公元23年的春季正月，汉军与下江兵联合斩杀了甄阜和梁丘赐二人，并杀死了两万多士兵。此时，王莽的纳言将军严尤和秩宗将军陈茂打算占据宛城，随后他们就和刘演率领的军队在淯阳进行了一场大战，但是没打赢，而刘演在打了胜仗之后，趁势就包围了宛城。在此之前，青州、徐州地区的盗贼人数多达数十万，但是他们没有文书、号令、旌旗和军队编制。一直到汉军起兵之后，这些盗贼才开始自称将军、攻城掠地、发布文书。王莽听说这些消息后，终于是感到害怕了。
此时，舂陵戴侯的曾孙刘玄在平林的起义队伍里，大家都叫他“更始将军”。那会儿汉军已经有十多万人了，但是却没有一个领导。军中的将领们一商量，觉得还是得找个刘家皇室的人当首领，这样才能让大伙儿心服口服。听到这个消息后，南阳的那些英雄豪杰还有王常等人，就想着让刘演当汉军的首领。可是新市、平林那些带兵的将领，平时自由散漫惯了，他们听说刘演管理军队十分严厉而且还不好相处，就不太愿意接受这个提议，他们反倒觉得刘玄这个人性格软弱，好控制。于是就私下里决定立刘玄当首领，等事情定下来后再把刘演叫来通知。刘演一听就急了，赶紧劝大伙儿说：“各位将军想立皇室宗亲当首领，这本来是个好事。可是现在青州、徐州那边的赤眉军也起义了，人数有好几十万。要是他们听说咱们在南阳立了个刘氏宗亲当首领，那他们肯定会效仿我们。现在王莽还没有被消灭，若是咱们内部先打起来，这就不止是让外人看笑话的事了，还会削弱咱们的实力，这对于推翻王莽的统治是没好处的。我看了地图才发现舂陵距离宛城只有三百里路，现在要是急着称帝，那我们肯定会成为众矢之的，以后麻烦可就大了。我们不如先称王，这样不仅能指挥各路将领，还能观察赤眉军的动向。要是赤眉军立的人有本事，咱们就带着队伍去投奔他们，他们也不会亏待咱们。要是赤眉军没立皇室，等咱们灭了王莽，再收拾完赤眉军，到时候称帝也不晚啊！”军中的很多将领听了后，都觉得挺有道理，可张卬却急眼了，只见他拔出宝剑往地上一砍，大声嚷嚷说：“你们别在磨磨唧唧的了，要是再犹豫可就坏事了，今天这事就这么定了，谁也别改了！”其他人一看这架势，也只好听他的了。
二月初一这天，大伙儿在淯水边的沙地上搭了个台子，随后就让刘玄登基称帝。此时的刘玄站在台上，脸朝南接受大臣们的朝拜，在这过程中他紧张得直冒汗，甚至连话都说不利索。刘玄当了皇帝后，马上就宣布大赦天下，还改了年号叫“更始”意思是要与天下百姓重新开始。接着就开始给大伙儿封官，他让族父刘良做国三老，王匡为定国上公，王凤为成国上公，朱鲔担任大司马，刘演担任大司徒，陈牧担任大司空，其他将领也都被封了九卿或者将军。可这么一来，却把那些有本事的人给得罪了，从这一点上他们就对这位新皇帝感到了失望。
而王莽为了证明自己安然无恙，就把胡子和头发都给染黑了，又立杜陵史谌的女儿为皇后，并设置了后宫，封号与公、卿、大夫、元士相当的共一百二十人。
随后王莽就宣布大赦天下，他下诏说：“如今朕命令王匡和哀章等人前去讨伐青州、徐州地区的盗贼，严尤、陈茂等人前去讨伐前队的敌人，朕已经明确的告知他们，若是投降就可以免除死罪。若是任然执迷不悟，那么朕将会派大司空隆新公率领百万大军前去彻底剿灭他们。”
到了三月，王凤与太常偏将军刘秀等人就攻占了昆阳、定陵和郾城三座城池，大大增强了起义军的力量。
