起于己亥年，止于庚子年，一共两年。
晋安皇帝隆安三年（己亥年，公元339年）
春季，正月
辛酉日，朝廷下令大赦天下。
戊辰日，后燕昌黎尹留忠阴谋造反，被处死，这件事牵连到尚书令东阳公慕容根、尚书段成，他们都因此被处死；朝廷派遣中卫将军卫双前往凡城，诛杀了留忠的弟弟幽州刺史留志。任命卫将军平原公慕容元为司徒、尚书令。
庚午日，北魏国主拓跋珪向北巡视，分别命令大将军常山王拓跋遵等率领三军从东道出长川，镇北将军高凉王拓跋乐真等率领七军从西道出牛川，拓跋珪自己率领主力大军从中道出駮髯水，去袭击高车部落。
壬午日，后燕右将军张真、城门校尉和翰因犯谋反罪被处死。
癸未日，后燕实行大赦，改年号为长乐。后燕国主慕容盛每隔十天亲自审理一次案件，不对犯人施加拷打，大多能查明案情真相。
南凉武威王秃发乌孤将都城迁到乐都，派遣他的弟弟西平公秃发利鹿孤镇守安夷，广武公秃发傉檀镇守西平，他的叔父秃发素渥镇守湟河，秃发若留镇守浇河，堂弟秃发替引镇守岭南，秃发洛回镇守廉川，堂叔秃发吐若留镇守浩亹；对于夷族、汉族的豪杰俊杰，都根据他们的才能授予职位，或者在朝中身居显要官职，或者在地方掌管郡县事务，都安排得十分得当。
秃发乌孤对大臣们说：“陇右、河西，原本只是几个郡的地方，经过战乱分裂成了十几个国家，其中吕氏（后凉）、乞伏氏（西秦）、段氏（北凉）最为强大。我打算攻取它们，这三个国家应该先打哪一个？”杨统说：“乞伏氏本来是我们的部落，终究会归附我们。段氏是个书生，没有能力制造祸患，而且和我们关系友好，攻打他们不道义。吕光衰老，继承人吕绍弱小，吕纂、吕弘虽然有才能但内部互相猜忌，如果我们派浩亹、廉川的守军乘虚轮番出击，他们一定会疲于奔命，不超过两年，就会军队疲劳、百姓困苦，那么姑臧就可以谋取了。攻下姑臧，其他两个敌人不用攻打就会臣服了。”秃发乌孤说：“好！”
二月
丁亥朔日（初一），北魏军队大败高车部落三十多个部族，俘获七万多人，三十多万匹马，一百四十多万头牛羊。卫王拓跋仪另外率领三万骑兵穿越沙漠一千多里，击败高车七个部族，俘获两万多人，五万多匹马，两万多头牛羊。高车各部落大为震惊。
林邑王范达攻陷日南、九真，于是进犯交趾，太守杜瑗率军击败了他。
庚戌日，北魏征虏将军庾岳在勃海击败张超，并将其斩首。
段业即北凉王位，改年号为天玺。任命沮渠蒙逊为尚书左丞，梁中庸为尚书右丞。
北魏国主拓跋珪在牛川以南举行大规模狩猎，用高车人组成包围圈，周长七百多里；于是把圈内的野兽驱赶向南，一直到平城，让高车人修筑鹿苑，苑广数十里。三月，己未日，拓跋珪返回平城。
甲子日，拓跋珪将尚书省原有的三十六曹以及外署（指尚书省以外的中央机构），总共设置了三百六十曹，命令八部大夫主管。吏部尚书崔宏统管三十六曹，如同尚书令、仆射掌管事务一样。设置五经博士，增加国子太学的学生名额，合计达三千人。
拓跋珪问博士李先说：“天下什么东西最好，可以增益人的精神智慧？”李先回答说：“没有什么比得上书籍。”拓跋珪问：“书籍总共有多少，怎么才能收集起来？”李先回答说：“自从有文字以来，世代都有增加，一直到今天，数量已经无法计算。如果君主喜欢，何必担心收集不到！”拓跋珪听从了他的建议，命令各郡县大力搜求书籍，全部送到平城。
当初，前秦王苻登的弟弟苻广率领部众三千人投靠南燕王慕容德，慕容德任命他为冠军将军，安置在乞活堡。恰逢火星停留在东井星附近，有人说这预示秦国应当复兴，苻广于是自称秦王，率军进攻南燕北地王慕容钟，并打败了他。这时，南燕的滑台势单力薄，统治区域不到十个城，军队不过一万人，慕容钟被打败后，依附慕容德的人很多都离开慕容德去依附苻广。慕容德于是留下鲁阳王慕容和守卫滑台，自己率领部队讨伐苻广，并杀了他。
