春季，正月，甲寅朔日（初一）
南燕主慕容超登上天门（广固内城的城门），在城上召见群臣。乙卯日（初二），慕容超与宠妃魏夫人登上城墙，看到晋军兵力强盛，两人握手相对而哭。韩讠卓劝谏说：“陛下正遭遇危难，应当努力自强，来鼓舞士兵百姓的斗志，怎么反而像小儿女一样哭泣呢！”慕容超擦去眼泪，向韩讠卓道歉。尚书令董铣劝慕容超投降，慕容超发怒，把他囚禁起来。
北魏长孙嵩率领军队讨伐柔然。
北魏主拓跋嗣因郡县中的豪强地主大多成为百姓的祸患，用优厚的诏书征召他们入京。百姓留恋故土，不愿迁徙，地方长官强迫他们前往，于是一些无赖少年逃亡聚集，到处盗贼横行。拓跋嗣召集“八公”商议说：“我想为百姓铲除祸害，可地方长官不能安抚，反而让局势混乱。如今犯法的人已经很多，不能全部诛杀，我想大赦来安抚他们，怎么样？”元城侯拓跋屈说：“百姓逃亡做强盗，不惩罚却赦免，这是君主向百姓妥协，不如诛杀首恶，赦免其余党羽。”崔宏说：“圣明的君主治理百姓，关键在于让他们安定，不是与他们较量胜负。大赦虽然不是正道，却可以灵活施行。拓跋屈想先诛杀后赦免，关键是这两种方法都不能消除隐患，不如一次大赦就平定局势！如果赦免后还有人不服从，再诛杀也不晚。”拓跋嗣听从了崔宏的建议。二月，癸未朔日（初一），派将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都被平定。
南燕贺赖卢、公孙五楼挖地道出击晋军，没能击退敌人。广固城长期关闭，城中男女大多因缺粮生病，腿脚浮肿，出城投降的人接连不断。慕容超乘车登上城墙，尚书悦寿劝慕容超说：“如今上天帮助敌人作恶，士兵疲惫憔悴，我们独守这座孤城，又没有外援的希望，天时人事已经很明显了。如果国运已尽，即使是尧、舜也会退位，陛下难道不考虑变通的办法吗！”慕容超叹息说：“国家兴亡，是天命。我宁可持剑战死，也不能投降求生！”
丁亥日（初五），刘裕率领全部兵力攻城。有人说：“今天是‘往亡日’（古代认为不宜出兵的日子），不利于进军。”刘裕说：“我们前往，敌人灭亡，有什么不利！”下令从四面猛攻。悦寿打开城门，迎接晋军入城，慕容超与身边几十名骑兵翻墙突围逃跑，被晋军追上抓获。刘裕列举他拒不投降的罪状，慕容超神色自若，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣。刘裕因广固久攻不下而愤怒，想把城中百姓全部活埋，把他们的妻子女儿赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝皇室南迁后，中原大乱，士民无依无靠，强者就归附谁，既然成为君臣，就必须为君主尽力。这些人都是世家大族，是先帝的遗民；如今朝廷的军队前来讨伐，却要把他们全部活埋，让他们去哪里安身呢！我担心西北的百姓从此再也没有盼望复国的希望了。”刘裕脸色一变，向韩范道歉，但还是斩杀了王公以下三千人，没收一万多户人家为奴婢，拆毁广固的城墙，把慕容超押送到建康，斩首示众。
臣司马光评论说：晋朝自从渡过长江以来，声威势力日渐衰弱，戎狄横行，像老虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方，却不在此时表彰礼遇贤才，安抚疲惫的百姓，宣扬仁爱的风气，清除残暴的政令，让士民向往归附，遗民翘首以待，反而肆意屠杀来发泄愤怒。看他的所作所为，连苻氏、姚氏（前秦、后秦的统治者）都不如，难怪他不能统一四海，成就伟大的功业，这难道不是因为他虽有智勇却没有仁义吗！
当初，徐道覆听说刘裕北伐南燕，劝卢循乘虚袭击建康，卢循不同意。徐道覆亲自到番禺劝说卢循：“我们本来住在岭南，难道要在这里终老，把地盘传给子孙吗？只是因为刘裕难以对抗罢了。如今刘裕把军队停在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些渴望回乡的敢死士兵袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不抓住这个机会，却苟求一时的安定，朝廷始终把您视为心腹之患；如果刘裕平定南燕后，休整军队一年多，用诏书征召您，他亲自率军驻守豫章，派将领率领精锐部队越过南岭，即使您有神武之才，恐怕也难以抵挡。今天的机会，千万不能错过。如果先攻克建康，摧毁朝廷的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的部众直接进攻寻阳。”卢循很不乐意采取这一行动，却又无法反驳徐道覆的计划，于是听从了他。
起初，徐道覆派人在南康山（今江西赣州南）砍伐造船木材，运到始兴后低价出售，当地人争相购买，木材大量囤积，却没人怀疑他的意图；到这时，徐道覆把木材全部取出用来建造战船，十天就完成了。卢循从始兴出发，侵犯长沙，徐道覆侵犯南康（今江西赣州）、庐陵（今江西吉安）、豫章（今江西南昌），各地的太守、内史都弃城逃跑。徐道覆顺长江东下，战船和武器装备非常精良。
当时，攻克南燕的消息还没传到建康，朝廷紧急征召刘裕回京。刘裕正商议留在下邳，经营司州（今河南中部）、雍州（今陕西中部），恰逢收到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；戊申日（二十六日），率领军队返回。檀韶，是檀祗的哥哥。过了很久，刘穆之声称韩范、封融谋反，把他们都杀了。
安成忠肃公何无忌从寻阳率领军队抵抗卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的战船很多，势力处于上游，应当挖开南塘（建康城南的堤坝），坚守豫章、寻阳两座城池等待他们，他们一定不敢绕过我们远攻建康。我们养精蓄锐，等他们疲惫老化后再进攻，这是万全之策。如今把成败寄托在一战上，万一失利，后悔就来不及了！”参军殷阐说：“卢循率领的部众，都是三吴地区的旧贼，身经百战，还有斗志；始兴的溪族士兵，勇猛善斗，不能轻视。将军应当留在豫章，向所属城池征兵，等军队集结后再交战，还不算晚。如果用现在这些兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月，壬申日（二十日），何无忌与徐道覆在豫章相遇，贼军命令几百名强弩手登上西岸的小山拦射晋军。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸，贼军乘风用大战船逼近，晋军随即溃散。何无忌厉声喊道：“拿我的苏武节来！”符节送到后，他手持符节督战。贼军云集而来，何无忌神色不屈，紧握符节战死。于是朝廷内外震动恐惧，大臣们商议想护送安帝向北逃跑，投靠刘裕；不久得知贼军还没到，才停止。
