈怠。那杨涟、左光斗等人，见老奴得皇上信任，便心生嫉妒，勾结党羽，罗织罪名，欲置老奴于死地！他们哪里是弹劾老奴，分明是指桑骂槐，借此机会非议圣躬，限制皇上您的行动啊！他们是想学那些前朝的言官，把皇上您也圈禁在文山会海里，不得自在啊！”
魏忠贤的哭诉，极其阴险地将东林党人对他的弹劾，扭曲成了对皇帝权威的挑战和限制。天启帝本就对东林党人不断进谏、要求他“亲贤臣、远小人”、遵守繁琐礼仪感到无比厌烦。在他单纯的理解里，魏忠贤是让他能安心做木匠活的“好管家”，而东林党则是喋喋不休、碍手碍脚的“讨厌老师”。此刻听到魏忠贤这番挑拨，更是对杨涟等人心生恶感。
他不耐烦地打断了魏忠贤的哭诉，语气中带着愠怒：“好了！哭哭啼啼成何体统！朕知道了！杨涟这些人，就是见不得朕清静！此事朕知道了，你看着办吧，不必再来禀报！”
“你看着办吧”这五个字，如同尚方宝剑，给了魏忠贤生杀予夺的合法外衣。他心中狂喜，知道反扑的时刻到了。
一场针对东林党人的、有计划、有系统的残酷清洗，就此拉开序幕。魏忠贤指挥他的阉党爪牙，首先利用职权，阻止了杨涟奏疏的正式呈递和讨论，使其无法产生应有的政治效果。随即，反诬杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章等人接受辽东经略熊廷弼的贿赂（熊廷弼也是他们攻击的对象），将这六人逮捕下诏狱。
在锦衣卫都督田尔耕、镇抚司许显纯等阉党“五彪”的主持下，诏狱变成了人间地狱。杨涟、左光斗等人遭受了惨绝人寰的酷刑。“琵琶骨穿箭”、“铁钉贯耳”、“土囊压身”、“铜锤砸胸”……种种酷刑，旨在逼他们承认根本不存在的赃银，并牵连更多的东林同仁。
然而，这些东林领袖展现了惊人的气节。杨涟在狱中写下血书：“仁义一生，死于诏狱，难言不得死所……大笑，大笑，还大笑！刀砍东风，于我何有哉！”左光斗被打得面目全非，筋骨尽碎，仍怒目圆睁。最终，“前六君子”相继惨死狱中。
这仅仅是开始。随后，高攀龙被迫投水自尽，周起元、周顺昌、黄尊素等“后七君子”也相继被逮捕杀害。朝廷内外，东林党人或被杀，或被贬，或被罢，几乎被清扫一空。诏狱人满为患，朝堂为之一空，取而代之的，尽是魏忠贤的阉党亲信。
经过天启四年到五年的这场血腥镇压，朝中敢于、能够制衡魏忠贤的力量被彻底摧毁。阉党势力如日中天，魏忠贤的权势达到了顶峰。他不仅掌控了内廷的司礼监、东厂，其党羽更是遍布内阁、六部、都督府，乃至地方督抚。从中央到地方，形成了一张只效忠于他个人的庞大权力网络。
年轻的木匠皇帝，在他的工坊里创造了无数精美的木质“宫殿”，而他最信任的“大伴”魏忠贤，却在现实中，用鲜血和白骨，为他搭建起了一座笼罩整个帝国的、黑暗而恐怖的权力迷宫。东林党的鲜血，染红了天启年间的史册，也标志着大明王朝的国运，正不可逆转地滑向深渊。