当初，后燕国主慕容宝逃到黎阳时，鲁阳王慕容和的长史李辨劝说慕容和接纳慕容宝，慕容和没有听从。李辨害怕，所以暗中招引东晋军队到达管城，想趁慕容德出战的时候作乱。后来慕容德没有出兵，李辨心里更加不安。等到慕容德出兵讨伐苻广，李辨又劝说慕容和反叛。慕容和不肯听从，李辨便杀了慕容和，献出滑台投降了北魏。北魏行台尚书和跋当时在邺城，率领轻装骑兵从邺城赶往滑台。到达后，李辨又后悔了，紧闭城门抵抗。和跋派尚书郎邓晖前去劝说，李辨才开门让和跋进城，和跋收缴了慕容德所有的宫女和府库藏品。慕容德派兵攻打和跋，和跋迎击，打败了慕容德，又击败了慕容德的部将桂阳王慕容镇，俘虏了一千多人。陈郡、颍川郡的百姓大多归附了北魏。
南燕右卫将军慕容云斩杀了李辨，率领将士家属两万多人离开滑台去投奔慕容德。慕容德打算攻打滑台，韩范说：“从前魏军是客军，我们是主人；现在我们是客军，魏军是主人。我军人心恐惧，不能再战了，不如先占据一个地方，自立根基，然后再图谋进取。”张华说：“彭城是西楚的旧都，可以攻打并占据它。”北地王慕容钟等人都劝慕容德攻打滑台。尚书潘聪说：“滑台是四通八达的地方，北有魏国，南有晋朝，西有秦国，居住在那里没有一天安宁。彭城地广人稀，地势平坦无险可守，而且是晋朝的旧有重镇，不容易攻取。又靠近长江、淮河，夏秋两季雨水很多。乘船在水上作战，是吴地人的长处，却是我们的短处。青州沃野两千里，精兵十多万，左边有背靠大海的富饶，右边有山河的坚固，广固城是曹嶷修筑的，地势险峻，足以作为帝王的都城。三齐地区的英雄豪杰，盼望得到贤明的君主以便在世上建立功业已经很久了。辟闾浑过去曾是燕国的臣子，现在应该派能言善辩的使者快马前去游说，大军紧随其后，如果他不服从，攻取他就如同拾起小草一样容易。得到那块土地之后，然后关闭关隘，养精蓄锐，等待时机再行动，这就是陛下的关中、河内啊。”慕容德犹豫不决。僧人竺朗一向善于占卜，慕容德派牙门苏抚去询问他，竺朗说：“我恭敬地拜读了这三条策略，潘尚书的建议，是兴邦立国的言论。而且今年年初，彗星从奎宿、娄宿出现，扫过虚宿、危宿；彗星，是除旧布新的征兆，奎宿、娄宿对应鲁地，虚宿、危宿对应齐地。应该先攻取兖州，巡视安抚琅邪，等到秋天再向北攻取齐地，这是上天的旨意。”苏抚又偷偷询问慕容德的气运和世数，竺朗用《周易》占卜后说：“燕国在庚戌年衰亡，年数是一纪（十二年），世数则传到儿子一代。”苏抚回去向慕容德报告，慕容德于是率领军队向南进发，兖州北部边境的郡县都向他投降了。慕容德设置地方官员来安抚百姓，严禁军队士兵抢劫掠夺。百姓非常高兴，沿途挤满了牵牛担酒前来犒劳的人。
丙子日，北魏国主拓跋珪派遣建义将军庾真、越骑校尉奚斤进攻库狄、宥连、侯莫陈三个部落，全部击败了他们，追击逃敌直到大峨谷，在那里设置了守卫部队后返回。
己卯日，东晋追尊皇帝的生母陈夫人为德皇太后。
夏季，四月
鲜卑部落首领叠掘河内率领五千户部落民向西秦投降。西秦王乞伏乾归任命叠掘河内为叠掘都统，并把宗族的一个女儿嫁给他做妻子。
甲午日，后燕实行大赦。
东晋会稽王司马道子有病，而且没有一天不喝得大醉。他的儿子司马元显知道父亲的权势已经失去，便暗示朝廷解除司马道子的司徒、扬州刺史职务。乙未日，朝廷任命司马元显为扬州刺史。司马道子酒醒之后才知道这件事，勃然大怒，但也没有办法。司马元显任用庐江太守、会稽人张法顺为主要谋士，大量引进和培植亲信党羽，朝中显贵都畏惧并且事奉他。
