晋纪三十四
公元401年，春季正月，武威王秃发利鹿孤打算称帝，大臣们都纷纷劝进。安国将军鍮勿仑说：“我们国家从先祖以来，百姓都披散头发、衣襟向左开，没有冠帽衣带的装饰，随水草迁徙居住，没有城郭房屋，所以才能在沙漠中称雄，与中原政权抗衡。如今称帝建号，确实顺应民心，但建都立城难以躲避祸患，储备粮食财物会引发敌人的觊觎。不如让中原流民居住在城郭中，鼓励他们耕种养蚕来供应物资储备，同时率领本族部众练习射箭作战。邻国弱小就趁机攻取，强大就暂时避让，这才是长久的好计策。况且虚名没有实际意义，只会成为天下人攻击的目标，有什么用呢！”利鹿孤说：“安国将军的话很对。”于是改称为河西王，并任命广武公秃发傉檀为都督中外诸军事、凉州牧、录尚书事。
二月丙子日，孙恩从浃口出兵，进攻句章县，但没能攻克。随后，刘牢之率军攻打孙恩，孙恩又退回海中。
后秦王姚兴派乞伏乾归返回镇守恒川，把他原来的部众全部配属给他。
后凉王吕纂嗜好饮酒、喜欢打猎，太常杨颖劝谏说：“陛下顺应天命登位，应当用正道守住基业。如今国土日益缩减，局限在两座山岭之间，陛下不兢兢业业、日夜警惕来光大祖先功业，反而沉溺于游乐打猎，不把国家大事放在心上，臣私下为陛下担忧。”吕纂用谦逊的言辞道歉，但依然没有悔改。番禾太守吕超擅自攻打鲜卑族首领思盘，思盘派弟弟乞珍向吕纂告状，吕纂命令吕超和思盘都来朝廷。吕超心中恐惧，抵达姑臧后，便极力巴结殿中监杜尚。吕纂见到吕超，就斥责他说：“你倚仗兄弟勇武，竟敢欺瞒我！我应当杀了你，天下才能安定！”吕超听后，吓得赶忙叩头认错。吕纂本来只是想恐吓吕超，其实并没有杀他的意思，于是带着吕超、思盘和大臣们在内殿共同宴饮。吕超的哥哥中领军吕隆多次劝吕纂饮酒，吕纂喝醉后，乘坐人推的步挽车，带领吕超等人在皇宫内游览。走到琨华堂东阁时，车子无法通过，吕纂的亲信侍卫窦川、骆腾把剑靠在墙上，推车过阁。吕超趁机拿起剑攻击吕纂，吕纂下车想抓住吕超，吕超用剑刺穿了吕纂的胸膛；窦川、骆腾与吕超搏斗，都被吕超杀死。吕纂的皇后杨氏命令禁兵讨伐吕超，杜尚阻止了禁兵，士兵们都放下武器不再作战。将军魏益多闯入宫中，想取下吕纂的首级，杨氏说：“人已经死了，就像土石一样，什么都不知道了，何必忍心再毁坏他的遗体呢！”魏益多辱骂杨氏，最终还是取下吕纂的首级示众，说：“吕纂违背先帝遗命，杀死太子后自立为王，而且荒淫暴虐。番禾太守吕超顺应民心除掉了他，以安定国家宗庙。所有官民百姓，都来共同庆祝！”
吕纂的叔父巴西公吕佗、弟弟陇西公吕纬都在北城。有人劝吕纬说：“吕超发动叛乱，您凭借皇弟的至亲身份，秉持大义讨伐他。姜纪、焦辨在南城，杨桓、田诚在东苑，都是我们的同党，还担心不能成功吗！”接着，吕纬整顿军队，打算和吕佗一起攻打吕超。吕佗的妻子梁氏阻止他说：“吕纬和吕超都是先王的孙子，为什么要舍弃吕超帮助吕纬，自寻祸端呢！”吕佗于是对吕纬说：“吕超已经成事，占据了武器库，拥有精锐士兵，图谋他非常困难。况且我年纪大了，无能为力了。”吕超的弟弟吕邈受到吕纬的宠信，劝吕纬说：“吕纂杀害兄弟，吕隆、吕超顺应民心讨伐他，正是想拥立您啊。如今您是先帝的长子，应当主持国家社稷，众人没有异议，还有什么可怀疑的！”吕纬相信了他的话，于是和吕隆、吕超结盟，独自骑马进城；吕超抓住吕纬后将他杀死。吕超把王位让给吕隆，吕隆面露难色。吕超说：“现在就像乘龙上天，怎么能中途下来呢！”吕隆于是即位为天王，大赦天下，改年号为神鼎。尊奉母亲卫氏为太后，立妻子杨氏为皇后，任命吕超为都督中外诸军事、辅国大将军、录尚书事，封为安定公，追谥吕纂为灵帝。
