公元85年正月，朝廷下诏说：“法令规定：‘百姓生育子女的，就给他们免除三年赋税。’对于所有怀孕的妇女，赐予每人三斛胎养谷并免除她丈夫一年的赋税。现在特将此规定写入法令当中！”又下诏给三公说：“那些庸俗的官吏矫饰外表，似是而非，朕非常厌恶他们，对此也是很苦恼！那些安静踏实、朴实无华的官吏，虽然每天成果不明显，但长期积累下去却有很大的成效。比如襄城令刘方，官吏和百姓都称赞他不烦扰百姓，他虽然没有其他特别突出的政绩，但这已经很接近朕的理想了！那些以苛刻为明察，以严厉为明智，以轻罚为恩德，以重罚为威严的做法，如果这四种风气盛行，百姓就会心生怨恨。朕多次下诏，派出的使者更是络绎不绝，但官吏的治理方式并未有所改善，治理百姓仍有失职的现象，这种责任在谁？希望你们认真思考旧有的法令，以符合朕的心意！”
此时的北匈奴的首领车利涿兵等人逃亡进入了汉朝边塞，他们共有七十三批人。当时北匈奴已经衰败了，他们的部众也是死的死，跑的跑，加上南匈奴在前方进攻，丁零在后方侵扰，鲜卑在左翼攻击，西域在右翼侵扰，北匈奴无法自立，于是就选择远走他乡。
南单于长去世后，单于汗的儿子宣继位，被称为伊屠于闾鞮单于。
《太初历》用了一百多年后，就跟实际天象对不上了。皇帝就让治历官编、李梵他们重新修订历法，搞出了《四分历》。二月甲寅那天，朝廷宣布正式使用新历法。
皇帝当太子的时候，就跟着东郡太守、汝南人张酺学过《尚书》。二月丙辰日那天，皇帝到东边去视察情况，到了东郡后，就派人把张酺和他教过的学生都叫来，还把当地郡县的官员也召集到了院子里。皇帝先是规规矩矩以学生的礼节，请张酺讲了一篇《尚书》，等他讲完后才按君臣礼仪来；这次给他的赏赐特别多，在场的人都跟着沾了光。皇帝路过任城的时候，还专门去了郑均家里，给他尚书的俸禄让他养老，当时的人都叫郑均“白衣尚书”。
二月乙丑日那天，皇帝亲自在定陶下地耕田。辛未日，皇帝又跑到泰山去祭祀泰山之神；完了又到了奉高去视察。壬申日那天，又在汶上的明堂祭祀五帝；丙子日那天，又宣布大赦天下。戊寅日那天，皇帝就去了济南视察。到了三月己丑日，皇帝车驾就到了鲁地，庚寅日那天，又在孔子故居阙里祭祀孔子和他的七十二位有名的弟子，还演奏了六代流传下来的古乐，并把孔氏家族里二十岁以上的62个男人都叫来参加祭祀。皇帝跟孔僖说：“今天这场聚会，对你们孔家来说是不是特别有排面？”孔僖回答说：“我听说，圣明的君主没有不尊重老师、重视道理的。现在陛下亲自降低身份来到我们这儿，这是敬重先师，也是为陛下的德行增添光彩；要说是什么荣耀，我可不敢这么想。”皇帝听了哈哈大笑：“要不是圣人的后代，哪能说出这么有水平的话！”当场就任命孔僖做了郎中。
壬辰日那天，皇帝又到了东平，到这儿想起了已经去世的献王，就对献王的儿子们说：“想念一个人，就会来到他生活过的地方；现在地方还在，人却没了。”说着说着就哭了。然后皇帝就去了献王的陵墓，用最隆重的太牢之礼祭祀，还亲自行了跪拜之礼，哭得特别伤心。献王当年回封国的时候，骠骑府的官吏丁牧、周栩因为觉得献王特别爱惜人才，又待人和善，所以舍不得离开，于是就跟着献王做了几十年大夫，一直伺候献王和他的子孙。皇帝听说了这件事后，就派人把丁牧和周栩叫来，既觉得他俩这么多年不容易，又想宣扬献王的好品德，于是就提拔他们做了议郎。乙未日那天，皇帝到了东阿视察，然后往北登上了太行山，随后又到了天井关。到了夏天四月，皇帝才回到宫里。庚申日那天，皇帝又去祭祀了祖先。
五月，江陵王刘恭被迁封为六安王。