后燕散骑常侍馀超、左将军高和等人，因犯谋反罪被处死。
后凉太子吕绍、太原公吕纂率军讨伐北凉，北凉王段业向南凉武威王秃发乌孤求救，秃发乌孤派遣骠骑大将军秃发利鹿孤以及杨轨率军救援。段业准备出战，沮渠蒙逊劝谏说：“杨轨仗着鲜卑人的强大，有窥伺我们内部的意图，吕绍、吕纂孤军深入，将军队置于死地，锐不可当。现在我们不出战就有像泰山那样的安稳，出战就有累卵那样的危险。”段业听从了他的建议，按兵不动。吕绍、吕纂只好率军返回。
六月
南凉武威王秃发乌孤任命秃发利鹿孤为凉州牧，镇守西平，征召车骑大将军秃发傉檀入朝总管朝廷和军国大事。
东晋会稽王世子司马元显知道自己年纪还轻，不想马上承担重任；戊子日，朝廷任命琅邪王司马德文为司徒。
北魏前河间太守、范阳人卢溥率领他的部众几千家，到渔阳谋生，于是占据了几个郡。秋季，七月，己未日，后燕国主慕容盛派遣使者任命卢溥为幽州刺史。
辛酉日，后燕国主慕容盛下达诏书说：“依照法令条例，公侯犯了罪，可以用金钱布帛来赎罪，这不足以惩罚罪恶而有利于王府，很没有意义。从今以后，都让他们立功来自我赎罪。不要再让他们缴纳金钱布帛。”
西秦丞相、南川宣公出连乞都去世。
后秦齐公姚崇、镇东将军杨佛嵩进犯东晋的洛阳，河南太守陇西人辛恭靖环城固守。雍州刺史杨佺期派遣使者向北魏常山王拓跋遵求救，北魏国主拓跋珪派散骑侍郎西河人张济作为拓跋遵的从事中郎前去答复。杨佺期问张济：“魏国攻打中山时，出兵多少？”张济说：“四十多万。”杨佺期说：“凭魏国的强大，小小的羌人（指后秦）不足以消灭。而且晋朝与魏国，本来是一家人，现在既然结好，按理不应该有所隐瞒。我这里兵力弱小粮食缺乏，洛阳的救援，就依靠魏国了。如果能够保全，一定有厚报；如果守不住，与其让羌人得到，不如让魏国得到。”张济回去报告。八月，拓跋珪派遣太尉穆崇率领六万骑兵前往救援。
后燕辽西太守李朗在郡任职十年，威信行于境内，他害怕后燕国主慕容盛怀疑他，多次被征召都不去赴任。因为他的家人在龙城，不敢公开叛变，暗中招引北魏军队，答应献出郡城投降北魏；他派遣使者骑马疾驰到龙城，夸大北魏寇贼的声势。慕容盛说：“这一定是骗局。”召见使者盘问，果然没有其事。慕容盛将李朗全族处死。丁酉日，派遣辅国将军李旱前去讨伐他。
当初，北魏奋武将军张衮因为才干谋略被北魏国主拓跋珪所信任和重用，把他当作心腹。拓跋珪向张衮询问中原的士人，张衮推荐了卢溥和崔逞，拓跋珪都任用了他们。
拓跋珪围攻中山时，长期不能攻克，军队粮食缺乏，向群臣询问对策。崔逞当时是御史中丞，他回答说：“桑葚可以辅助粮食。猫头鹰吃了桑葚而改变了叫声，这是《诗经》里称赞过的。”拓跋珪虽然采纳了他的意见，允许百姓用桑葚抵租税，但认为崔逞态度轻慢，心里记恨他。后来后秦进犯襄阳，东晋雍州刺史郗恢写信向北魏常山王拓跋遵求救，信中说：“贤兄像猛虎一样纵横中原。”拓跋珪认为郗恢没有君臣的礼节，命令张衮和崔逞代拓跋遵回信，一定要贬低东晋皇帝。张衮、崔逞在信中称东晋皇帝为“贵主”。拓跋珪大怒说：“命令你们贬低他，却称他为‘贵主’，这比‘贤兄’好到哪里去！”崔逞投降北魏时，因为天下正乱，担心家族灭亡，让妻子张氏和四个儿子留在冀州，崔逞只与最小的儿子崔赜来到平城，他所留下的妻子儿女于是就投奔了南燕。拓跋珪一并因为这些事斥责崔逞，下令让他自杀。卢溥接受后燕的官爵和任命，侵犯掠夺北魏的郡县，杀了北魏幽州刺史封沓干。拓跋珪认为张衮所推荐的人都不合适，将张衮贬为尚书令史。张衮于是闭门不出，不与外人交往，只是亲手校勘经籍，一年多后去世。