吕纂的皇后杨氏准备出宫，吕超担心她携带珍宝，便下令搜查。杨氏说：“你们兄弟不讲道义，互相残杀。我早晚都是要死的人，要珍宝有什么用！”吕超又问传国玉玺在哪里，杨氏说：“已经被我毁掉了。”杨氏容貌美丽，吕超想娶她为妻，对她的父亲右仆射杨桓说：“皇后如果自杀，灾祸会牵连你的家族！”杨桓把这话告诉了杨氏。杨氏说：“父亲把女儿卖给氐族人来谋求富贵，一次已经很过分了，难道还能来第二次吗！”于是自杀，被追谥为穆后。杨桓逃到河西王秃发利鹿孤那里，利鹿孤任命他为左司马。
三月，孙恩向北进逼海盐，刘裕率军追击抵抗，在海盐旧治所修筑城池。孙恩每天来攻城，刘裕多次击败他，斩杀了他的将领姚盛。城中兵力薄弱，难以抵挡，刘裕在夜间收起旗帜、隐蔽士兵，第二天早晨打开城门，让几个老弱病残的士兵登上城墙。叛军远远地问刘裕在哪里，士兵们回答：“夜里已经逃走了。”叛军相信了，便争相进城。突然，刘裕率军奋勇出击，大败叛军。孙恩知道无法攻克城池，于是率军进逼沪渎，刘裕又放弃城池追击他。
海盐县令鲍陋派儿子鲍嗣之率领一千名吴地士兵，请求担任先锋。刘裕说：“叛军士兵非常精锐，吴地士兵不熟悉作战，如果先锋失利，一定会使我军溃败；你们可以在后面制造声势。”鲍嗣之不听。刘裕于是设下多处伏兵，布置了很多旗帜战鼓，先锋部队与叛军交战之后，各伏兵都出击。刘裕举起旗帜、敲响战鼓，叛军以为四面都是军队，于是撤退。鲍嗣之追击叛军，最后战死沙场。刘裕边战边退，所率领的士兵几乎死伤殆尽，退到之前交战的地方时，命令身边的人脱下死人的衣服，装作悠闲的样子。叛军产生怀疑，不敢逼近。刘裕大声呼喊着再次发起进攻，叛军恐惧后退，刘裕才得以率军返回。
河西王秃发利鹿孤讨伐后凉，与后凉王吕隆交战，大败吕隆，迁徙两千多户人家后返回。
夏季四月辛卯日，北魏撤销邺城行台，把行台所统领的六个郡设置为相州，任命庾岳为相州刺史。
乞伏乾归抵达苑川，任命边芮为长史，王松寿为司马，原来的公卿、将帅都降职为僚佐或偏将。
北凉王段业忌惮沮渠蒙逊的勇武谋略，想疏远他；沮渠蒙逊也刻意隐藏自己的才能。段业任命门下侍郎马权代替沮渠蒙逊担任张掖太守。马权一向豪放出众，受到段业的亲近重用，常常轻视侮辱沮渠蒙逊。沮渠蒙逊向段业诬陷马权说：“天下不值得忧虑，只需担心马权罢了。”段业于是杀死了马权。
沮渠蒙逊对沮渠男成说：“段公没有明察决断的才能，不是平定乱世的君主，之前所忌惮的只有索嗣、马权。如今两人都已死去，我想胁迫段业把王位让给你，怎么样？”沮渠男成说：“段业本来是外来的孤客，是我们家族拥立的，他倚仗我们兄弟，就像鱼依靠水一样。别人亲近信任我们，我们却图谋他，这不吉利。”沮渠蒙逊于是请求担任西安太守。段业很高兴他能离开朝廷，于是答应了他的请求。
