情理同源树在新宇宙中心扎根，枝叶舒展间覆盖三界。树干流淌着情感的金色脉络与理性的银色纹路，叶片一面铭刻情诗，一面镌刻定理。树冠顶端结出九枚果实，每枚果实都蕴含着情感与理性完美融合的法则。
阿木与云瑶守在树下，发现树木生长需要汲取众生明悟。每当有生灵领悟情与理的真谛，树上便多一道年轮。但树木生长也引来觊觎者，最先出现的是绝情宗修士，他们主张斩情证道，要伐树以绝后患。
绝情宗主率领三千弟子布下斩情大阵，阵中飞出无情剑雨。剑雨触及树干，却化作滋养的甘露。原来同源树能转化一切极端力量，绝情修士越是无情，树木反而越发生机勃勃。绝情宗主在树下坐化，化作了树根处的守护灵石。
接着而来的是唯理教信徒，他们推崇绝对理性，认为情感是进化残渣。唯理教主用逻辑锁链缠绕树枝，要提取纯粹的理性果实。但锁链越收越紧，树枝上反而开出情花。唯理教主在花香中忆起初恋，道心破碎而亡。
树冠上的果实日渐成熟，散发出的香气让整个宇宙的生灵都在情与理之间找到平衡。但这时，树心出现空洞，树干开始枯萎。理魂监测到有未知存在正在窃取树木本源，盗窃手法高超，连众天尊都未能察觉。
阿木以神识探查树心，发现空洞中藏着微小的虫洞。虫洞另一端连接着另一个濒死的宇宙，那个宇宙的幸存者正在吸取同源树的生机延续自身。这些幸存者没有恶意，只是为生存不得已而为之。
云瑶提出共生方案，将两个宇宙的法则通过同源树连接。濒死宇宙注入独特的寂灭之理，新宇宙输出创生之情，两个宇宙在树中达成循环。同源树因此进化出黑白双色树叶，一面生一面死，形成完美平衡。
但平衡引来了更可怕的存在，均衡仲裁者。这位古老存在以维护多元宇宙平衡为使命，认为同源树让两个宇宙的共生破坏了更大范围的均衡。仲裁者挥动天平杖，要斩断连接两个宇宙的树根。
阿木与云瑶联手抵挡，却发现仲裁者的力量源自宇宙基本法则，难以正面抗衡。关键时刻，同源树自动脱落一枚果实，果实中走出一位幼童。幼童手持情理所化的拨浪鼓，摇动时仲裁者的天平开始倾斜。
幼童自称是情理本源化身，指出真正的平衡不是割裂，而是包容。仲裁者若斩断树根，反而会造成更大失衡。仲裁者沉思后收起天平，却警告说当第九枚果实成熟时，会有终极审判者降临。
此时，树上的第八枚果实开始散发异香，香气所到之处，连归墟之主都露出微笑。但阿木注意到，第九枚果实始终青涩，仿佛在等待某个契机。而树影投落的阴影里，隐约有双眼睛正在记录这一切。
同源树的共生体系稳定后，两个宇宙开始互相影响。新宇宙的生灵领悟到寂灭中蕴含的宁静，濒死宇宙的幸存者重获生机与希望。这种交流催生了全新的文明形态，情感与理性在生死轮回中达到更高层次的和谐。
然而好景不长，同源树的繁荣引来了更多不速之客。时空海盗驾驶着能穿越维度的盗船，试图窃取树上的法则果实。他们的首领是位叛逃的星官，掌握着干扰因果的邪术。盗船围绕同源树盘旋，撒下能腐蚀本源的时空尘埃。