而王莽再听说严尤、陈茂战败后，就派司空王邑火速前往洛阳，与司徒王寻一起发兵平定山东的叛乱。与此同时，王莽还征召了六十三位精通兵法的人担任军吏，又任命巨母霸为垒尉，还驱赶虎、豹、犀牛、大象等猛兽以壮军威。王邑到达洛阳后，就命令各州郡选派精兵强将，由牧守亲自率领，总共集结了四十二万人，号称百万。其余的部队都在路上，运送粮草的队伍有绵延千里。
夏季五月，王寻、王邑就前去与严尤、陈茂会合。
此时，汉军的将领们看到王寻、王邑的军队人数众多，而且实力强悍，心里就感到很害怕，吓得纷纷往后撤，一直退到了昆阳城。这时大伙挤在城里，心里慌得不行，满脑子想的都是自己家人的安危，甚至想各自带兵逃回自己的地盘。这时刘秀赶紧站出来劝大家说：“咱们现在人少粮也少，敌人却这么厉害，如今只有团结起来搏一搏，还有机会单车变摩托；要是分开各自逃跑，肯定会全军覆没。再说了，现在宛城还没打下来，咱们也没法互相支援；若是昆阳失守，那么不出一天，咱们的其他部队也会被敌人给吃掉。如今，在这生死存亡的关键时刻，大家难道不该齐心协力，共渡难关吗？反而惦记着老婆孩子和那点家产。”将领们一听就火了，大声嚷嚷道：“刘将军怎么能说出这种话！”而刘秀也不生气，只是笑了笑就起身离开了。
就在将领们正在嚷嚷的时候，派出去打探消息的骑兵就跑回来报告说：现在敌人已经到城北了，他们的队伍拉得老长了，好几百里都望不到头！这些将领平时一直瞧不上刘秀，但这会儿实在是没辙了，只能说：“刘将军，还是您给拿个主意吧！”刘秀听到他们认怂了，就又仔仔细细的分析了当前的形势，这次大家都同意了。当时的昆阳城里就剩下八九千人，刘秀就安排王凤和王常守城，自己则带着五威将军李轶等十三个人，趁夜从南门偷偷的溜出去，到外头找救兵去了。
这时，王莽的军队大概有十万人已经到了昆阳城下，刘秀他们差点就没能突围出去。随后，王寻、王邑就把昆阳城给围了个水泄不通，这时严尤就劝他们说：“昆阳城又小又结实，实在不好强攻。现在汉军的主力都在宛城，咱们不如直接去攻打宛城，汉军肯定会慌不择路的逃跑。一旦拿下宛城，那昆阳自然就投降了。”可惜王邑不同意，他说：“之前我去打翟义，因为没能把他活捉，回来后还挨了一顿骂。现在我带着百万大军，若是连个小城都打不下来，那以后还怎么立威？今天必须把昆阳城踏平，杀他个血流成河，然后咱们再唱着歌跳着舞往前冲，那样才痛快！”于是，他们就把昆阳围了一层又一层，扎了几百个营寨，敲锣打鼓的声音几十里外都能听见。他们攻城的时候，又是挖地道，又是用冲车撞城墙，箭就跟下雨似的往城里射，逼得城里的百姓出门打水都得背着门板挡箭。后来王凤实在撑不住了，就想投降，但是王寻、王邑却不答应。因为这俩人觉得胜利已经是板上钉钉的事了，所以压根就没把守城的汉军当回事儿。看到他俩如此骄傲，严尤赶忙劝道：“老话说‘围城要留缺口’，我们不如故意放几个敌人出去，这样还能吓唬吓唬宛城的汉军。”但是王邑还是不听。
另一边，棘阳守长岑彭和前队贰严说一直死守宛城，汉军连着围攻了好几个月，城里粮食都吃光了，甚至出现了人吃人的惨状，最后实在扛不住，只能开城投降。随后，更始帝刘玄就进了宛城。汉军的将领们都嚷嚷着要杀了岑彭，刘演却拦住他们说：“岑彭是地方大官，守城是他的本分。咱们干大事的人，就该表扬这种尽忠职守的人，不如给他封个官，也好让百姓看到我们的仁义。”于是，更始帝就封岑彭为归德侯。
等刘秀跑到郾城、定陵后，就想把各营的军队都调集起来。可那些将领舍不得好不容易抢来的财物，想留下一部分人守着。但是刘秀说：“这仗要是打赢了，你们得到的财宝会比现在多一万倍，还能成就一番大事业；要是打输了，那就连命都没了，还守着这点东西有啥用？”大家一听觉得挺有道理，刘秀这才把所有的兵力都集中起来。