沮渠蒙逊和沮渠男成约定一起去祭祀兰门山，却暗中派司马许咸报告段业说：“沮渠男成想借休假的机会发动叛乱。如果他请求去祭祀兰门山，我的话就应验了。”到了约定的日子，沮渠男成果然请求去祭祀兰门山。段业逮捕了沮渠男成，赐他自杀。沮渠男成说：“沮渠蒙逊之前就和我图谋叛乱，我因为兄弟的情分，隐瞒没有说出来。如今因为我还在，他担心部众不听从他，所以约我去祭山，却反过来诬陷我，他的意图是让大王杀死我啊。恳请大王谎称我已死，公布我的‘罪状’，沮渠蒙逊一定会反叛；到时候我再奉大王的命令讨伐他，没有不能攻克的。”段业不听，还是杀死了沮渠男成。沮渠蒙逊哭着对部众说：“沮渠男成对段王忠心耿耿，段王却无故冤枉杀死他，各位能为他报仇吗？况且当初我们共同拥立段王，是想安定部众，如今州境之内混乱不安，不是段王能挽救的。”沮渠男成一向深得人心，部众都悲愤交加，争相奋勇效命，等军队抵达氐池时，部众已超过一万人。镇军将军臧莫孩率领部众投降沮渠蒙逊，羌人、胡人也大多起兵响应他。沮渠蒙逊进军驻守侯坞。
段业之前就怀疑右将军田昂，把他囚禁起来；到这时召见田昂，向他道歉并赦免了他，派他和武卫将军梁中庸一起讨伐沮渠蒙逊。别将王丰孙对段业说：“西平田氏家族，世代都有反叛的人。田昂表面恭敬，内心险恶，不能信任。”段业说：“我怀疑他很久了，但除了田昂，没有能讨伐沮渠蒙逊的人。”田昂抵达侯坞后，率领五百名骑兵投降了沮渠蒙逊，段业的军队于是溃败，梁中庸也到沮渠蒙逊那里投降。
五月，沮渠蒙逊抵达张掖，田昂哥哥的儿子田承爱杀死城门守卫开城迎接，段业身边的侍从全都逃散。沮渠蒙逊进城后，段业对他说：“我孤身一人，当初被您家族推举为王，希望能饶我一命，让我向东返回和妻子儿女相见。”沮渠蒙逊斩杀了段业。
段业本是儒雅宽厚的长者，没有其他权谋策略，威严禁令无法推行，下属官员擅自发号施令；又特别迷信占卜、巫术，所以最终失败。
沮渠男成的弟弟沮渠富占、将军俱傫率领五百户人家，向河西王秃发利鹿孤投降。俱傫是俱石子的儿子。
孙恩攻陷沪渎，杀死吴国内史袁崧，死亡人数达四千人。
后凉王吕隆多次杀害豪门望族来树立威名，朝廷内外人心惶惶，人人都无法自保。魏安人焦朗派使者劝说后秦陇西公姚硕德：“吕氏自从武皇吕光去世后，兄弟互相攻打，政令法度无法确立，争相施行暴虐统治。百姓遭受饥荒，死亡人数超过一半。如今趁他们争夺王位的时机攻取后凉，易如反掌，不能错过这个机会。”姚硕德把这话禀报给后秦王姚兴，率领六万步兵、骑兵讨伐后凉，乞伏乾归率领七千骑兵跟随出征。
六月甲戌日，孙恩从海上突然进军丹徒，拥有十多万士兵、一千多艘战船，建康城内外震惊恐慌。乙亥日，朝廷内外实行戒严，文武百官住进宫中办公。冠军将军高素等人驻守石头城，辅国将军刘袭用栅栏阻断淮口，丹阳尹司马恢之驻守秦淮河南岸，冠军将军桓谦等人在白石设防，左卫将军王嘏等人屯兵中堂，朝廷征召豫州刺史谯王司马尚之进京保卫都城。