西秦王乞伏乾归进攻后秦的金城郡（今甘肃兰州），攻克城池。
夏王刘勃勃派尚书金纂进攻平凉。后秦王姚兴率军救援平凉，进攻金纂，将他杀死。刘勃勃又派侄子左将军刘罗提攻克定阳（今陕西延安富县），活埋后秦将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领几千人逃到内地，姚兴把他们安置在湟山（今甘肃兰州榆中西南）和陈仓（今陕西宝鸡陈仓）。刘勃勃侵犯陇右（今甘肃东部），攻破白崖堡（今甘肃平凉崇信东南），随后进逼清水（今甘肃天水清水），略阳太守姚寿都弃城逃跑，刘勃勃把清水的一万六千户百姓迁徙到大城（今内蒙古鄂尔多斯杭锦旗东南）。姚兴从安定（今甘肃平凉泾川）追击，追到寿渠川（今地不详），没能追上，只好返回。
当初，南凉王秃发傉檀派左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，劫掠临松（今甘肃张掖肃南东南）一千多户百姓后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，抵达显美（今甘肃武威凉州西北），迁徙几千户百姓后离去。南凉太尉俱延再次讨伐沮渠蒙逊，大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，在穷泉（今甘肃张掖东南）交战，秃发傉檀大败，单人匹马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧人因之前王钟等人谋反被诛杀的事而恐慌，纷纷溃散，一万多户夷人、汉人投降沮渠蒙逊。秃发傉檀害怕，派司隶校尉敬归和儿子秃发佗到沮渠蒙逊那里做人质，请求讲和，沮渠蒙逊答应了。敬归走到胡坑（今甘肃武威东南）时，逃回姑臧，秃发佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙南凉八千多户百姓后离去。南凉右卫将军折掘奇镇占据石驴山（今甘肃武威天祝西南）反叛。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南（姑臧以南）被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都（今青海海东乐都），留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安（今甘肃武威古浪东）人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家百姓，占据姑臧南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐步兵返回。到山阳（今江苏淮安）时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，就脱下铠甲，加速行军，与几十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“贼军还没到，如果刘公回来，就没什么可担心的了。”刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都觉得困难。刘裕说：“如果天命帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么妨碍！”当即下令登船，船刚移动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月，癸未日（初二），刘裕抵达建康。因江州失陷，上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队进入建康保卫。刘籓，是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵抗，却生病卧床；病愈后，准备出发。刘裕写信给刘毅说：“我过去多次讨伐妖贼，熟悉他们的战术变化。贼军刚获得胜利，锐气不可轻视。如今我这边修造战船即将完成，准备和你一起进军。平定贼军后，上游的重任，都交给你。”又派刘籓前往劝说阻止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他罢了，你难道真以为我不如刘裕吗！”把信扔在地上，率领两万水军从姑孰（今安徽马鞍山当涂）出发。
卢循起初入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中（今湖南中部）各郡。荆州刺史刘道规派军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵（今湖南岳阳），准备进攻江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，派人快马告诉卢循说：“刘毅的军队很强大，成败关键就在这一战，应当合力击败他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月，戊午日（初七），刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北长江中）交战，刘毅的军队大败，他弃船上岸，率领几百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进攻建康，坚持争辩。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