到了六月，刘秀就和各路援军一起向王莽的军队发起了进攻。刘秀亲自带着一千多步兵和骑兵做先锋，在距离主力部队还有四五里的地方摆开了阵势。这时，王寻、王邑看到汉军出动，就派了几千人出来迎战，刘秀看到敌军出阵，就开始带头冲锋，在敌军中横冲直撞的斩杀了几十个敌人。其他将领看到刘秀这么勇猛，心里高兴坏了，都说：“刘将军平时碰到小股敌人都有点胆小，怎么今天遇上强大的对手却变得这么勇猛，真是奇怪！刘将军，您继续当先锋，我们跟在后面给您帮忙！”刘秀一听，就又带着人冲了上去。这一次，王寻和王邑的军队就有点扛不住了，开始撤退了。汉军其他的部队瞅准机会，就跟着往前冲，又斩杀了成百上千的敌人。汉军连着打了几次胜仗，那士气一下子就起来了。这时的刘秀瞅准时机，就带着三千名敢死队，从城西的河边出发，目标直指王莽军队的核心。而王寻、王邑压根没把刘秀放在眼里，他们觉得这几千人根本不够看，于是就亲自带着一万多人出来迎战。为了防止其他营的军队抢功劳，他们还下令：没有命令，谁都不许擅自行动。结果这一万多人被刘秀的敢死队冲得阵型大乱，汉军趁势猛攻，当场就把王寻给杀了。这时候，昆阳城里的守军听到外面喊杀声震天，就知道是援军到了，也打开城门冲了出来，和城外的汉军前后夹击。一时间，喊杀声、助威声响彻天地，看到这种局面，王莽的军队彻底慌了，于是就开始疯狂逃窜。逃跑的时候，士兵们互相踩踏，死了很多人，导致路上全是尸体。
就在这个时候，天上突然下起了大暴雨，风大得能把屋顶的瓦片掀起来，滍水也跟着暴涨。王莽军队带来的虎豹等猛兽都被吓得直哆嗦，士兵们被淹死的有上万人，尸体把河道都快堵住了。而王邑、严尤、陈茂三个人骑着马，踩着尸体渡过河之后，就狼狈地逃走了。这一仗，汉军缴获了数不清的粮草、兵器等物资，搬了好几个月都没搬完，实在搬不动的，就一把火烧掉。这时王莽军队的残兵败将也纷纷逃回了各自的郡县，王邑最后只带着几千个从长安带来的士兵逃回了洛阳。这消息一经传开，整个关中地区的人都被震惊到了。紧接着，全国各地的英雄豪杰一看王莽军队不行了，就纷纷起兵响应。这些英雄豪杰不仅杀掉了王莽任命的官员，还自己封自己为将军，他们依旧采用汉朝的年号，都等着更始帝下命令，然后进攻王莽呢。在这短短一个月的时间里，起义的浪潮就席卷了全国。
这时，王莽听到有传言说他毒杀了汉平帝，于是就在王路堂召集公卿大臣，还公开了他为平帝祈求长寿的金縢之策，哭着向群臣展示策书里的内容。
紧接着，刘秀又去攻打颍川，但是没把父城打下来，只好在巾车乡安营扎寨。颍川郡有个叫冯异的官员，负责监管五个县，结果被汉军给抓住了。冯异就跟刘秀求情说：“我老母亲还在父城呢，您要是放我回去，我一定守住这五个县，好好报答您的恩情！”刘秀略作思索就答应了。冯异回去后，就跟父城的长官苗萌说：“现在好多起义军将领都又凶又爱抢东西，只有刘将军到哪儿都不祸害百姓，看他做事的样子，肯定不是一般人。”于是，冯异和苗萌就带着五个县的人，一起投降了刘秀。
而新市和平林的那些将领，看刘演兄弟名气越来越大，心里就非常嫉妒，于是就偷偷劝更始帝刘玄把他俩除掉。此时的刘秀察觉到了不对劲，就跟刘演说：“哥，我感觉要有麻烦事了。”可是刘演却满不在乎地笑着说：“这种事儿是常有的。”后来，更始帝把将领们都召集起来，又把刘演找来，想借他的宝剑看看。这时候，绣衣御史申徒建赶紧献上玉玦，暗示更始帝动手，可是更始帝胆子小，愣是没敢发作。这时，刘演的舅舅樊宏提醒他：“如今申徒建这么做，是不是跟当年范增劝项羽杀刘邦一样，这是想害你啊？”可惜刘演没当回事，就没接话。