刘牢之从山阴率军前来截击孙恩，还没赶到，孙恩已经过境，于是派刘裕从海盐率军进京增援。刘裕兵力不足一千人，日夜兼程赶路，和孙恩同时抵达丹徒。刘裕军队人数本就稀少，加上长途跋涉疲惫不堪，而丹徒的守军毫无斗志。孙恩率领部众击鼓呐喊，登上蒜山，当地百姓都挑着担子准备逃跑。刘裕率领部下奋勇出击，大败孙恩军队，叛军坠入悬崖、跳进水中淹死的人很多，孙恩狼狈不堪，仅能逃回船上。但孙恩仍依仗自己人多，不久后又整顿军队径直向京师进军。后将军司马元显率军抵抗，多次战败。会稽王司马道子没有其他谋略，只能每天去蒋侯庙祈祷。孙恩的军队越来越近，百姓惊恐不安。谯王司马尚之率领精锐部队火速赶到，直接屯兵积弩堂。孙恩的战船高大，逆着风向无法快速前进，几天后才抵达白石。孙恩原本以为朝廷各路军队分散部署，想趁其不备发动突袭；后来得知司马尚之已在京城，又听说刘牢之已经回军，抵达新洲，便不敢继续前进，转而从海上向北逃往郁洲。孙恩的部将攻陷广陵，杀死三千人。宁朔将军高雅之在郁洲攻打孙恩，被孙恩俘获。
桓玄整顿军队、训练士兵，一直伺机等待朝廷出现可乘之机，听说孙恩逼近京师，便竖起将旗召集部众，上奏请求讨伐孙恩。司马元显十分恐惧。恰逢孙恩撤退，司马元显用诏书阻止桓玄进军，桓玄才解除戒严。
梁中庸等人共同推举沮渠蒙逊为大都督、大将军、凉州牧、张掖公，在他的辖境内实行大赦，改年号为永安。沮渠蒙逊任命堂兄沮渠伏奴为张掖太守、和平侯，弟弟沮渠挐为建忠将军、都谷侯，田昂为西郡太守，臧莫孩为辅国将军，房晷、梁中庸分别为左、右长史，张骘、谢正礼分别为左、右司马。他提拔任用有才能的人，文武官员都十分喜悦。
河西王秃发利鹿孤命令大臣们畅所欲言，指出朝政的得失。西曹从事史暠说：“陛下派遣将领出征，每次都能获胜。但您不把安抚百姓、稳定地方放在首位，只把迁徙百姓当作要务；百姓安于故土、不愿迁移，所以很多人逃离叛乱，这就是您能斩杀敌将、攻克城池，却不能扩大领土的原因。”秃发利鹿孤认为他说得很对。
秋季七月，北魏兖州刺史长孙肥率领两万步兵、骑兵向南攻取许昌，向东推进到彭城，东晋将军刘该向他投降。
后秦陇西公姚硕德从金城渡过黄河，径直向广武进军，河西王秃发利鹿孤调集广武的守军撤退，避开秦军锋芒。秦军抵达姑臧，后凉王吕隆派遣辅国大将军吕超、龙骧将军吕邈等人迎战，姚硕德大败后凉军队，活捉吕邈，斩杀、俘虏的敌军数以万计。吕隆环城固守，巴西公吕佗率领东苑的两万五千部众向秦军投降。西凉公李暠、河西王秃发利鹿孤、沮渠蒙逊分别派遣使者呈上奏表，向后秦进贡。
当初，后凉将领姜纪向河西王秃发利鹿孤投降，广武公秃发傉檀和他讨论军事谋略，对他十分赏识器重，坐着时同席而坐，出行时同车而乘，每次谈论都从白天持续到夜晚。秃发利鹿孤对秃发傉檀说：“姜纪确实有出色的才能，但他的神情举止异于常人，一定不会长久留在这里，不如杀了他。如果姜纪投奔后秦，必定会成为我们的祸患。”秃发傉檀说：“我以平民的交情对待姜纪，他一定不会背叛我。”八月，姜纪率领几十名骑兵投奔秦军，劝姚硕德说：“吕隆据守孤城，没有外援，明公您率领大军兵临城下，他势必会请求投降；但他只会表面投降，不会真心归顺。请给我三千步兵、骑兵，我和王松匆凭借焦朗、华纯的部众，趁他防备松懈时发动突袭，攻取吕隆不成问题。否则，如今秃发利鹿孤在南边，兵力强盛、国家富裕，若他兼并姑臧并占据此地，威势会更盛，沮渠蒙逊、李暠无法抗衡，一定会归附他，这样一来，秃发氏就会成为国家的大敌人。”姚硕德于是上奏举荐姜纪为武威太守，配给他两千士兵，让他驻守晏然。
后秦王姚兴听说杨桓贤能，征召他入朝，秃发利鹿孤不敢挽留。