己未日（初八），朝廷宣布大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当初京口起兵时相同。征发百姓修筑石头城（今江苏南京城西）。有人建议分兵防守各渡口要地，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。如今把军队聚集在石头城，根据情况随时应对，既让敌人无法判断我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续军队逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听说刘毅战败，人心惶惶。当时北伐的军队刚返回，将士大多受伤生病，建康的士兵不足几千人。卢循攻克江州、豫州（刘毅驻守的地区）后，拥有十多万士兵，战船车马绵延百里，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说贼军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送安帝渡过长江，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南征时，孟昶预料他们一定会战败，后来果然如此。到这时，孟昶又认为刘裕一定无法抵抗卢循，众人大多相信他的话。只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上反驳孟昶等人，认为不会这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是顺应天命的辅臣，刚建立大功，威震天下，妖贼乘虚入侵，如今听说您凯旋归来，一定会溃散。如果您先逃跑，就会和普通人一样，普通人发号施令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。”刘裕非常高兴。孟昶坚持请求不已，刘裕说：“如今重要的藩镇沦陷，强大的贼军逼近，人心恐惧，没有坚定的意志；如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达呢！即使能到达，也不过是延长几天寿命罢了。如今士兵虽然少，但足够一战。如果能取胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定到来，我会战死在宗庙门前，实现我历来以身报国的志向，不能躲藏在民间苟且求生。我的计划已经决定了，你不要再多说！”孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为一定会战败，于是请求自杀。刘裕发怒说：“你姑且再打一仗，死又何必着急！”孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自责说：“刘裕北伐时，众人都不同意，只有我赞同他的计划，导致强贼乘虚而入，国家危急，这是我的罪过。谨以此表向天下人谢罪！”封好奏表后，孟昶服毒自杀。
乙丑日（五月十四日），卢循率军抵达淮口（今江苏南京西北，秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇（皇宫中的殿堂）；刘裕驻守石头城（今江苏南京城西），其他将领也各自有驻守的地方。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口（今江苏镇江丹徒）。刘粹，是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓靠近水边观望贼军，对此感到奇怪，就问参军张劭原因。张劭说：“如果您（持节钺，代指刘裕）还没回来，百姓连逃跑都来不及，哪有心思观望？现在他们是不再害怕了啊。贼军如果从新亭（今江苏南京江宁南）直接进军，其锋芒锐不可当，我们应当暂时回避，胜负还难以预料；如果他们回船停泊在西岸，就一定会被我们擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京江宁西北）一带烧掉船只上岸，分几路进攻刘裕。卢循却想求万全之策，对徐道覆说：“我们大军还没到，孟昶就已经闻风自杀；从大势来看，建康用不了几天就会自行崩溃。现在要在一天内决胜负，冒险求利，既不是必胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。”徐道覆因卢循多疑、缺乏决断，感叹道：“我最终还是被卢公耽误了，事情肯定成不了；要是我能为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到贼军船只驶向新亭，他回头看身边的人，脸色都变了；不久贼军回船停泊在蔡洲（今江苏南京西南长江中），他才松了口气，露出喜悦神色。于是各路军队逐渐集结。刘裕担心卢循发动突袭，采纳虞丘进的建议，砍伐树木在石头城、淮口一带设置栅栏，修缮越城（今江苏南京秦淮河南），又修筑查浦（今江苏南京西南）、药园（今江苏南京雨花台附近）、廷尉（今江苏南京附近）三座堡垒，都派兵驻守。
刘毅沿途经过蛮地、晋地，勉强保住自己的性命，跟随他的人又饿又累，死亡的有十分之七八。丙寅日（十五日），刘毅抵达建康，等待朝廷处分。刘裕安慰鼓励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。
北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击，把他包围在牛川（今内蒙古乌兰察布兴和西北）。壬申日（二十一日），北魏主拓跋嗣向北进攻柔然。柔然可汗社仑听说后，仓皇逃跑，在路上病死；他的儿子度拔还年幼，部众于是拥立社仑的弟弟斛律，号称“蔼苦盖可汗”。拓跋嗣率军返回参合陂（今内蒙古乌兰察布凉城东北）。
卢循在长江南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称要率领全部军队从白石步行上岸。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，阻断查浦通道，下令他们坚守不动；自己则和刘毅、诸葛长民率军向北出兵抵抗。沈林子说：“妖贼说的这话，未必是真的，我们应该严密防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河一带的栅栏很坚固，留下你在这里，足够守住了。”沈林子，是沈穆夫的儿子。
庚辰日（五月二十九日），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥（今江苏南京西南）。徐赤特准备出兵进攻，沈林子说：“贼军声称去白石，却多次来挑战，他们的意图很明显。我们兵力少，打不过他们，不如守住险要地形，等待大军增援。”徐赤特不听，执意出战。卢循的伏兵突然出动，徐赤特大败，独自驾着一条船逃往淮北（今江苏南京长江以北）。沈林子和将军刘钟依靠栅栏奋力作战，朱龄石率军赶来救援，贼军才撤退。卢循率领精锐部队大举上岸，抵达丹阳郡（今江苏南京江宁东南）。刘裕率领各路军队快速返回石头城，斩杀徐赤特，然后脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘（今江苏南京秦淮河以南）列阵。