七月庚子这天，皇帝下了一道诏书说：“《春秋》这本书特别看重天、地、人的正道，对待细微的事情也很谨慎。所以按照律法规定，十一月和十二月不能处决犯人，只能在初冬的十月才行。”
到了冬天，南单于派军队跟北匈奴的温禺犊王在涿邪山打了一仗，结果打赢了，还杀了不少敌人，同时抢了不少东西，然后就撤回来了。这时候，武威太守孟云给皇帝上书说：“之前北匈奴跟咱们汉朝已经和好了，还结成了亲家，但南匈奴还去抢北匈奴的东西。这下北单于就觉得咱们汉朝骗了他，都打算来侵犯边境了。我觉得应该把南匈奴抢来的人都还回去，这样才能安抚住北匈奴。”
皇帝收到上书后，就让大臣们一起讨论这事。太尉郑弘和司空第五伦觉得不该归还抢来的东西，司徒桓虞和太仆袁安却觉得应该归还。郑弘情绪特别激动，还批评那些支持归还的人，说：“谁要是说该把人还回去，那就是对朝廷的不忠！”桓虞就马上反驳他，第五伦和大鸿胪韦彪在旁边也都被郑弘的态度惊到了。后来司隶校尉就上书弹劾郑弘他们几个，郑弘这些人没办法，只好把自己的官印交上去，向皇帝认错。
随后，皇帝又下了一道诏书说：“大家讨论这么久了，也没个结果，大家各有各的想法很正常。本来大事就是要通过讨论来决定的，政策的制定也要大家一起商量。有争论、敢说话才是守规矩的表现，要是都憋在心里不说话，那才是对朝廷的不忠！你们干嘛要这么自责、还拼命的道歉！都官复原职吧！”紧接着，皇帝又发了一道诏书说：“大江大海为啥能把所有的河水都装下？就是因为它们地势低，愿意接纳。咱们就稍微委屈一下、退让一步，又有啥可怕的！再说现在咱们和匈奴之间，谁是君谁是臣已经定下来了，他们说话也客客气气的，约定也十分清楚，还经常给咱们进贡，咱们可不能不讲信用，自己给自己丢脸！”最后皇帝下令，让度辽将军和领中郎将庞奋，不仅要把南匈奴抢的人还给北匈奴，还要额外给北匈奴一些补偿；至于南匈奴杀敌、缴获战利品的功劳，就按老规矩进行赏赐吧。
公元86年正月，皇帝就到北边去视察。辛丑日那天，还在怀地亲自下地种田。到了二月乙丑日，皇帝就吩咐侍御史和司空：“现在正是春天，咱们走到哪儿，都不能砍树杀生。要是车马碰见了行人，就得主动避让；驾车的马要是能解开，就解开让它休息休息。”戊辰日那天，皇帝又去了中山视察，还出了长城；癸酉日又往回走，去了元氏。到了三月己卯日，皇帝到了赵地，直到辛卯日那天，才回到宫里。
太尉郑弘好几次给皇帝上书，说侍中窦宪权力太大了，他的话说得特别直白、严厉。窦宪知道后心里就特别不爽。正巧赶上郑弘弹劾窦宪的手下，尚书张林和洛阳令杨光贪污腐败的事。奏章交上去后，有个官吏和杨光关系好，就偷偷把这事告诉了杨光，杨光赶紧跑去告诉窦宪。窦宪反倒倒打一耙，说郑弘泄露朝廷机密，皇帝就把郑弘训了一顿。到了夏天四月，皇帝就把郑弘的官印收走了。郑弘还主动跑到廷尉那儿认罪，最后皇帝下诏赦免了他，他就趁机提出想辞职回家养老的事，但皇帝没同意。后来郑弘病重，又给皇帝上书谢罪，说：“窦宪干的那些坏事，老天爷和大地都容不下，不管聪明人还是普通人，都恨死他了，大家都说‘窦宪到底是用啥法子把皇上迷惑住的！’陛下您坐在皇位上，要想着保住汉朝的万代基业，可别轻信这些坏家伙，得考虑国家存亡的大事啊！我就算快死了，也不能忘了对国家的忠心，希望陛下能把窦宪这些坏人都办了，好让活着的和死去的人都解解气！”皇帝看了奏章，就赶紧派医生去给郑弘看病，结果医生到的时候，郑弘已经去世了。之后，皇帝就任命大司农宋由做了太尉。