此时，东晋朝廷下诏任命刘裕为下邳太守，命他去郁洲讨伐孙恩，刘裕多次作战，大败孙恩军队。孙恩从此势力衰弱，又沿着海岸向南逃跑，刘裕也率军追击截击。
后燕王慕容盛吸取父亲慕容宝因懦弱丢失国家的教训，致力于施行严厉的刑罚，又自恃聪明洞察，猜忌心很重，大臣们只要有细微的嫌疑，都会先被处死。因此皇室宗亲、有功旧臣，人人都无法自保。丁亥日，左将军慕容国与殿上将军秦舆、段赞谋划率领禁兵袭击慕容盛，事情败露，被处死的有五百多人。壬辰日夜，前将军段玑与秦舆的儿子秦兴、段赞的儿子段泰，在宫中秘密发动叛乱，击鼓呐喊。慕容盛得知变故，率领身边侍卫出战，叛军逃散溃败。段玑受伤，躲藏在厢房之中。不久后，一名叛军从暗处袭击慕容盛，慕容盛受伤，被抬到前殿，他向禁卫部队申明纪律约束，叛乱平定后便去世了。
中垒将军慕容拔、冗从仆射郭仲禀报太后丁氏，认为国家多灾多难，应当拥立年长的君主。当时众人都寄望于慕容盛的弟弟、司徒、尚书令、平原公慕容元，但河间公慕容熙一向得到丁氏的宠爱，丁氏于是废黜太子慕容定，秘密迎接慕容熙进入宫中。第二天早晨，大臣们入朝，才知道发生变故，于是上奏表劝慕容熙即位。慕容熙假意让给慕容元，慕容元不敢接受。癸巳日，慕容熙即位为天王，抓获段玑等人，将他们全部诛灭三族。甲午日，实行大赦。丙申日，平原公慕容元因受猜忌被赐死。闰月辛酉日，将慕容盛安葬在兴平陵，追谥为昭武皇帝，庙号中宗。丁氏送葬还没返回，中领军慕容提、步军校尉张佛等人谋划拥立前太子慕容定，事情败露，被处死，慕容定也被赐死。丙寅日，实行大赦，改年号为光始。
后秦陇西公姚硕德围攻姑臧几个月，城中的中原人大多谋划叛变投降，魏益多又引诱煽动他们，想杀死后凉王吕隆和安定公吕超，事情败露，受牵连被处死的有三百多家。姚硕德安抚接纳汉族和少数民族百姓，分别设置地方长官，节省粮食、囤积粟米，制定长期围困的计划。
后凉大臣们请求与后秦讲和，但吕隆不同意。安守公吕超说：“如今物资储备耗尽，朝廷上下哀怨声不断，即使让张良、陈平复活，也没有办法可想。陛下应当考虑灵活变通、能屈能伸，何必吝啬一封书信、一名使者，用谦卑的言辞让敌军撤退呢！敌军撤退后，我们推行德政安抚百姓，如果国运还没断绝，还担心不能恢复旧日基业吗！如果天命已尽，也可以保全宗族。否则，坚守孤城陷入困境，最终会有什么结果！”吕隆于是听从了他的建议，九月，派遣使者向后秦请求投降。姚硕德上奏举荐吕隆为镇西大将军、凉州刺史、建康公。吕隆派遣子弟以及文武旧臣慕容筑、杨颖等五十多家前往长安做人质。姚硕德的军队纪律严明，对百姓秋毫无犯，祭祀当地先贤，礼遇名士，凉州百姓十分高兴。
这时，沮渠蒙逊所管辖的酒泉、凉宁两郡叛变，投降西凉；他又听说吕隆投降后秦，十分恐惧，于是派弟弟建忠将军沮渠挐、牧府长史张潜前往姑臧拜见姚硕德，请求率领部众向东迁移。姚硕德很高兴，任命张潜为张掖太守，沮渠挐为建康太守。张潜劝说沮渠蒙逊向东迁移，沮渠挐却私下对沮渠蒙逊说：“姑臧还没被攻克，吕氏仍在，姚硕德粮草耗尽后必将撤军，不会长久停留。我们为什么要放弃自己的领土，受制于别人呢！”臧莫孩也认为这话有理。