还有个叫李轶的，一开始跟刘演兄弟关系特别好，后来却跑去讨好更始帝身边的新贵。看到李轶去讨好新贵，刘秀就劝刘演说：“哥，李轶这人不靠谱，他的话以后不能信了。”但是刘演也没听进去。刘演手下有个猛将叫刘稷，打仗特别厉害，他听说更始帝当了皇帝后，就气得直骂：“刚开始带头起义干大事的是我们伯升（刘演）兄弟，这更始帝算老几！”后来，更始帝就封刘稷当抗威将军，但是刘稷死活不接受。看到他这么不给自己面子，更始帝就带着几千士兵，把刘稷抓起来要杀他，刘演就出来拼命阻拦。这时候，李轶和朱鲔就趁机撺掇更始帝，把刘演也一块儿抓了，更始帝当天就把兄弟俩都杀了，然后让自己的族兄刘赐担任大司徒。
刘秀在父城听说哥哥死了，就赶紧跑到宛城向更始帝请罪。这时，大司徒的属官们都来安慰他，刘秀在私下里也不说受委屈的事，只是一个劲儿地检讨自己，绝口不提自己在昆阳立下的战功；也不敢给哥哥办丧事，该吃吃该喝喝，有说有笑就跟平常一样。更始帝看他这样，反倒有点愧疚，就封刘秀做了破虏大将军，还给了个武信侯的爵位。
这时候，有个叫西门君惠的道士，跟王莽的卫将军王涉说：“有预言说姓刘的要重新得天下，我看国师公刘秀的名字就非常符合情况啊！”听到这个消息，王涉就拉着国师公刘秀、大司马董忠、司中大赘孙及一起商量对策，他们打算带着手下的兵把王莽给绑了，然后投降汉军，好保住自己的家族。结果到了这年七月，孙及却跑去跟王莽告密。王莽把董忠叫来一顿臭骂，然后就杀了他，还让虎贲军拿着斩马剑把董忠的尸体剁碎，又把他的全家都抓起来，用醋、毒药、刀剑，再加上荆棘丛，一股脑埋进一个大坑里；国师公刘秀和王涉知道事情败露了，只好自杀。王莽觉得这几个人都是自己的亲信，又深知家丑不能外扬的道理，所以就没把这事公开。
王莽这边呢，外面军队打了败仗，内部又有大臣背叛，身边那是一个能信的人都没有了，这时他也没心思管全国各地的事儿了。于是就把王邑召回京城，让他担任大司马，又任命大长秋张邯担任大司徒，崔发担任大司空，司中寿容苗欣担任国师。而王莽却愁得吃不下饭，平时只能靠喝酒、吃鲍鱼来解闷；有时看军报看得累了，就趴在桌子上打个盹，都没心思上床睡觉了。
这时，成纪的隗崔、隗义，上邽的杨广，冀地的周宗一起起兵响应汉军的号召，他们凑了几千人，然后就去攻打平襄，把王莽任命的镇戎大尹李育给杀了。隗崔的侄子隗嚣，一直挺有名气，还喜欢研究经书，隗崔他们就一起推举隗嚣当上将军，隗崔自己当白虎将军，隗义当左将军。随后，隗嚣就派人去请平陵的方望来当军师，方望劝隗嚣在城东建了座高庙。等到己巳那天，他们就在庙里祭祀汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉世宗刘彻，隗嚣他们都是以臣子的身份行礼，然后杀马盟誓，说是要复兴汉朝、辅佐刘氏宗亲，还发了文书到各个郡国，又把王莽的罪行都列了出来。随后，隗嚣就带着十万人马，杀了雍州牧陈庆、安定大尹王向，又派手下将领去攻打陇西、武都、金城、武威、张掖、酒泉、敦煌，这些地方都被打下来了。