后燕国主慕容宝败亡的时候，中书令、民部尚书封懿向北魏投降。拓跋珪任命封懿为给事黄门侍郎、都坐大官。拓跋珪向封懿询问后燕的旧事，封懿回答疏略而且傲慢，也因此被免官在家。
南凉武威王秃发乌孤醉酒后，骑马摔伤了肋骨而去世，遗命立年长的君主。国人拥立他的弟弟秃发利鹿孤为王，追谥秃发乌孤为武王，庙号列祖。秃发利鹿孤下令大赦，将都城迁到西平。
南燕王慕容德派遣使者去劝说东晋幽州刺史辟闾浑，想让他归降，辟闾浑不听从。慕容德派遣北地王慕容钟率领步、骑兵两万人进攻辟闾浑，慕容德进军占据琅邪，徐州、兖州的百姓归附的有十多万人。慕容德从琅邪率军北上，任命南海王慕容法为兖州刺史，镇守梁父。又进攻莒城，东晋守将任安放弃城池逃走。慕容德任命潘聪为徐州刺史，镇守莒城。当年兰汗之乱时，后燕吏部尚书封孚向南投奔辟闾浑，辟闾浑上表朝廷任命他为勃海太守；等到慕容德大军到来，封孚出城投降，慕容德非常高兴地说：“我得到青州不觉得高兴，高兴的是得到了您！”于是把机要事务委托给他。北地王慕容钟向青州各郡传布檄文，向他们分析祸福利害。辟闾浑迁徙八千多户居民进入广固守城，派遣司马崔诞戍守薄荀固，平原太守张豁戍守柳泉；崔诞、张豁接到檄文后都向慕容德投降。辟闾浑害怕了，带着妻子儿女投奔北魏，慕容德派遣射声校尉刘纲追赶他，在莒城追上，将他斩首。辟闾浑的儿子辟闾道秀自己前去见慕容德，请求和父亲一起死。慕容德说：“父亲虽然不忠，但儿子能够尽孝。”特意赦免了他。辟闾浑的参军张瑛为辟闾浑起草檄文，文辞中有很多不恭敬的话，慕容德把他抓起来责备他。张瑛神色自然，慢慢地说：“辟闾浑有我，就好像韩信有蒯通。蒯通遇到了汉高祖刘邦而能生存，我遇到了陛下却要死。和古人相比，我私下里觉得不幸罢了！”慕容德杀了他。于是定都广固。
后燕将领李旱行军到建安时，后燕国主慕容盛紧急将他召回，大臣们都不明白是什么缘故。九月，辛未日，又派他出发。李朗听说他的家族被诛杀，便聚集二千多户居民来自保；等到听说李旱突然返回，认为后燕国内部发生了变故，不再设防，留下他的儿子李养守卫令支，自己到北平去迎接北魏军队。壬子日，李旱袭击并攻克了令支，派遣广威将军孟广平在无终追上李朗，将他斩首。
后秦国主姚兴因为天灾异象多次出现，降低名号，改称王，下诏命令群公、卿士、将帅、地方长官各降一级；大赦天下，改年号为弘始。抚恤孤寡贫困百姓，选拔举荐贤能英才，简化法令，清明审察诉讼案件，地方长官有政绩的给予奖赏，贪婪残暴的加以诛杀，远近秩序井然。
冬季，十月
甲午日，后燕中卫将军卫双有罪，被赐死。李旱返回后，听说卫双死了，非常害怕，便扔下军队只身逃亡，到了板陉，又回去认罪。后燕国主慕容德恢复了他的爵位和职位，对侍中孙勍说：“李旱作为将领而抛弃军队，罪过是不可赦免的。但是过去先帝（慕容宝）遭受挫折逃亡，骨肉至亲离心离德，公卿丧失节操，只有李旱作为宦官，忠诚勤勉，毫不懈怠，始终如一，所以我念及他的功劳而赦免了他啊。”
东晋辛恭靖坚守了一百多天，北魏的救兵没有到来，后秦军队攻下了洛阳，抓获了辛恭靖。辛恭靖见到后秦王姚兴，不肯跪拜，说：“我不会做羌贼的臣子！”姚兴把他囚禁起来，辛恭靖后来逃了回去。从淮河、汉水以北，许多城郭都请求投降，并向后秦送来人质表示归附。
北魏国主拓跋珪任命穆崇为豫州刺史，镇守野王。
东晋会稽王世子司马元显，生性苛刻，任意决定他人的生死；他征发东部各郡由奴隶身份获得解放的客户，称为“乐属”，将他们迁移到京城，用来充任兵役，东部各郡群情骚动，深受其苦。