司空第五伦因为年纪大了，身体又不好，就申请退休。五月丙子日那天，皇帝批准了他的申请，还给他终身发二千石的俸禄。第五伦当官特别奉公守法，说话做事也从不含糊。他这人性格实在，不喜欢搞那些花架子，在任时一直以廉洁出名。有人问他：“您心里有没有私心啊？”他说：“以前有人送我一匹千里马，我虽然没要，但每次朝廷选官的时候，我心里还会想起这人，不过最后也没任用他。你说，我这样难道能算没有私心吗？”第五伦退休后，皇帝就让太仆袁安做了司空。
秋天八月，皇帝去了安邑溜达，还查看了当地的盐池，到九月才回宫。这时候，烧当羌的迷吾和他弟弟号吾又造反了。号吾带着一队轻骑兵跑到陇西捣乱，结果被督烽掾李章给抓住了。号吾就说：“你杀了我一个，对羌人没啥影响；要是放我回去，我保证让羌人撤兵，再也不侵犯汉朝的边境。”陇西太守张纡就把号吾放了，羌人还真就退兵了，迷吾也带着人退到了河北归义城。
这时的疏勒王忠从康居王那儿借了些兵，占据了损中这个地方，还派使者假装向班超投降。班超那眼光何其毒辣，一下就看穿了他的计谋，于是就假装答应，然后找机会杀了忠，并打败了他的军队，打通了南道。
这年，楚许太后去世了，皇帝就下令重新安葬楚王刘英，还追封他为楚厉侯。皇帝又让颍川的郭躬做廷尉，郭躬判案的时候经常从轻处理，还提出了四十一条可以从轻处罚的重罪规定，最后都被朝廷采纳实行了。
博士曹褒又给朝廷上书，建议制定汉朝自己的礼仪制度，可太常巢堪觉得这事儿曹褒一个人干不了。皇帝觉得那些儒生太死板，做事放不开手脚，很难开创出新制度，就任命曹褒做侍中，让他专门负责制定礼仪。玄武司马班固则是提议多找些儒生一起讨论，皇帝却觉得那样肯定吵得没完没了，最后啥结果也出不来，干脆就让曹褒一个人干这事儿了。
到了公元87年正月，皇帝就把曹褒叫来，还给了他叔孙通写的十二篇《汉仪》，并说：“这些制度又零散又简单，很多都不符合经典，你现在得按照礼制好好进行修改，让它能用起来。”
就在朝廷准备制定新礼的时候，护羌校尉傅育就想去攻打烧当羌，但烧当羌才刚投降，他不好意思直接出兵，于是就想找人去挑拨羌人和胡人之间的关系。没想到羌人和胡人不上当，反而再次逃出了边塞，投靠了迷吾。傅育没办法，只好请求调集各郡几万人马一起去打羌人。可是各郡的军队还没到齐，三月的时候，傅育就等不及，自己带兵去进攻了。迷吾得到消息后，就赶紧带着部落转移了。而傅育这边呢，就派了三千精锐骑兵去追，夜里就到了三兜谷这个地方，因为没做好防备，迷吾突然发动袭击，结果把傅育的军队打得大败，傅育和他手下八百八十人都被杀了。等各郡的军队赶到时，羌人早就跑了。朝廷只好下诏，让陇西太守张纡担任护羌校尉，并带着一万人驻扎在临羌。
夏天六月的时候，司徒桓虞被免职。癸卯日，朝廷又让司空袁安做司徒，光禄勋任隗做司空。任隗是任光的儿子。
此时的齐王刘晃和他弟弟利侯刘刚，还有他们的母亲太姬，互相告状，事情闹得不可开交。秋天七月癸卯日，皇帝就下诏书，把刘晃的爵位贬成了芜湖侯，还削减了刘刚三千户的封地，并没收了太姬的玺绶。
壬子日这天，淮阳顷王刘昞去世了。
这时的鲜卑人就跑到左地，攻打北匈奴，结果把北匈奴打得大败，还杀了优留单于，然后就撤回去了。
羌人首领迷吾又联合其他部落侵犯金城塞，张纡就派从事河内人司马防在木乘谷和迷吾打了一仗。迷吾眼看自己不是汉军的对手，就脚底抹油溜了，之后通过翻译说要投降，张纡就答应了。随后，迷吾就带着部众来到临羌，张纡还摆了宴席招待他们，却在酒里偷偷下了毒，还安排埋伏的士兵杀了迷吾和八百多个羌人酋长，最后把迷吾的头砍下来，拿去祭奠傅育。之后，张纡又派兵攻打迷吾的残部，这次总共击杀和俘虏了几千人。迷吾的儿子迷唐又和其他部落和好了，还互相进行通婚、交换人质等行为，后来更是占据了大、小榆谷反叛，他的势力越来越大，张纡根本管不住。