开幕典礼顺利进行，精彩的灯光秀引得众人赞叹。然而，当众人准备离开宴会厅时，一声惊恐的尖叫从走廊传来——市议员大木岩松，被发现死在了自己的客房内，胸口插着一把匕首，而他的身边，散落着一些破碎的、类似小酒杯的陶瓷碎片。
死亡阴影，如同预料般笼罩了这座刚刚启用的双子塔。警方迅速介入，封锁现场。目暮警部看着现场的碎片，眉头紧锁：“又是这种碎片……”
柯南蹲在尸体旁，小脸凝重，仔细观察着碎片和周围环境。
周长安和诸葛故里站在人群外围，没有靠近现场，但他们的感知已经如同无形的网般撒开。周长安能感觉到现场残留着一股强烈的怨恨之气，与之前她在如月峰水身上感受到的如出一辙。但同时，还有另一股更隐蔽、更冰冷的气息，如同毒蛇般潜伏在暗处，那是……组织的气息。
“看来，不止一拨人在这里活动。”诸葛故里低声道。
“嗯，”周长安目光扫过神色各异的众人，“一场谋杀，或许还引来了更麻烦的‘客人’。通知安室先生了吗？”
“已经发了加密信息。他应该也在附近。”
案件调查陷入僵局，警方开始对相关人员进行了询问。而柯南，则凭借着敏锐的观察力和推理能力，逐渐将线索指向了如月峰水。然而，还没等警方采取行动，第二起命案发生了——工程师原佳明，被发现死在了b栋的电脑机房内，死因同样是利刃刺穿心脏，身边同样散落着破碎的小酒杯碎片。
连续两起命案，让双子塔内的气氛变得无比压抑和恐慌。常盘美绪作为负责人，承受着巨大的压力，脸色苍白。
周长安找到独自一人的灰原哀，低声问道：“小哀，你感觉怎么样？组织的味道……”
灰原哀点点头，声音有些发紧：“很浓……他们肯定在这里。原佳明……他曾经是组织的外围技术人员，后来似乎脱离了。他们可能是来清理门户的。”
“看来，如月峰水的复仇，和组织清理叛徒的行动，阴差阳错地撞在了一起。”周长安沉吟道，“我们必须小心，既要协助警方找出真凶，避免更多无辜伤亡，更要警惕组织的动向，保护好自己和小哀你。”
就在这时，常盘美绪邀请毛利小五郎等人前往A栋顶楼的宴会厅，似乎想商讨什么事情。周长安和诸葛故里也被一同邀请。
然而，当他们乘坐高速电梯抵达顶楼，推开宴会厅大门时，看到的却是常盘美绪被吊在水晶灯下，已然气绝身亡的景象！她的脖颈上，缠绕着钢琴线，而她的脚下，同样散落着那些该死的、破碎的小酒杯碎片！
第三位受害者！而且是在众目睽睽之下，以如此具有仪式感的方式被杀！
现场一片混乱，恐慌达到了顶点。
柯南死死盯着现场，大脑飞速运转。小酒杯碎片、遇害者之间的联系、如月峰水的动机……线索在他脑中逐渐串联。
而周长安和诸葛故里，则同时将目光投向了窗外——对面b栋的楼顶，在夕阳的余晖中，似乎有镜片的反光一闪而过。
琴酒！他就在那里！
组织的杀意，如同冰冷的蛇，已然缠上了这座通往“天国”的双子塔。倒计时，似乎已经开始。