六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王赐给重臣的仪仗，象征专杀之权）；刘裕接受了黄钺，其余官职则坚决推辞。朝廷任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦，是庾准的儿子。
司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃奔后秦。后秦王姚兴问他们：“刘裕刚诛杀桓玄，辅佐晋室，你们为什么要来投奔我？”三人回答说：“刘裕削弱皇室权威，我们宗族中但凡有自己奋发图强的人，都会被他除掉。他即将成为国家的祸患，比桓玄还厉害啊。”姚兴于是任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循劫掠各县，却没抢到什么物资，对徐道覆说：“军队已经疲惫了，不如返回寻阳（今江西九江），合力夺取荆州（今湖北江陵），占据天下三分之二的地盘，再慢慢和建康对抗。”秋季，七月，庚申日（初十），卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人占据南陵（今安徽芜湖繁昌南）。甲子日（十四日），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领部众追击卢循。
乙丑日（十五日），北魏主拓跋嗣返回平城（今山西大同）。
西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十几个部落，降服二万五千人，把他们迁徙到苑川（今甘肃兰州榆中东北）。八月，乞伏乾归重新定都苑川。
沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙（今甘肃酒泉东南）击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用二千斤银、二千两金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还了朱元虎，于是和李暠结盟，率军返回。
刘裕返回东府（今江苏南京东南），大力整治水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺（今广东广州，卢循的老巢）。沈田子，是沈林子的哥哥。众人都认为“海路艰难遥远，难以到达，而且分走现有兵力，不是当前紧急的事”。刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月初一定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”
谯纵派侍中谯良等人前往后秦朝见，请求出兵讨伐晋朝。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵与他们会合。
江陵自从卢循东下后，就得不到建康的消息，盗贼四处兴起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济，是檀祗的弟弟。
王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分给他兵力，让他乘胜讨伐江陵，还声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部和义士，投奔他的百姓有二万人。桓谦驻守枝江（今湖北宜昌枝江），苟林驻守江津（今湖北荆州江陵南），两个敌寇逼近江陵，江陵的官民大多怀有二心。刘道规于是召集将士说：“桓谦现在就在附近，我听说各位中有不少人有离开的打算。我从东边带来的文武官员，足够办成大事；如果有人想走，我绝不禁止。”于是夜里打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一个人离开。
雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳（今湖北襄阳）赶赴江陵。有人说鲁宗之的心意难以揣测，刘道规却单人匹马前去迎接他，鲁宗之深受感动，十分喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己则率领各路军队进攻桓谦。将领们都说：“现在远出讨伐桓谦，胜负难料。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能守住；万一失利，大事就全完了。”刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没什么奇计，他知道我离开不远，一定不敢攻城。我现在去进攻桓谦，到了就能攻克；等他犹豫要不要来的时候，我已经返回了。桓谦战败后，苟林会吓破胆，哪有时间来攻城！而且鲁宗之单独防守，怎么会支撑不了几天！”于是快速进军攻打桓谦，水路、陆路同时推进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵、骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋，攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自驾船逃奔苟林，刘道规追击，将他斩杀。返回时，刘道规抵达涌口（今湖北荆州江陵东南），讨伐苟林，苟林逃跑，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率领部众追击。当初，桓谦抵达枝江时，江陵的官民都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；这时这些信被查获，刘道规却全部烧掉，看都不看，众人于是彻底安心。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章（今江西南昌），断绝了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵（今湖南岳阳）斩杀苟林。
桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口（今湖北襄阳东南）起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城（今陕西安康西北）。梁州刺史傅韶派儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族从此灭亡。傅韶，是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归进攻后秦的略阳（今甘肃天水秦安）、南安（今甘肃定西陇西东南）、陇西（今甘肃定西临洮）等郡，全部攻克，把二万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕（今甘肃临夏）。
甲寅日（九月十九日），北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵（今内蒙古呼和浩特和林格尔西北），谥号为“宣武”，庙号为“烈祖”。
刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。”刘裕听从了王诞的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人向南进攻卢循，任命刘毅监管太尉留府事务，后方的所有事情都委托给他。癸巳日（二十九日），刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万人赶赴江陵，突然抵达破冢（今湖北荆州江陵东南）。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及召回，江陵人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派徐道覆来当荆州刺史，但江汉地区的官民感激刘道规之前焚烧书信、不追究内应的恩德，没有再怀二心。刘道规让刘遵另外率领一支游军（机动部队），自己在豫章口（今湖北荆州江陵东南）抵抗徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围侧面袭击，大败贼军，斩首一万多级，贼军投水而死的几乎全部灭绝。徐道覆独自驾船逃回湓口（今江西九江东）。当初，刘道规让刘遵率领游军时，众人都认为强敌当前，只担心兵力不足，不该分割现有兵力，把军队放在无用的地方。等到击败徐道覆，最终依靠的却是游军的力量，众人才心服口服。
鲜卑族仆浑、羌族句岂、输报、邓若等部落，率领二万户百姓投降西秦。
王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战舰在长江两岸分别驻扎。十一月，刘钟亲自去侦察贼军，天降大雾，贼军用钩子钩住了他的船。刘钟趁机率领手下进攻船门，贼军急忙关闭船门抵抗。刘钟于是慢慢退回，和王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。
癸丑日（十一月十九日），益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东（今重庆奉节），杀死守将温祚、时延祖。
卢循驻守广州的军队，没有防备海路。庚戌日（十二月十六日），孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，晋军从四面进攻，当天就攻克了广州城。孙处对外安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整兵严守，又分派沈田子等人进攻岭南（今广东、广西一带）各郡。
刘裕驻军雷池（今安徽安庆望江东南），卢循声称不进攻雷池，要顺长江直下。刘裕知道卢循想决战，十二月，己卯日（十五日），率军进军大雷（今安徽安庆望江）。庚辰日（十六日），卢循、徐道覆率领几万军队沿江而下，船只前后相连，看不到尽头。刘裕出动全部轻装战船，率领各军合力攻击；又分派步兵、骑兵驻守西岸，岸上的军队投掷火把焚烧贼船，烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章时，又全力设置栅栏阻断左里（今江西九江都昌西北）。丙申日（十二月初二），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥军队准备作战时，手中的指挥竿突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和害怕。刘裕笑着说：“往年覆舟之战（指讨伐桓玄时的一场战役），旗帜竿也折断过，现在又这样，贼军一定能被击败！”随即下令进攻栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死抵抗，却无法阻挡。卢循独自驾船逃跑，被杀和投水而死的贼军共有一万多人。刘裕接纳投降的贼兵，赦免了那些被逼迫跟随卢循的人，派刘籓、孟怀玉率领轻装部队追击卢循。卢循收集散兵，还有几千人，直接返回番禺；徐道覆则逃到始兴（今广东韶关）防守。刘裕暂任建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之，是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅讨厌刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却因此更加亲近信任刘穆之。
北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗族，又有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。燕王冯跋因两人镇守藩镇、责任重大，很久不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈秘密派人告诉冯万泥说：“我有一个重要计划，希望和叔父一起谋划。”冯万泥于是逃到白狼（今辽宁朝阳喀左西南），和冯乳陈一起反叛。冯跋派汲郡公冯弘和张兴率领二万步兵、骑兵讨伐他们。冯弘先派使者向两人晓谕祸福；冯万泥想投降，冯乳陈却不同意。张兴对冯弘说：“贼军明天会出战，今晚一定会来劫营，我们应当做好防备。”冯弘于是秘密下令，让每人准备十束干草，储备火种，埋伏军队等待贼军。当天夜里，冯乳陈果然派一千多名壮士来劫营，晋军的火把同时点燃，伏兵突然出击，把贼军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈害怕，出城投降，冯弘将两人全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。