想当初，茂陵的公孙述是清水县县长，还是挺有能力的，后来升官做了导江卒正，负责治理临邛。汉军起义后，南阳的宗成和商人王岑也起兵响应，攻打汉中，杀了王莽任命的庸部牧宋遵，聚集了好几万人。这时，公孙述就派人去迎接宗成他们，可宗成这些人到了成都之后，就开始烧杀抢掠、胡作非为。看到这种情况，公孙述就把城里有头有脸的人召集起来说：“大家都被王莽的新朝折腾惨了，早就盼着汉朝复兴了，所以一听说汉军将领来了，都急着去迎接。可现在他们却残害无辜百姓，连妇女儿童都不放过，这哪是义军，分明就是土匪！”于是，公孙述就派人假扮成汉朝使者，给自己封了个辅汉将军、蜀郡太守兼益州牧的官职，然后他就挑选精兵去攻打宗成等人，结果把他们都杀了，还收编了他们的队伍。
就在公孙述收编了宗成等人的部队后，以前的钟武侯刘望又在汝南起兵了，而严尤和陈茂就跑去投靠他。到了八月，刘望就称帝了，他任命严尤做大司马，陈茂做丞相。
这时的王莽就派太师王匡、国将哀章驻守洛阳。而更始帝就派定国上公王匡去攻打洛阳，西屏大将军申屠建、丞相司直李松去攻打武关，这一下就把长安周边的人给整慌了。就在这时，析县的邓晔、于匡在南乡起兵响应汉军的号召，他们先攻打武关都尉朱萌，结果朱萌投降了；接着又杀了右队大夫宋纲，然后向西打下了湖县。看到这种乱局的王莽急得不行，也不知道该怎么办才好。这时崔发说：“以前国家遇到大灾难，就靠痛哭来压制，现在咱们也应该祈求上天来帮忙。”于是王莽就带着大臣们跑到南郊，把自己当初称帝时说的那些“符命”从头到尾又说了一遍，然后仰着头大哭，最后哭得没力气了，就趴在地上磕头。他还让学生和老百姓早晚都来哭，哭完就给粥喝，如果有哭得特别伤心的，就封他们做郎官，这一下子就封了五千多人。
除此之外，王莽又任命了九个将军，他们的名号里都带有“虎”字，随后就让他们带着几万北军精锐向东出发去平叛，他还把这些将军的老婆孩子扣在宫里当人质。当时的皇宫里还有六十多万斤黄金，其他财物也不少，但王莽却特别小气，只给了每个“九虎士”四千钱，因此大家心里都特别不满，根本不想打仗。等九虎将军到了华阴回谿后，就靠着险要的地势进行防守。看到王莽又派了军队过来，于匡、邓晔就去攻打他们，结果六个将军战败逃走；两个将军跑回朝廷请罪，王莽就派人问他们战死的人在哪儿，然后这两人就自杀了；剩下的四个将军直接就逃跑了。还有三个将军收拢残兵，守着渭口的京师仓。打了胜仗之后，邓晔就打开了武关城门，然后迎接汉军入关。李松则带着三千多人到了湖县，然后和邓晔一起攻打京师仓，但是没打下来。随即邓晔就任命弘农掾王宪为校尉，让他带几百人向北渡过渭水，进入左冯翊地界。李松则派偏将军韩臣等人一直往西打到新丰，又打败了王莽任命的波水将军，一直追到长门宫。而王宪却是往北一直打到频阳，所到之处的人都主动投降。此外，各个县的大户人家也纷纷起兵，自称是汉朝的将军，他们都带着队伍跟着王宪。等到李松、邓晔的军队到了华阴后，长安附近的各路军队已经把长安城围了起来，这时大家听说天水隗嚣的军队快要到了，就抢着要先打进城，想抢头功、抢财宝。
此时的王莽已经无计可施了，就赦免了城里的囚犯，不仅给他们发兵器，还杀了猪，让大家喝猪血发誓说：“谁要是不为新朝卖命，神灵都不会放过他！”然后就派更始将军史谌带着这些囚犯去作战。结果这些人刚渡过渭桥就全跑了，史谌只能空手而回。愤怒的起义军还挖开了王莽老婆、孩子、父亲、祖父的坟墓，烧了他们的棺材，又把王莽建的九庙、明堂、辟雍也给烧了，大火把整个长安城都照亮了。
九月初一，汉军就从宣平门打进了长安。张邯碰上汉军，当场就被杀死了；王邑、王林、王巡、带足恽这些人，各自带着兵在皇宫北阙下进行抵抗。这些人从天亮打到天黑，当官的和住在贵族府邸里的人全都逃得没影了。
