赶走了无耻倒戈的“三司”党羽蔡京，对“三司系”的清洗也开始了。刚刚担任右司谏的苏辙率先动手，上札子同时弹劾左相蔡确、右相韩缜。苏轼、刘挚、朱光庭等人尾随其后群起猛攻，矛头直指宰相蔡确。到二月间，蔡确终于倒台，宰相之位归了司马光。
蔡确一倒，“三司系”成了被打断脊梁骨的狗，再没有咬人的本事，于是众人又把锋芒指向了枢密使章惇。
此时的章惇已经知道自己的结局，反而比以前更加暴躁放肆，在朝堂上一言不合就对同僚破口大骂，似乎想在离职以前出出胸中闷气。没几天就被罢了枢密一职贬为汝州知府。
两个月后，右相韩缜被罢，“嘉祐四友”之一的吕公著接了宰相之位。
至此，曾经执宰相权柄、握御史大棒，横行朝堂十多年的“三司系”土崩瓦解。
随着宰相、枢密使先后被罢，剩下的“三司系”人物已经没有还手之力。苏轼等人立刻集中火力猛攻中书侍郎张璪。
张璪是个出了名的小人，阴险狠毒，最会巴结奉迎，这些年他巴结王安石，奉承吕惠卿，跟过章惇，随过蔡确，拍过王珪，无论是谁当政，此人都能讨好，一路扶摇直上，竟当了大宋王朝的副宰相。到司马光回到中枢，张璪又试着巴结新任宰相司马光、吕公著，可惜这一次朝堂上实在没有空子给他钻了。
这时的苏学士已经从礼部郎中升任中书舍人，成了中书省内举足轻重的人物，从皇帝和宰相处发下的诏命都由苏轼执笔，遇到不合理的诏命，甚至有权驳回，不予撰写。
俗话说“三十年河东，三十年河西”，六年前苏学士因为写了几首诗被一帮奸贼坑害，害他最深的就是张璪。如今苏轼做了中书舍人，张璪却成了“落水狗”，苏学士第一个冲上去，打了个不亦乐乎。担任右司谏的弟弟苏辙刚刚集中力量打倒了宰相韩缜，马上来帮哥哥的忙，兄弟俩一顿乱棍打过去，张璪立刻落马，被贬为郑州知府，五年后死在外头了。
打倒张璪以后，所有人的注意力都转向了“三司系”最著名的酷吏李定。
李定早在元丰年间就做了御史中丞，如今担任礼部侍郎。然而旧臣们回到朝廷之后，一桩早已被人忘记的公案又被提了起来：李定当年为了保住官职，不肯为母亲守丧。
李定为保官职，不为母亲守丧，这事早在熙宁初年就被人发现。当时李定编了个“不知生母是谁”的瞎话儿混了过去。现在这个“不为生母守丧”的旧话又被人提起，认真一查，发现李定说的是瞎话！太皇太后十分生气，立刻以“强颜匿志，冒荣自欺”的罪名把李定贬为通议大夫，“分司”南京。
所谓“分司”表面意思是把朝廷官员分派往地方任职，其实等于让李定挂着“通议大夫”的头衔退休。李定也知道自己完蛋了，就请求到扬州居住，太皇太后准许了。
看到这份诏命苏学士大为不满。身为中书舍人，第一次动用手中的权力“驳回词头”，不肯写诏，立刻来见太皇太后，当面奏道：“李定当年不为生母守丧，已经是极大的罪恶，又在先帝面前撒谎，硬说‘不知生母是何人’，且不说他欺骗先帝的罪行，单是这‘不知生母是谁’的谎言就已邪恶至极、不孝至极！这样一个大奸大恶的不孝之人，朝廷若没发现他的罪过就罢了，如今已经查实，还让他以通议大夫‘分司’南京，这怎么行？臣以为一个欺君罔上、湮灭天伦的罪人居然得到宽容，那些伤风败俗而罪恶不如李定的人，朝廷干脆不要定他们的罪了！”
