1.厦门-长崎线：最主要的丝银贸易通道，利润最厚。
2.厦门-马尼拉线：中国货物与美洲白银交换的重要渠道。
3.厦门-东南亚线：通往暹罗、柬埔寨、爪哇等地的香料、苏木、象牙等物资贸易线。
4.国内沿海航线：连接中国南北各港口的国内贸易网络。
所有这些航线的安全，都由郑家水师负责（当然，海盗大多已被郑芝龙剿灭或收编）。而通行费（饷银）则成为郑芝龙政权最主要的经济来源，其数额之巨，“岁入以千万计”，足以支撑起他庞大的舰队和军队，甚至能反哺地方财政，贿赂朝廷官员。
对于郑芝龙如此“僭越”的行为，明朝地方乃至中央官府心知肚明，但大多选择了默许甚至合作。原因很简单：
1.无力干预：朝廷财政枯竭，军备废弛，根本无力组建一支能与郑氏抗衡的水师。
2.现实利益：郑芝龙确实“靖清”了海疆，沿海倭患、海盗几乎绝迹，地方官获得了难得的安宁政绩。而且，郑芝龙不时向官府“进饷”、“助剿”，甚至捐款修桥铺路，使得上下官员均可得利。
3.官方外衣：郑芝龙的一切行为都顶着“五虎游击将军”的官帽，打着“筹措军饷、保境安民”的旗号，程序上似乎“合法”。
4.以北事为重：朝廷的精力完全被北方农民军和关外清军所牵制，无暇南顾。
因此，一种奇特的共谋关系形成了：明朝官府默认了郑芝龙的海上统治权，以换取沿海的平静和些许实惠；而郑芝龙则利用官府的默许，为自己庞大的私人海上帝国披上了一件合法的外衣。
新秩序下，尽管“郑氏规矩”看似稳固，但暗流依旧涌动。
·荷兰人的不甘：VOC绝不会心甘情愿长期忍受这种屈辱地位，他们在等待机会，暗中积蓄力量。
·澳门葡人的怨恨：高昂的饷银和受限的自由让澳门的葡萄牙人倍感屈辱，离心倾向加剧。
·其他海商的抱怨：许多中国海商虽然获得了安全，但大部分利润被郑芝龙攫取，内心难免不满。
·朝廷的猜忌：并非所有官员都乐于见到郑芝龙坐大，弹劾他“尾大不掉”、“擅专海利”的奏章从未断绝。
郑芝龙本人也清楚这一点。他在厦门将军府内，一方面享受着权力顶峰的滋味，另一方面也在不断强化军备，完善情报网络，平衡各方关系，以应对未来的挑战。
“一官的规矩”，如同一张无形却坚韧的巨网，笼罩了整个东亚海域。它带来了前所未有的秩序和短暂的和平，但也埋下了新的矛盾种子。所有航行在这片海域上的船只，无论来自何方，都必须看清那面飘扬的郑氏令旗，并遵守其主人定下的游戏规则。
一个新的时代，以一种强人政治的方式，到来了。而这位规则的制定者，正站在厦门的点将台上，审视着这片已然被他征服的蓝色疆土。