公元106年正月辛卯这天，朝廷进行了部分人事调整，把太尉张禹提拔成太傅，司徒徐防升任为太尉，并让他们参与处理尚书事务。因为皇帝年纪小，太后希望有得力的大臣能随时在宫里帮忙，于是就下命令让张禹住在宫里，每五天可以回一次家。上朝的时候，还给张禹特殊的待遇，让他不和三公坐在一起。同时，皇帝的哥哥刘胜被封为平原王。癸卯日这天，光禄勋梁鲔当上了司徒。
到了三月甲申日这天，孝和皇帝就被安葬在了慎陵，还给他定了庙号叫穆宗。丙戌这天，清河王刘庆、济北王刘寿、河间王刘开、常山王刘章准备出发去自己的封国，在这些藩王中，太后对刘庆给予了特殊关照。刘庆有个儿子叫刘祜，今年才13岁，太后担心皇帝年纪小以后会出问题，就把刘祜和他的嫡母耿姬留在了清河王府，以防不测之事的发生。耿姬是耿况的曾孙女，刘祜的亲妈是犍为左姬。
夏天四月，鲜卑人又来侵犯渔阳地区。渔阳太守张显就带着几百人出城追击。这时，手下的兵马掾严授劝他说：“前面的路不好走，也不清楚敌人到底是啥情况，应该先安营扎寨，再派轻骑兵去打探一下，到时我们再做决定也不晚呀。”但张显急着去打仗，怎么可能听他的呢？于是就带着部队直接前进了。结果中了敌人的埋伏，士兵们都被吓得四处逃窜，只有严授拼死抵抗，身上受了十处伤，杀了好几个人后战死。主簿卫福、功曹徐咸也赶来救援张显，最后都战死了。
丙寅日这天，朝廷又任命虎贲中郎将邓骘为车骑将军，给他和三司一样的仪仗待遇。邓骘的弟弟邓悝当上了虎贲中郎将，邓弘、邓阊都成了侍中。这时候，司空陈宠去世了。
五月辛卯这天，朝廷宣布大赦天下。壬辰日这天，河东垣山发生了山崩。六月丁未日，太常尹勤被任命为司空。这一年，全国有37个郡国遭遇了水灾。
己未日这天，太后就下诏书，要求太官、导官、尚方、内署这些部门减少奢侈浪费。除了祭祀陵庙之外，平时不能专门选好米食用，吃饭时，每顿只能有一个荤菜、一碗饭。以前太官、汤官每年花费将近两万万钱，现在削减到几千万。各郡国进贡的东西也减半，上林苑养的鹰犬都卖掉，离宫、别馆存的粮食、柴火也大量减少。丁卯日这天，太后又下令放出掖庭里的宫女，还有那些被充公为奴的皇室成员，让他们恢复平民身份。
到了秋天七月庚寅日这天，太后给司隶校尉和各地刺史发命令说：“最近好多地方发大水，就连秋收都受到了影响。对此，朝廷一直很担心。但有些地方为了粉饰太平的景象，就虚报粮食的收成，多报开垦的土地，隐瞒逃荒的百姓人数，假报户口数量，还包庇盗贼。结果坏人没得到惩罚，官员任用出现乱七八糟的现象，地方选拔人才也不公平，贪污腐败的现象到处都是，面对这些情况，老百姓就遭了殃。你们这些刺史明明看到了这些问题，却装聋作哑，只知道讨好上面，一点都不敬畏老天爷，也不把老百姓的死活放在心上。朝廷之前宽容你们，那是因为情况特殊，别以为以后一直会这样下去，要是以后再犯同样的事，一定从严处理！各个地方的长官都得老老实实核查灾情，该免的田租就免掉。”
八月辛卯这天，小皇帝突然去世了。癸丑那天，皇帝的灵柩停放在崇德前殿。太后就赶紧和她哥哥车骑将军邓骘、虎贲中郎将邓悝等人在宫里商量对策。当天晚上，太后就派邓骘拿着符节，坐着王青盖车去接清河王的儿子刘祜，还让刘祜在殿里斋戒。接着太后就来到崇德殿，大臣们都穿着正式的礼服陪着，先封刘祜为长安侯，然后下诏书，让刘祜过继给孝和皇帝当儿子，还宣读了继位的命令。随后，太尉就把皇帝的玉玺交给了刘祜，刘祜就这样当上了皇帝，太后则是继续帮着处理朝廷大事。
