失败的苦果迫使VOC进行深刻的战略反思。武力威慑和代理人战争的成本效益比太差了。他们开始更认真地考虑范·迪门之前提出的“与郑芝龙建立新型合作关系”的构想，尽管这意味着要放下身段，接受一个他们曾视为“野蛮海盗”的地方势力的苛刻条件。
彼得·诺伊兹再次被推到了前台。他带着一份修改后的、条件相对“宽松”了许多的谈判草案，重返谈判桌。新的草案中，VOC不再提“联合行动”或“贸易特权”，而是更侧重于纯粹的商业合作：希望以稳定的价格从郑氏手中购买大量生丝和瓷器；愿意支付一笔可观的“贸易许可费”；甚至提出可以“雇佣”郑氏舰队为其特定的商船队提供护航服务。
然而，今时不同往日。取得金门大胜的郑芝龙，底气更足，要价也更高。他对诺伊兹带来的新条件反应冷淡。
“范总督现在想好好做生意了？”郑芝龙接见诺伊兹时，语气带着一丝戏谑，“可以。生丝有的是，瓷器也多的是。但价钱，得按现在的市价来——是我定的市价。许可费？可以谈，但要看你们的诚意有多大。护航？我的舰队很忙，价钱低了可不行。”
他甚至反过来提出了要求：“听说你们荷兰人的望远镜做得不错，海图画得也精细。还有，你们最新式的加农炮，据说射程很远？不妨拿些样品来瞧瞧。咱们既然是‘合作’，总得有点诚意，互通有无嘛。”
谈判再次陷入僵局，但性质已悄然改变。从前是VOC试图威逼利诱郑芝龙就范，现在则更像是两个相对平等的势力在讨价还价，而郑芝龙显然握着更多的筹码。VOC不得不开始认真考虑，是否要拿出一些真正的技术干货，来换取贸易上的实质进展。
第三子：郑芝龙的纵横捭阖
处于风暴眼的郑芝龙，则从容地驾驭着这股由他亲手掀起的巨浪。他并没有因为胜利而盲目自大，四处树敌。相反，他展现出了一种老练的政治家手腕。
对澳门，他极限施压，迫使其臣服，最大限度地榨取经济利益和技术养分，但却没有将其逼至绝境，保留了澳门作为西洋贸易窗口的功能，因为这对他同样有利。
对荷兰人，他一方面展示肌肉，抬高要价，另一方面也留着谈判的余地，因为他深知荷兰人控制着南洋航线，是重要的贸易伙伴和先进技术的来源之一。他的目的是驯服和利用，而非彻底消灭。
他甚至将目光投向了更远的地方。他通过往来商船，密切关注着马尼拉的西班牙人和刚刚在虎门碰了一鼻子灰的英国人的动向。他派出使者，尝试与英国东印度公司建立初步联系，释放出“可以做生意”的信号，巧妙地在大国之间制造竞争，为自己争取更有利的地位。
同时，他丝毫没有放松对内的发展。利用从澳门和与荷兰贸易中获得财富，他大力扩充舰队，仿制和改进西式火炮，招募和训练水手。他鼓励农业生产，稳定后方基地。他还进一步深化与明朝官府的关系，通过捐输军饷、协助剿匪（清理小股海盗）等方式，巩固自己“官方身份”的合法性，换取朝廷对其海上活动的默许甚至支持。
郑芝龙深知，他所拥有的一切，根基在于强大的武力。只有保持军事上的绝对优势，才能保证他在三方（乃至多方）博弈中始终处于主导地位，才能让各方势力无论是想合作还是想对抗，都必须首先看他的脸色。
这场以郑芝龙为核心的三方博弈，其影响远远超出了当事各方的范围。
在明朝中央，关于郑芝龙的争论从未停止。一部分官员视其为心腹大患，认为其“尾大不掉”，拥兵自重，垄断海利，迟早成为朝廷大患。另一部分则视其为“海上长城”，认为唯有借助其实力，才能靖海氛，御外侮，甚至还能补充朝廷财政。崇祯皇帝本人则对此犹豫不决，朝廷对海洋事务的漠视和无能，使得他们只能被动地接受郑芝龙坐大的现实。
在广东民间，海禁政策在郑芝龙实际控制的区域形同虚设，沿海贸易呈现出一种畸形的繁荣。百姓们既受益于贸易带来的工作机会和商品流通，也承受着郑氏集团“报水”带来的成本转嫁和潜在的战乱风险。
而在遥远的欧洲，关于远东出现一个强大本地海上力量的报告，也开始陆续摆在各国东印度公司董事和国王的案头，引发了不同程度的关注、好奇和忧虑。世界的格局，正在因为东方一场局部海战的结果而发生着微妙而深远的变化。
金门海战后的南海，进入了一个相对稳定但又高度紧张的微妙时期。旧的平衡已被打破，新的秩序正在由郑芝龙以武力为笔、以利益为墨，强势地勾勒之中。澳门、荷兰、以及其他所有想要在这片财富之海分一杯羹的势力，都不得不在这盘由闽海枭雄主导的复杂棋局中，小心翼翼地计算着每一步，挣扎求存，等待时机。博弈，远未结束，只是进入了更深层次、更考验智慧和耐心的新阶段。