到了第二天，长安城里有几个年轻人，像朱弟、张鱼他们，害怕被起义军抢东西，就带头起哄，一把火烧了作室门，又用斧头劈开敬法闼，他们边烧边喊：“反贼王莽，还不赶紧出来投降！”大火很快就烧到了掖庭和承明殿，这里是汉平帝的皇后住的地方。汉平帝的皇后觉得没脸再见汉朝的人，于是就跳进火里自杀了。
这时候的王莽躲在宣室前殿避火，可火势追着他跑。他穿着深青色的衣服，手里还攥着虞帝匕首，旁边的天文郎不停地摆弄着占卜器具。王莽就跟着北斗星斗柄的方向挪动自己的座位，嘴里还念叨：“以前老天爷把天命都给了我，现在汉军能把我咋滴！”
初三这天，天刚亮，大臣们就搀扶着王莽从前殿跑到了渐台，想着靠周围的池水挡一挡追兵。当时跟着他的公卿官员还有一千多人。王邑由于日夜拼命打仗，早就累得不行了，手下的士兵几乎死光了。随后，他就骑马逃进皇宫，辗转跑到渐台，就看见儿子侍中王睦正脱了官服准备逃命，王邑把他臭骂了一顿，就命令他回来，父子俩就一起守着王莽。
此时的汉军冲进宫殿，听说王莽在渐台，马上就把渐台围了个里三层外三层。这时渐台上的人就跟汉军对射，等箭射完了，就拿着短兵器肉搏。王邑父子、带足恽、王巡都在混战中被杀，王莽没办法，就只能躲进内室。到了下午，汉军就冲上了渐台，苗欣、唐尊、王盛这些人全都战死了。这时有个叫杜吴的商人趁机杀了王莽，校尉东海人公宾就割下了王莽的脑袋。其他士兵一拥而上，抢着分割王莽的尸体，他们为了抢肉，几十个人打成一团。而公宾就拿着王莽的脑袋去见王宪了。
这个王宪自称是汉朝大将军，长安城里的几十万军队都归他管。他住进了东宫，霸占了王莽的后宫嫔妃，还享用着王莽的车马服饰。初六这天，李松、邓晔也进了长安，将军赵萌、申屠建也到了。这时大家发现王宪把玉玺私自藏了起来，还霸占了那么多宫女，又用着天子才能用的鼓旗仪仗，马上就把他抓起来杀了。这时，王莽的脑袋被送到宛城，挂在集市上示众。老百姓见了，都争着去打他的脑袋，还有人把他的舌头割下来吃掉泄愤。
班固说：王莽一开始靠外戚的身份发家，故意装得谦卑低调，努力做事博取名声。等他当上了辅政大臣，表面上为国家操劳、做事正直，这不就是那种“表面仁义，实际虚伪”的人嘛！王莽这人既不善良，又满肚子坏水，再加上他借着四位父辈积累的权势，又赶上汉朝衰落、皇位继承几次中断，太后又长寿，能给他撑腰，这才让他有机会把奸计耍到底，最后篡夺皇位。这么看来，他篡位好像也是天意，不完全是人力能决定的。可等他真正坐上皇位后，统治比夏桀、商纣那会儿还危险，他却还自我感觉良好，觉得自己是黄帝、虞舜转世。从此行事就更加肆意妄为，经常靠着阴谋诡计耍威风，把华夏大地祸害了个遍，连边疆的少数民族地区都遭了殃，可他还不满足。这下可好，天下人都活不下去了，就开始造反。最后他丢了城池、落得个尸首分离的下场，还害得天下好多城市变成了废墟，百姓也跟着遭殃。翻遍史书去找那些乱臣贼子，论起祸国殃民的程度，还没人能比得上王莽。以前秦朝烧《诗》《书》来巩固自己的统治，王莽就拿《六艺》给自己的奸计找借口，虽然手段不一样，但最后都走到了亡国的那一步，他们都是被圣王淘汰的人罢了。
长安被攻下之后，紧接着，定国上公王匡就攻下了洛阳，还活捉了王莽的太师王匡和哀章，随后将他们全部斩首。到了冬季十月，奋威大将军刘信在汝南击杀了刘望，并诛杀了严尤和陈茂。至此，整个郡县都投降了。
那会儿更始帝打算把都城定在洛阳，就封刘秀做司隶校尉，让他先去洛阳把皇宫和官府收拾好。刘秀接到命令后，马上就召集了一帮下属，开始起草文书、巡查办事，一切都按照汉朝原来的规矩来。