太后又专门给司隶校尉、河南尹、南阳太守发诏书说：“以前外戚家的门客老是在朝廷捣乱，害苦了老百姓，就是因为执法太松，没及时治他们的罪。现在虽然车骑将军邓骘他们看起来挺老实的，但他们家族人多，亲戚朋友一大堆，难保不会有人干坏事。要是发现他们家的门客犯法，你们必须严格查办，不准包庇！”从这以后，只要是外戚亲属犯了罪，都得受到严惩。
到了九月，又有六个州发生了大水灾。丙寅日这天，朝廷就把去世的孝殇皇帝埋在了康陵。因为接连办丧事，老百姓被各种劳役折腾得苦不堪言，所以这次修陵墓和办丧事的费用，只花了原来预算的十分之一。乙亥日这天，陈留这个地方还掉下来了一块陨石。
随后，朝廷就下诏书任命北地的梁慬当西域副校尉。梁慬走到河西的时候，正好赶上西域好几个国家造反，还把西域都护任尚围困在疏勒。任尚被围困后，就赶紧写信向朝廷求救，朝廷收到消息后，就让梁慬带着河西四郡的羌、胡骑兵一共五千人去帮忙。结果梁慬还没到，任尚就已经解围了。朝廷就把任尚召回了京城，并让骑都尉段禧当西域都护，西域长史赵博当骑都尉。段禧和赵博守在它乾城，但这城地方太小，并不好防守。梁慬就想办法说服龟兹王白霸，让大家一起进城防守。白霸同意了，可龟兹的官员和百姓不同意，但白霸没听他们的。梁慬进城后，就马上派人去接段禧和赵博，三支队伍合起来有八九千人。结果龟兹的官员百姓还是造反了，还联合温宿、姑墨的几万大军，把它乾城给围了起来。梁慬他们出城迎战，结果把敌军打得大败。经过好几个月的战斗，敌军终于退走了，梁慬乘胜追击，杀了一万多人，抓了好几千俘虏，这才把龟兹的局势稳定下来。
到了冬天十月，又有四个州发了大水，还下了冰雹。此时的清河孝王刘庆病重，就给朝廷上书，说自己死后想埋在樊濯宋贵人的墓旁边。十二月甲子这天，刘庆就去世了。乙酉日这天，朝廷下令取消了鱼龙曼延戏，这是一种又花钱又铺张浪费的宫廷娱乐活动。
此时的尚书郎南阳人樊准看到学习儒家经典的人越来越少了，就给朝廷上书说：“我听说当皇帝的不能不学习，当年光武皇帝复兴汉朝，就算天天忙着打仗，也没忘了研究学问。孝明皇帝处理政务那么忙，还是特别喜欢儒家经典，每次举行完仪式后，都是亲自给大家讲学，读书的人都会认真听讲，全国各地的人知道了都很高兴。现在愿意学习的人越来越少，这种现象在偏远地方尤其严重，就连博士都不怎么讲课了，读书人都喜欢追求表面的东西，而忘了忠诚的本分，只知道讨好别人。我觉得应该下诏书，多多寻找那些有学问的隐士，推崇真正有学问的人，好让皇上能跟着学习。”太后觉得他说得有道理，就下诏书说：“三公、九卿，还有俸禄中二千石的官员，都要推荐有学问的隐士和大儒，一定要选那些品德好的，这样才能激励年轻人。选拔博士的时候也要严格把关，一定要选到合适的人。”
公元107年正月初一，朝廷宣布大赦天下，很多犯人都被赦免了。在蜀郡边界外，一些羌人部落也决定归顺汉朝。
到了二月丁卯日这天，朝廷就把清河国的部分土地分封出去了，皇帝的弟弟刘常保被封为广川王。庚午日这天，司徒梁鲔去世了，朝廷又少了一位重要大臣。
三月癸酉日这天，出现了日食现象。己卯日这天，在永昌边界外，僬侥种夷的陆类等人，带着手下一大帮人前来归附汉朝。甲申日这天，清河孝王就被安葬在了广丘，司空和宗正负责操办丧事，葬礼规格跟当年东海恭王的差不多。
自从和帝去世后，邓骘兄弟就经常住在宫里帮忙处理事务，但邓骘不想一直待在宫里，于是就多次向太后请求回家，太后最后也是无奈的同意了。到了夏天四月，朝廷就给很多大臣封了侯，太傅张禹、太尉徐防、司空尹勤、车骑将军邓骘，还有城门校尉邓悝、虎贲中郎将邓弘、黄门郎邓阊都被封为了列侯，每人都能得到一万户的食邑，邓骘因为在拥立新皇帝时有功劳，就额外增加了三千户食邑。邓骘和他的弟弟们推辞了好几次，但最后还是接受了封赏。