其实把李定“分司”南京等于一撸到底永不叙用，已经是个比较严厉的惩罚了，可苏轼觉得远远不够，要求重罚。太皇太后考虑的只是把这些奸诈小人逐出朝廷，至于具体如何处罚她并不在意。苏轼刚拜中书舍人，正得重用之时，既然提出这个要求，干脆顺着他吧，就问：“子瞻觉得该如何处置？”
苏轼忙说：“罢官贬谪为好。”
太皇太后略想了想，点头道：“就贬往滁州吧。”说完这话才回头问哲宗：“皇上以为如何？”
太皇太后这一问只是对小皇帝表示尊重，哪知年方十岁的哲宗皇帝淡淡地说了声：“祖母已经决定了，还问朕做什么？”
哲宗皇帝突然间的一句话把太皇太后吓了一跳，连苏轼也惊得浑身一颤。急忙抬头去看皇帝，却见哲宗双目低垂面无表情，似乎什么事也没发生。
收拾了李定之后，旧臣们下一个要打击的人就是吕惠卿。
吕惠卿原是“三司系”的一根顶梁柱，可是熙宁九年和王安石之间的一场恶斗让所有人看清了这个小人的嘴脸，神宗皇帝一脚把吕惠卿踢出朝廷，再也没有招回。
对吕惠卿，稍知底细的人无不厌恶。而垂帘听政的太皇太后正好就是个知道吕惠卿根底的人。所以当右司谏苏辙等人上札子弹劾吕惠卿的时候，太皇太后很快决定把吕惠卿降为光禄卿，“分司”南京。
这时的吕惠卿也知道“三司系”的好日子结束了，自己名声奇臭，连挣扎的余地都没有，只请求离开南京到苏州居住，过几天舒服日子算了。
吕惠卿想到苏州居住，太皇太后也想答应。可大臣们都觉得处罚太轻，苏辙、刘挚、朱光庭、王岩叟等人各自上奏，请求对吕惠卿从重处罚。太皇太后也就改了主意，把吕惠卿贬为建宁军节度使，建州安置，不准签书公事。
把吕惠卿贬往建州的诏命递到中书，正好苏学士当值，见这个奸邪小人终于得到了应有的下场，苏学士心里十分痛快，大笔一挥写成诏命：
“具官吕惠卿，以斗筲之才，挟穿窬之智，谄事宰辅，同升庙堂。乐祸而贪功，好兵而喜杀，以聚敛为仁义，以法律为诗书。首建‘青苗’，次行‘助役’。‘均输’之政，自同商贾；‘手实’之祸，下及鸡豚。苛可蠹国害民，率皆攘臂而称首。先皇帝求贤若不及，从善若转圜，始以帝尧之心，姑试伯鲧；然终孔子之圣，不信宰予。发其宿奸，谪之辅郡；尚疑改过，稍畀重权。复陈罔上之言，继有砀山之贬。反复教戒，恶心不悛；躁轻矫诬，德音犹在。始与知已，共为欺君。喜则摩足以相欢，怒则反目以相噬。连起大狱，发其私书，党与交攻，几半天下，奸赃狼籍，横被江东……”
苏学士拟的诏书简直如同一篇檄文。其文字之精、气势之强堪比陈孔璋之讨曹、骆宾王之讨武，朝臣见了此文个个赞叹不已。
可东坡居士就想不到，这篇讨吕惠卿的“檄文”已经给他的后半生种下了祸根！因为这篇讨吕惠卿的“檄文”理所当然被认为是旧臣们取得胜利之后的耀武扬威，是对整个“三司系”的斥骂与羞辱。写这文章的东坡居士又一次向天下人——尤其是向落马的“三司系”官员们强调了他那个有意思的虚名儿：旧臣首脑智囊。
俗话说得好：出头的椽子先烂。当朝局再一次发生突变的时候，苏轼，已经注定成为被政敌打击的第一人选。