孙恩趁着民心骚动，从海岛率领他的党徒杀死了上虞县令，于是进攻会稽。会稽内史王凝之，是王羲之的儿子，世代信奉天师道，他既不出兵，也不设防戒备，整天在道室里磕头跪拜念咒语。下属官员请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经请来了大道，借来了鬼兵守卫各个险要关口，每个地方都有几万鬼兵，盗贼不值得担忧。”等到孙恩逐渐逼近，才允许出兵，但孙恩已经到了郡城之下。甲寅日，孙恩攻陷会稽，王凝之逃走，被孙恩抓住杀死，同时还杀了他的几个儿子。王凝之的妻子谢道韫，是谢奕的女儿，听说强盗来到，举止自如，命令婢女抬着轿子，拔出佩刀出门，亲手杀了几个人，才被抓住。吴国内史桓谦、临海太守新秦王司马崇、义兴太守魏隐都弃郡逃走。于是会稽人谢鍼、吴郡人陆瑰、吴兴人丘尪、义兴人许充之、临海人周胄、永嘉人张永等，以及东阳、新安共八个郡的百姓，同时起兵，杀死本地长官来响应孙恩，十天之内，部众达几十万人。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的党徒杀死。谢邈、谢冲，都是谢安的侄子。当时三吴地区太平已久，百姓不熟悉战事，所以郡县的军队都望风溃逃。孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫士人担任他的属官，称他的党徒为“长生人”，百姓中有不跟随他的人，连婴儿都被杀掉，被杀的人十有七八。他们把各县县令剁成肉酱给他们的妻子儿女吃，如果不肯吃，就被肢解。孙恩的军队所过之处抢劫财物，焚烧房屋，烧毁粮仓，砍伐树木，填塞水井，百姓相随聚集到会稽；妇女有婴儿不能带走的，就扔到水里，说：“恭喜你先登仙境天堂，我随后就来找你。”孙恩上表列举会稽王司马道子和世子司马元显的罪行，请求诛杀他们。
自从晋安帝即位以来，朝廷内外离心离德，石头城以南都被荆州、江州刺史占据，以西都被豫州刺史专权，京口及长江以北都被刘牢之和广陵相高雅之控制，朝廷政令所能达到的，只有三吴地区而已。等到孙恩作乱，八个郡都被孙恩占有，京城附近几个县，盗贼也四处蜂起，孙恩的党徒也有潜伏在建康城内的，因此人心恐惧，经常担心会发生意外，于是京城内外戒严。朝廷加授司马道子黄钺，任命司马元显为中军将军，命令徐州刺史谢琰兼管吴兴、义兴军务以讨伐孙恩；刘牢之也发兵讨伐孙恩，呈上奏章后立即出发。
西秦任命金城太守辛静为右丞相。
十二月
甲午日，后燕燕郡太守高湖率领三千户部落民投降北魏。高湖是高泰的儿子。
丙午日，后燕国主慕容盛封他的弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，封他的儿子慕容定为辽西公。
丁未日，后燕太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
东晋谢琰进攻并斩杀了许允之，迎接魏隐回到郡城，进而进攻丘尪，打败了他，与刘牢之辗转战斗，向前推进，所向披靡。谢琰留守乌程驻扎，派遣司马高素协助刘牢之，进军逼近浙江。朝廷下诏任命刘牢之都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕，生下来母亲就死了，父亲刘翘寄居在京口，家境贫寒，想把他扔掉。同郡人刘怀敬的母亲，是刘裕的姨母，她生下刘怀敬还不到一年，闻讯赶去救刘裕，断了刘怀敬的奶来给刘裕喂奶。等到刘裕长大，勇猛健壮，有大志。