沮渠蒙逊派儿子沮渠奚念到河西王秃发利鹿孤那里做人质，秃发利鹿孤不接受，说：“奚念年纪太小，可派沮渠挐来。”冬季十月，沮渠蒙逊再次派使者向秃发利鹿孤呈上奏疏说：“臣之前派奚念前来，已尽表诚心，但陛下未明察臣的心意，又征召弟弟沮渠挐。臣私下认为，若有诚信，儿子不算轻；若没诚信，弟弟也不算重。如今敌寇之患未平，臣无法遵奉诏令，希望陛下谅解。”秃发利鹿孤发怒，派张松侯俱延、兴城侯文支率领一万骑兵袭击沮渠蒙逊，大军抵达万岁临松，抓获沮渠蒙逊的堂弟沮渠鄯善苟子，掳掠当地百姓六千多户。沮渠蒙逊的堂叔沮渠孔遮到秃发利鹿孤朝中朝拜，答应以沮渠挐为人质，秃发利鹿孤才归还掳掠的人口财物，召回俱延等人。文支是秃发利鹿孤的弟弟。
南燕君主慕容备德在延贤堂宴请大臣，酒喝到尽兴时，对群臣说：“朕可以和古代哪些君主相比？”青州刺史鞠仲说：“陛下是中兴圣主，可比少康、光武帝一类人物。”慕容备德示意左右侍从赏赐鞠仲一千匹布帛，鞠仲因赏赐太多而推辞。慕容备德说：“你知道调侃朕，朕就不知道调侃你吗！你说的不是实话，所以朕也用虚言赏赐你罢了。”韩范进言说：“天子无戏言。今日这场对话，君主和臣子都有过失。”慕容备德十分高兴，赏赐韩范五十匹绢。
慕容备德的母亲和哥哥慕容纳都在长安，他派平原人杜弘前去寻访。杜弘说：“臣到长安后，若不能得知太后的近况，就向西前往张掖，拼死完成使命。臣的父亲杜雄已年过六十，恳请陛下赐他本县的俸禄，以尽我乌鸦反哺的孝心。”中书令张华说：“杜弘还没出发就索要俸禄，要挟君主的罪行很大。”慕容备德说：“杜弘为君主迎接母亲，为父亲求取俸禄，忠孝两全，有什么罪！”于是任命杜雄为平原县令。杜弘抵达张掖后，被强盗杀害。
十一月，刘裕追击孙恩到沪渎、海盐，再次击败他，俘获、斩杀的叛军数以万计，孙恩于是从浃口远远逃入海中。
十二月辛亥日，北魏君主拓跋珪派常山王拓跋遵、定陵公和跋率领五万部众，到高平袭击没弈干。
乙卯日，北魏虎威将军宿沓干讨伐后燕，进攻令支；乙丑日，后燕中领军宇文拔率军救援令支。壬午日，宿沓干攻克令支并在此驻守。
后凉吕超攻打姜纪，却没能攻克，转而攻打焦朗。焦朗派侄子焦嵩到河西王秃发利鹿孤那里做人质，请求救援，秃发利鹿孤派车骑将军秃发傉檀率军前往。等秃发傉檀赶到时，吕超已经撤退，焦朗却关闭城门拒绝他入城。秃发傉檀发怒，准备攻城，镇北将军俱延劝谏说：“安于故土、不愿迁移是人之常情。焦朗据守孤城，没有粮食，今年不投降，明年自然会归顺，何必多杀士兵去攻打他！如果攻城失利，他必定会投靠其他国家，我们放弃本州的百姓来资助相邻的敌人，不是好计策；不如用善意的言辞劝谕他。”秃发傉檀于是与焦朗讲和，随后在姑臧炫耀兵力，在胡阬扎营。
秃发傉檀料到吕超一定会来劫营，便预先准备好火把等待。吕超深夜派中垒将军王集率领两千精锐士兵去劫秃发傉檀的营寨，秃发傉檀却从容整军，没有出兵。王集进入营垒后，营内营外同时举起火把，光照如同白昼；秃发傉檀出兵反击，斩杀王集及三百多名披甲士兵。吕隆恐惧，假装与秃发傉檀讲和，请求在苑内结盟，秃发傉檀派俱延进城结盟。俱延怀疑有埋伏，直接拆毁苑墙进入。吕超的伏兵突然出击，俱延失去战马，徒步逃跑，夌江将军郭祖奋力抵抗，俱延才得以逃脱。秃发傉檀发怒，在显美攻打后凉昌松太守孟祎。吕隆派广武将军荀安国、宁远将军石可率领五百骑兵救援，荀安国等人畏惧秃发傉檀的强大，领兵逃了回去。
