在双方的，合力攻击下，敌方战舰，开始出现溃退的迹象。
万军通过通讯器，向神秘飞船发出询问，却没有得到回应。不过此刻也无暇顾及，他们继续乘胜追击，逐渐扭转了战局。
最终，敌方大部队被击退，基地暂时安全了。万军望着那艘神秘飞船，离去的方向，心中满是疑惑，这神秘势力，究竟是敌是友，又为何会在关键时刻，出手相助呢。
万军决定，调查这神秘势力的来历。他安排队员们，收集战斗中，神秘飞船留下的能量痕迹和残骸碎片，希望能从中找到线索。
与此同时，基地开始紧急修复受损的，防御系统和设施，为可能到来的，再次攻击做准备。
几天过去了，调查有了一些进展。队员们，发现神秘飞船，使用的能量与他们，所遇到的怪异战舰同源，但又有着本质的区别。
就在万军，苦思这背后的联系时，基地的通讯器，收到了一段加密信号。
破解之后，竟然是神秘飞船发来的讯息，上面只有简单的一句话：“我们曾有共同的敌人，后续再联系。”
万军更加疑惑了，这共同的敌人是谁？神秘势力，又究竟有着怎样的目的？
不过，他知道当务之急，是让基地恢复往日的生机，提升防御能力，以应对未来可能出现的，一切未知。
万军刚把讯息看完，基地警报声突然大作。雷达显示，又有大批未知战舰，朝着基地逼近，而且这一次的，能量波动比之前遇到的，都要强大。
万军来不及，细想神秘讯息，迅速指挥队员们，再次投入战斗。
就在他们准备迎战时，那艘神秘飞船再次出现，不过这次它身后，还跟着几艘同样神秘的战舰。
神秘势力与万军他们，并肩作战，双方配合默契，很快就压制住了，来犯之敌。
战斗结束后，神秘飞船主动与万军取得联系。一个声音从通讯器中传来：“我们的共同敌人，是宇宙中邪恶的暗能族，他们妄图，统治整个宇宙。之前的怪异战舰，就是他们的侦察。我们一直在寻找盟友对抗他们，看到你们的战斗，觉得你们值得信任。”
万军心中豁然开朗，他当下决定与神秘势力结盟，共同对抗暗能族。
从此，他们开始为守护宇宙和平，谋划着一场更大规模的反击战。
结盟后，双方立刻着手，制定反击计划。万军和神秘势力的首领，围坐在会议桌前，分析暗能族的，弱点和行动规律。
他们发现暗能族，虽然实力强大，但内部存在着权力斗争，这或许是个突破口。
经过一番商讨，他们决定兵分两路。万军带领一部分队员，潜入暗能族的后方，破坏他们的能源供应；神秘势力则正面进攻，吸引暗能族的主力。
行动开始，万军等人凭借着高超的，技艺和先进的装备，成功绕过暗能族的防线，接近了能源基地。
就在他们准备动手时，却遭遇了暗能族的，精锐部队。一场激烈的，近身肉搏战展开，万军和队员们奋勇杀敌，终于突破重围，炸毁了能源基地。
与此同时，神秘势力也与暗能族正面交锋，双方打得难解难分。就在暗能族逐渐占据上风时，万军等人及时赶到，从背后给予暗能族，致命一击。
暗能族阵型大乱，最终被彻底击败。宇宙恢复了和平，万军和神秘势力的结盟，也成为了一段佳话。
然而，和平并未持续太久。一次例行的宇宙探测中，万军的团队，发现了一股极其微弱，却又似曾相识的，暗能波动。
经过仔细分析，他们惊恐地发现，这股波动，正是来自暗能族，原来有一小股残余势力，在暗中积蓄力量。
万军立刻，将这一情况告知神秘势力，双方再次紧急商讨对策。
这一次，他们决定不再给暗能族喘息的机会，集合所有力量，展开一场彻底的，清剿行动。
在茫茫宇宙中，他们循着暗能波动，追踪而去。当接近目标区域时，只见一片隐蔽的星云中，暗能族的战舰，正蠢蠢欲动。