他仅认识一些文字，以卖鞋子为生，爱好樗蒲这种赌博，被乡里人轻视。刘牢之攻打孙恩，引荐刘裕参预军事，派他带领几十个人去侦察贼军动静。遇上了几千名贼兵，刘裕立即迎上去攻击，跟随他的人全部战死，刘裕跌到河岸下。贼兵来到河岸边想下去，刘裕奋勇举起长刀仰头砍杀了数人，才得以登上岸，仍然大声呼喊着追逐贼兵，贼兵都逃跑，刘裕杀伤的人非常多。刘敬宣奇怪刘裕为什么这么久没回来，带着兵去寻找他，看见刘裕一个人驱赶着几千人，大家全都赞叹不已。于是趁机进攻贼兵，将他们打得大败，斩杀俘获了一千多人。
当初，孙恩听说八郡都起兵响应，对他的部下说：“天下不会再有事了，我将和诸位穿着朝廷的官服到达建康。”不久听说刘牢之率军抵达长江边，又说：“我割据浙江以东地区，也不失做一个越王勾践！”戊申日，刘牢之率领军队渡过浙江，孙恩听说后，说：“我不以逃跑为羞耻。”于是驱赶裹挟了男女二十多万人向东逃走，一路上丢弃了很多财物和掳掠来的女子，官军争相抢夺，孙恩因此得以逃脱，又逃到海岛上。高素在山阴击败了孙恩的党羽，斩杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、余姚令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭受战乱，人民盼望官军的到来，但不久刘牢之等放纵士兵大肆抢掠，士人百姓大失所望，各郡县城中再也看不到人迹，一个多月后才渐渐有人回来。朝廷担心孙恩再来，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员戍守海边。
朝廷任命司马元显为录尚书事。当时的人称司马道子为东录，司马元显为西录；西录（司马元显）府前车马拥挤，而东录（司马道子）府前却可张网捕鸟了。司马元显没有良师益友，他所亲信的人都是些阿谀奉承之徒，有人吹捧他是一代英杰，有人称他是风流名士。因此司马元显一天比一天骄纵奢侈，暗示礼官提议，认为自己德高望重，既然总管百官，百官都应对他表示无比的尊敬。于是公卿以下的官员，见到司马元显都要跪拜。当时战事频繁，国家财政空虚耗尽，自司徒以下的官员，每天只能领到七升粮食，但司马元显仍然不停地聚敛财富，其富有超过了皇室。
殷仲堪担心桓玄专横跋扈，于是与杨佺期联姻结为援手。杨佺期多次想攻打桓玄，都被殷仲堪制止。桓玄担心最终被殷仲堪、杨佺期消灭，于是向朝廷执政者报告，请求扩大自己的辖区；执政者也想在他们之间制造矛盾，使他们互相背离，于是就加任桓玄为都督荆州四郡军事，同时任命桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广为南蛮校尉。杨佺期既气愤又害怕。杨广想抗拒桓伟上任，殷仲堪不听，调任杨广为宜都、建平二郡太守。杨孜敬原先是江夏相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为咨议参军。
杨佺期整顿军队，树立帅旗，声称要救援洛阳，想与殷仲堪共同袭击桓玄。殷仲堪虽然外表与杨佺期结盟，内心却怀疑他的用心，苦苦劝阻他；还担心不能制止，派堂弟殷遹驻扎在北部边境，以遏制杨佺期。杨佺期既不能单独起事，又猜不透殷仲堪的真实意图，只好撤兵。
殷仲堪生性多疑，缺乏决断，他的咨议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯为人仁慈却不果断，一定会遭难。我蒙受他的知遇之恩，在道义上不能离开他，一定会为他而死。”