当时，长安附近的官员和读书人听说更始帝要来，都跑到东边前去迎接。结果他们看到更始帝手下的那些将领，一个个的裹着头巾，穿着女装，滑稽得不行，就忍不住笑话起来。可等看到刘秀带领的司隶校尉下属们时，大家一下子就乐坏了，有些上了年纪的官吏甚至激动得直掉眼泪，说：“真没想到，这辈子还能再见到汉朝官员该有的威严模样！”就因为这事儿，不少有见识的人都开始暗暗支持刘秀。
后来更始帝北上到洛阳定都，还派了使者到各个郡国传达消息，说：“谁先投降，就恢复谁原来的爵位！”这时有个使者到了上谷郡，上谷太守耿况赶紧出来迎接，还把太守印绶给交了上去。这个使者收下印绶后，过了一晚上也没还的意思。这时，太守手下的功曹寇恂就带着兵去见使者，要求把印绶还回来，可是使者不干呐，嘴里还嚷嚷着：“我可是皇上派来的，你一个小小的功曹，还想威胁我不成？”寇恂说：“我哪敢威胁您啊，只是觉得您这做法太欠考虑了。现在天下刚有点太平的样子，如今您拿着皇上的符节出来办事，各地的百姓都眼巴巴的等着呢。结果您刚到上谷就失信于人，以后还怎么让别的地方听您的？”这个使者被说得哑口无言。看到使者的窘境，寇恂干脆让手下人假传使者的命令，把耿况叫来。等耿况一到，寇恂就立即上前拿过印绶交给他。使者没办法，只能以更始帝的名义下了道诏书，耿况这才拿着印绶回去了。
还有宛城的彭宠和吴汉，两人跑到渔阳避难。他们的老乡韩鸿正好是更始帝派去北方巡查的使者，就以皇帝的名义封彭宠做偏将军，代理渔阳太守，又让吴汉当了安乐县令。此外，更始帝还派人去招降赤眉军。赤眉军首领樊崇等人听说汉朝又复兴了，就把部队留在原地，自己带着二十多个将领跟着使者到了洛阳。等到了洛阳后，更始帝就把他们都封了侯，但是没给他们封地。没过多久，留在原地的赤眉军士兵就开始有人逃跑，樊崇他们没办法，只好又回到自己的营地。
就在樊崇回到赤眉军营地的时候，王莽任命的庐江连率李宪，趁着天下大乱就占领了庐江郡，还称自己是淮南王。这时候，以前梁王刘立的儿子刘永就跑到洛阳去投靠更始帝，更始帝就把他封为了梁王，把都城定在睢阳。
这时的更始帝想派个信得过的大将去河北巡查，大司徒刘赐说：“如今的刘氏子弟里，只有刘秀能担此重任。”但是朱鲔等人却不同意他的提议，更始帝一时间也拿不定主意，刘赐就一直劝他。最后，更始帝就让刘秀代理大司马的职务，拿着符节渡过黄河，去安抚河北的各个州郡。同时，更始帝还任命刘赐为丞相，让他先去长安把宗庙和宫殿修整好。
刘秀到了河北后，就开始考察各个郡县的官员，对那些没本事的，直接罢免，对有才能的，就提拔；又释放了那些无辜的囚犯，废除了王莽定下的严苛法令，还恢复了汉朝原来的官职名称。刘秀这一顿操作让当地的官员和百姓都特别高兴，争着拿牛肉美酒来慰劳刘秀，可刘秀一样都没接受。
有一次，南阳的邓禹拄着拐杖一路追赶刘秀，一直追到邺城才追上。刘秀开玩笑说：“我现在有权给人封官，你大老远追来，是想当官吗？”邓禹说：“不想。”刘秀又问：“那你想干啥？”邓禹说：“我就盼着您能威震天下，我能跟着您出点力，把名字留在史书上！”刘秀听了哈哈大笑，就留邓禹住下，两人聊了一整晚。邓禹趁机就劝刘秀：“现在崤山以东还没平定，赤眉、青犊这些起义军动不动就几万人。更始帝这人没什么本事，遇事没主见，他手下的将领都是些普通人，就想着抢钱，只知道用武力镇压反对者。他们只图眼前享乐，没有一个是忠良有智谋的，也没人想着辅佐皇帝、安抚百姓。从古至今，圣人能够成就大业，靠的就是顺应天时和得人心。现在您看更始帝，刚即位就天灾不断，这是天时不利；他又没能力安抚百姓，天下早晚得乱，这是人心不归。您现在虽然只是辅佐更始帝，但以后恐怕难有大成就。不过您向来德行高、功劳大，而且大家都佩服您，您治军又严格，处理事情也是赏罚分明。依我看来，您不如招揽天下英雄，以此来收服民心，就像汉高祖那样成就一番大业，拯救天下百姓于水火之中。凭您的本事，平定天下不是难事！”
