张煌言立即着手肃清湖域。他将庞大的舰队化整为零，以威力强大的“武昌级”战舰为核心，配属若干机动灵活的型炮艇和运载陆战队的运兵船，组成数个具备独立作战能力的特混编队，分片包干，对湖域进行拉网式清理。
君山岛，作为洞庭湖中最大的岛屿，山势险峻，林木葱郁，易守难攻，盘踞着一股实力颇为强劲的水匪，其头领凶悍，号称“翻江龙”，已被清廷招安，赐予官职。张煌言亲率“定远号”及两支精锐编队前来清剿。
“翻江龙”自恃熟悉湖中每一处暗流浅滩，船灵活，企图利用纵横交错的芦苇荡和复杂水道与庞大的华夏舰队周旋，打一场游击战。
然而，他严重低估了惊涛营肃清湖区的决心和所拥有的压倒性火力。
张煌言洞悉其意图，并不派兵贸然进入危机四伏的芦苇荡深处。
他果断命令随行的炮艇在外围水域一字排开，用猛烈的炮火对芦苇荡进行覆盖性轰击，炮弹呼啸着炸开，将大片大片的芦苇拦腰炸断，清除可能的藏身伏击点。
同时，派出装备精良线膛枪的陆战队精锐，乘坐坚固的艇，在炮火的有力掩护下，强行抢滩登陆，迅速抢占滩头有利地形，建立稳固的前进阵地，向岛内步步为营推进。
“定远号”则利用其高大的船体和射程惊人的重炮，对岛上匪巢的核心区域进行持续而精确的打击，将匪徒的巢穴和工事一一摧毁。
匪徒的弓箭和后的土炮在专业海军强大炮火面前，如同螳臂当车，毫无还手之力。一场激烈而短促的战斗后，“翻江龙”在顽抗中被击毙，余众或死或降，君山岛宣告光复。
在清理湖西沅江入口时，一股清军残部凭借两岸高地上的坚固炮台和横亘江面的粗大铁索，负隅顽抗，企图封锁航道。
负责此区域的编队指挥是一名从武昌军校毕业的年轻军官，名叫陈永泽。
他观察战场后发现，清军炮台因射角限制，存在火力盲区，且那看似不可逾越的铁索，其与岸边固定的连接点并非坚不可摧。
他精心挑选了数十名水性极佳、胆大心细的士兵，携带炸药包，趁夜色掩护潜泳过去，成功将炸药安置在一处关键连接点并引爆。
随着一声巨响，一段沉重的铁索轰然坠入江中。
随后，他派出几艘吃水最浅、速度最快的快船，冒着岸上残余炮火的威胁，从炸开的缺口处如离弦之箭般冲入沅江。
这些快船目标明确，并不与两岸炮台过多纠缠，而是直扑清军后方的型码头和囤积粮草的仓库，制造混乱。清军腹背受敌，又见赖以凭恃的铁索已破，后路堪忧，军心登时大乱。
陈永泽抓住这稍纵即逝的战机，果断指挥主力舰队发起全面总攻。惊涛营战舰集中火力摧毁炮台，陆战队迅速登陆肃清残敌，沅江航道宣告打通。
在惊涛营水师强大的武力震慑和灵活多变的战术打击下，洞庭湖内外的抵抗力量被迅速肃清。
浩渺的湖面重现安宁，航道畅通无阻，成为了华夏护国军运输兵员和物资的黄金水道，其效率远胜陆路。
就在张煌言横扫洞庭的同时，李定国率领的龙虎营在陆地上也高歌猛进，势如破竹。
攻克军事重镇岳州后，李定国审时度势，兵分两路：
一路由麾下骁勇善战的大将马宝率领，沿湘江南下，直捣湖南腹心之地长沙；
一路则由他亲自指挥，挥师向西，扫荡洞庭湖以南的常德、益阳等战略要地。
水陆两军的紧密配合，此刻显现出巨大的威力，相辅相成。
当马宝部兵临长沙城下，展开猛烈围攻时，守城的清军将领还寄希望于来自洞庭湖方向的水路援军和粮草补给。
然而，他们翘首以盼等来的，却是张煌言的惊涛营舰队突然出现在湘江口，以强大舰炮彻底封锁了江面，切断了长沙与北面的一切联系。
更令守军绝望的是，舰队上的重炮开始轰击长沙北门城楼和城墙，炮弹呼啸着入城中，极大地支援了陆军的攻城行动。
而当李定国亲率主力进攻常德坚城时，张煌言派出的庞大运输船队，
满载着攻城急需的火炮、弹药和粮秣给养，溯沅江而上，直接运抵常德城下的码头，使得龙虎营的攻势得以持续不断，大大加快了攻城的进度。
龙虎营的士兵们甚至能吃到从武昌经水路快速运抵的新鲜鱼虾，后勤保障的充足让前线将士士气愈发高昂。
在水师强大而有力的支援下，龙虎营陆师如虎添翼，势如破竹：
长沙守军在内外交困、孤立无援的绝境下，坚守半月，最终粮尽援绝，无奈开城投降。
常德、益阳等湘北重镇相继被克复，守军土崩瓦解。
湘南各地的清军守备部队及原明朝降军，见大势已去，或望风归附，或稍作抵抗便一触即溃。
至当年秋末，湖南全境基本平定（除西部少数偏远苗疆土司地区，因其特殊情势，尚需时间以政治手段进行招抚安抚）。
李定国与张煌言在收复后的长沙城下胜利会师。
站在奔流不息的湘江岸边，李定国看着江面上桅杆如林、旌旗蔽日、军容鼎盛的惊涛营舰队，再看看身后甲胄鲜明、刀枪闪亮、纪律严明的龙虎营将士，不禁感慨万千。
他郑重地向张煌言拱手道：“苍水先生，若无贵水师鼎力相助，切断粮道，封锁江河，输送军资，炮击坚城，我龙虎营平定三湘，断无如此顺利迅速！水师之功，当居首功！”
张煌言亦肃然回礼，谦逊而坚定地微笑道：“晋王过誉了！您运筹帷幄，陆师将士奋勇当先，方是克定全湘之根本。煌言不过尽了水师本分，协同作战而已。
如今三湘已定，后方稳固，粮道畅通，我军根基已牢。接下来，该是剑指江东，饮马长江，光复旧都之时了！”
洞庭波撼，三湘底定。
这场漂亮的水陆协同作战，不仅彻底解除了华夏护国军南翼的巨大威胁，获得了丰腴的湖南作为坚实的战略基地和粮仓，
更极大地锻炼和磨合了水陆两军的协同作战能力，积累了宝贵的联合作战经验。
这为后续更大规模的东征金陵和挥师北伐，奠定了极其坚实的基础。湖南的平定，标志着华夏护国军已经从战略防御，全面转入了气势磅礴的战略反攻新阶段！