五月甲戌日这天，长乐卫尉鲁恭被任命为司徒。鲁恭向朝廷建议说：“按照以前的规矩，立秋之后才开始处理一些不太严重的刑罚案件。但从永元十五年开始，就改成初夏就处理了。现在很多刺史、太守就借着这个由头，在农忙的夏天把农民叫去审问案子，结果耽误了种地。应该按照月令里‘孟夏断薄刑’的规定，小案子马上处理，大案子等到立秋之后再审。”朝廷觉得他说的有道理，就采纳了他的建议。丁丑日这天，北海王刘睦的孙子、寿光侯刘普被封为北海王。随后，九真边界外和夜郎的蛮夷部落也选择归附汉朝。
而西域这边呢？都护段禧等人虽然守住了龟兹，但因为通往汉朝的道路被阻断，所以消息都传不出来。朝廷的大臣们讨论后觉得：“西域离得朝廷太远，还老是造反，我们在那儿驻军、屯田，花了太多钱。”于是在六月壬戌日这天，朝廷就决定撤销西域都护这个官职，还派骑都尉王弘带着关中的士兵，去把段禧、梁慬、赵博，还有在伊吾卢、柳中屯田的官吏和士兵都接了回来。
想当初，烧当羌的首领东号的儿子麻奴，跟着父亲投降了汉朝，住在安定。那时候，投降的羌人分散在各个郡县，还经常被官吏和豪强欺负。所以，心里就积攒了很多怨气。王弘向西去接段禧的时候，就征调了金城、陇西、汉阳等地的羌人骑兵上千人一起走，郡县的官员还催着羌人赶紧出发。羌人害怕被派到远方后回不来，等走到酒泉的时候，就有一些人逃跑了。郡县派兵去阻拦，甚至还把羌人的村子给毁了。看到汉军的这行为，勒姐、当煎部落的大首领东岸等人都被吓坏了，于是就纷纷带着人逃跑了。麻奴兄弟就带着族人往西跑到塞外，还和先零部落的分支滇零、锺羌等人一起到处抢劫，把陇道都给阻断了。这些羌人已经归附汉朝很久了，手里没什么兵器，有的就拿竹竿树枝当武器，有的背着木板当盾牌，但郡县的官府根本管不住他们。丁卯日这天，朝廷就宣布赦免那些参与叛乱的羌人，希望能平息事端。
到了九月庚午日这天，太尉徐防因为出现的灾异现象、国内又有贼寇作乱，所以就被罢免了官职。从徐防这儿开始，就开启了三公因为灾异被免职的先例。仅仅过了一天，司空尹勤也因为水灾丢了官。
这时，仲长统在《昌言》里就吐槽当前的现象，言辞很是犀利。他说光武帝当年因为看到前面好几代皇帝大权旁落，被权臣欺负狠了，所以矫枉过正。虽然设置了三公的职位，但实际上不给他们实权，可一旦国家治理得不好，又把责任全推到三公身上。现在外戚独揽大权，宦官也深受宠信，朝廷里到处都是他们的亲信。人才选拔乱七八糟，贪官污吏横行霸道，老百姓生活更是苦不堪言，边疆外族也经常造反，天灾还连年不断。明明这些乱象都是外戚和宦官搞出来的，却要三公背锅，甚至被免职、赐死，真是让人既憋屈又气愤！而且，现在选三公只看重那些谨慎守旧的人，选上来的大多是些庸才，根本干不好活儿。要是指望这样的人给国家立功、让百姓受益，简直就是白日做梦！以前汉文帝宠信邓通，但依然能够坚持法度。现在外戚宦官权势大得吓人，谁要是得罪他们，马上就会被陷害，还怎么让他们去监督弹劾百官？以前三公权力大、责任小，现在倒是反过来了，权力小、责任却重得离谱。光武帝时期削弱三公的权力，到现在变本加厉；想不重用外戚，可几代人都没做到，这就是因为皇帝对外戚和三公亲疏有别啊！要是皇帝真正信任三公，让他们好好履职，结果还是有官员祸害百姓、用人不当、百姓不安、纠纷不断、天灾频发，这时候再怪罪三公才合理！
壬午日这天，朝廷就发了一道诏书，要求太仆、少府裁减黄门鼓吹（宫廷乐师），并把裁撤下来的人补充到羽林军里；不是皇帝常用的马匹，就饲料减半；只要不是用来供奉宗庙、陵园的工程，全部停工。