刘秀听了邓禹的话特别开心，就让邓禹留在身边，帮自己出谋划策。每次要任命将领时，刘秀都会问问邓禹的意见，而邓禹推荐的人也都很能干。而刘秀自从哥哥刘演被杀后，只要是他一个人待着的时候，就不吃肉也不喝酒，枕头和席子上常常有泪痕。主簿冯异发现这个情况后，就找了个机会劝他，刘秀却赶紧拦住说：“这话可别乱说！”冯异接着说：“更始帝治理国家一团糟，老百姓都没个依靠。人饿久了，给点吃的就满足。现在您负责河北这片地方，应该派人去各个郡县宣传您的好政策。”刘秀觉得他说的有道理，就按他的意思去办了。骑都尉耿纯在邯郸拜见刘秀后，就发现刘秀的下属和军队纪律跟其他将领完全不一样，于是就主动去和刘秀结交。
当时，刘林劝刘秀挖开列人县的河道，放水去淹赤眉军，但是刘秀没听他的。刘林讨了个没趣，就跑到真定去了。刘林以前在赵、魏一带是出了名的喜欢结交江湖好汉、行侠仗义。在王莽当政的时候，长安有个人自称是汉成帝的儿子刘子舆，结果被王莽给杀了。就在这时，有个在邯郸靠占卜为生的人叫王郎，他瞅准机会，大言不惭地对外宣称自己才是如假包换的刘子舆。王郎还编造故事说：“我亲妈以前是汉成帝宫里唱歌的，有一回她看见黄气从天上落下来，然后就怀上了我。那时赵飞燕皇后想害我，我亲妈就偷偷抱来别人家的孩子顶替，我这才保住了性命。”可笑的是，刘林这些人居然信了王郎的鬼话，还拉上赵国的大土豪李育、张参等人，凑一块儿商量着拥立王郎。这时正好遇到民间都在传赤眉军要渡过黄河往北来，刘林他们就到处散布消息，说“赤眉军该拥立刘子舆当皇帝”，想看看老百姓是啥反应，没想到好多人还真信了。到了十二月，刘林就带着手下的几百号人，赶着车马就冲进了邯郸城，直奔王宫而去，当场就把王郎捧上了天子的位子。王郎当上“皇帝”后，马上就派手下将领去攻打幽州、冀州，还发了文书到各个州郡。这么一来，赵国以北、辽东以西的地方，很多人看势头不对，都纷纷表示响应，归附了王郎。
公元24年的春季正月，大司马刘秀因为王郎势力强盛，便决定北上巡行蓟城。
随后，申屠建就和李松从长安赶来，准备迎接更始帝迁都。到了二月，更始帝就从洛阳出发。想当初，长安周边那些有势力的人打着更始帝的旗号杀了王莽后，每个人就盼着能被封侯。可在申屠建杀了私藏玉玺、行为僭越的王宪后，就放话出来，说“长安的这些年轻人太狡猾，居然把自己的主子都杀了”。他的这话一出，可把当地的官员和老百姓都吓坏了。于是，各个县城就开始聚集兵力，以此来守卫自己的地盘，申屠建他们怎么打都打不下来。
等到更始帝到了长安后，就下了一道大赦令说：除了王莽的子孙，其他人都能免罪，这才把长安周边的局势平定下来。那时候，长安只有未央宫被烧毁了，其他的宫殿、陈设、仓库还有官府都完好无损，集市也跟原来一样热闹。随即，更始帝就住进了长乐宫，待他登上前殿后，就让手下的郎吏们依次站在庭院里。结果更始帝特别怂，只是低着头，拿指甲划着坐席，都不敢抬头看一眼这些人。后来又有将领进来拜见，更始帝张口就问：“你这次抢了多少东西？”他身边那些从宫里留下来的老官吏，听了这话后，都惊得目瞪口呆，也不知道该说点什么。