此时，东晋桓玄上奏举荐哥哥桓伟为江州刺史，镇守夏口；任命司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳；派部将皇甫敷、冯该驻守湓口。他将沮水、漳水流域的两千户蛮族百姓迁移到长江以南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡。朝廷下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之入朝，桓玄都把他们留住，不让他们前往京师。
桓玄自认为占据了东晋三分之二的领土，便多次派人向朝廷进献所谓的“祥瑞征兆”，想以此迷惑众人；又写信给会稽王司马道子说：“孙恩叛军逼近京师近郊，只是因遇风不能前进、遇雨无法放火，粮草耗尽才撤退，并非被朝廷兵力击败。从前王国宝死后，王恭没有趁势入京掌控朝政，可见他并非对明公您有二心，却被说成不忠。如今朝廷显贵大臣中的亲信，有哪一个是当时有声望的名士？怎能说没有优秀人才！只是您不能信任他们罢了！近来局势急转直下，才酿成今日的祸患。朝中君子都畏惧灾祸不敢说话，我有幸在外地任职，所以才敢陈述事实。”司马元显看到信后，十分恐惧。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借家族世代积累的势力，一向有豪迈气概，现已吞并殷仲堪、杨佺期的势力，独占荆楚地区，您所能控制的仅三吴之地罢了。孙恩作乱，东部地区遭受战乱，官府和百姓都穷困枯竭，桓玄必定会趁此机会施展他的奸计，我私下对此很担忧。”司马元显说：“那该怎么办？”张法顺说：“桓玄刚占据荆州，人心还未归附，正致力于安抚百姓，没闲暇谋划其他事情。如果趁此时机派刘牢之为前锋，您率领大军随后进军，就能攻取桓玄。”司马元显认为这话有理。恰逢武昌太守庾楷因桓玄与朝廷结怨，担心事情不成，灾祸会牵连自己，便在暗中派人主动与司马元显结交，说：“桓玄大失人心，部众不愿为他效力，若朝廷派军讨伐，我愿做内应。”司马元显大喜，派张法顺前往京口，与刘牢之商议；刘牢之认为此事难以成功。张法顺返回后，对司马元显说：“看刘牢之的言行神色，必定会对我们怀有二心，不如召他入京杀掉；否则，将会败坏大事。”司马元显没有听从。于是大规模整治水军，征召士兵、装配战船，谋划讨伐桓玄。
到了公元402年，春季正月庚午朔（初一），朝廷下诏历数桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加授黄钺；又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之为后续部队，同时大赦天下，改年号，朝廷内外实行戒严；加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想诛杀所有桓氏族人。中护军桓修是骠骑长史王诞的外甥，王诞深受司马元显宠信，他向司马元显陈述桓修等人与桓玄志向不同，司马元显才停止诛杀计划。王诞是王导的曾孙。