现代线的墨晶星议事厅，墨晶星首领展示了墨家基因传承的记载：“当年脉祖族与墨家合作，将文明基因分为十二分支，每个分支掌握一种核心技术——苍蓝星的意识能量、赤焰星的火焰能量、冰蓝星的冰属性能量、墨晶星的基因技术……集齐十二分支的共生晶，就能激活脉祖主文明的‘终极守护阵’，抵御任何暗意识攻击！”林教授突然调出实验室的数据，发现墨晶星的基因技术能修复萧决体内蛊虫的基因缺陷：“萧决的蛊虫基因与脉祖基因同源，用墨晶星的技术，能让蛊虫从寄生变为共生！”
双时空的守护者们通过璇玑镜召开同盟扩大会议，墨晶星的基因学者展示了“基因共生计划”：“我们可以用基因技术优化同盟各族的防御能力，还能制造基因防护装备，抵御暗意识的基因攻击。”赤焰星首领握紧拳头：“我们四大分支的共生晶已集齐，现在可以组建‘元素基因战队’，前往主文明遗址激活终极守护阵！”星轨族首领操控时空监测仪：“暗意识联盟的残余势力在主文明遗址外围集结，他们也在寻找其他分支文明，我们必须加快速度！”
古代线的银纹部古城，墨家弟子正在紧急改装跨时空能量桥，将四大分支的元素基因能量接入能量桥，形成“元素基因能量通道”。少女姜绾将脉祖冰核、火种、意识共生晶、基因密钥嵌入能量桥的核心，能量桥爆发出金、红、蓝、墨四色交织的光芒：“现代线激活终极守护阵时，古代线能通过能量桥输送能量，强化阵眼效果！”萧决（古代线）则带着墨家弟子调试“基因干扰机关”：“这个能干扰暗意识的基因克隆技术，让他们的克隆军队失去战斗力！”
现代线的同盟舰队整合四大分支的舰船，组成“元素基因舰队”，朝着脉祖主文明遗址出发。舰队行驶途中，绾洄的基因检测仪突然发出警报，屏幕上跳出暗意识联盟的基因图谱：“他们在克隆脉祖先祖的基因！克隆体的战斗力是普通士兵的十倍！”墨晶星的基因学者立刻操控基因设备，解析出克隆体的基因弱点：“克隆体缺少墨家正统基因标记，用萧决的基因能量就能瓦解他们！”萧决将掌心按在舰队的基因核心上，他的基因能量顺着管道注入所有舰船，舰身的基因纹路开始亮起。
当舰队抵达主文明遗址外围时，暗意识联盟的克隆军队已组成密集的防线。克隆体们手持基因武器，体表覆盖着基因铠甲，看到舰队时立刻发起攻击。“基因净化弹发射！”萧决操控旗舰的机关炮，发射融合四大分支能量的基因净化弹，炮弹击中克隆体时，爆发出四色光雾，克隆体体内的扭曲基因链瞬间断裂，化作基因能量消散。但暗意识联盟的首领“暗基因尊”突然出现在空中，手中的基因权杖释放出巨大的基因扭曲场，舰队的基因防护盾开始波动。
“古代线基因干扰启动！”少女姜绾的声音从通讯器传来，古代线的基因干扰机关爆发出墨色金光，顺着能量桥传输到遗址外围。暗基因尊的基因扭曲场突然紊乱，克隆体们开始自相残杀——干扰机关让他们的基因识别系统失效。姜绾抓住机会，带着萧决、四大分支首领乘坐时空穿梭舱，冲向主文明遗址的核心守护阵。穿梭舱的基因防护层挡住了残余的基因攻击，舱内的共生晶同时亮起，指引着守护阵的位置。
穿梭舱刚抵达守护阵的阵眼，暗基因尊就亲自拦在门口，手中的基因权杖爆发出墨色能量：“姜绾，你们以为集齐四个共生晶就能赢？我已经克隆了脉祖创始人的基因，很快就能掌控终极守护阵！”姜绾走出穿梭舱，掌心的四大共生晶同时亮起，形成四色基因光盾：“你克隆的只是基因片段，没有文明的初心和传承，永远无法激活守护阵！”暗基因尊冷笑一声，权杖挥出一道基因冲击波，冲击波击中光盾时，光盾剧烈震动，却没有破碎——四大分支的基因能量形成了完美的防御闭环。
萧决趁机操控基因刻刀，将墨家基因符号刻在守护阵的阵眼上，阵眼的青铜纹路开始亮起。四大分支首领同时将共生晶按在阵眼的凹槽里，古代线的元素基因能量顺着能量桥传输过来，阵眼爆发出耀眼的四色金光，形成巨大的元素基因守护阵，将暗基因尊和残余的克隆体一起包裹在内。暗基因尊的身体在阵中开始扭曲，克隆体的基因链纷纷断裂：“不可能！我不甘心！”
守护阵的核心突然浮现出脉祖创始人的基因虚影，虚影对着姜绾和萧决点头，手中的基因权杖一挥，一道纯净的基因能量注入萧决体内。萧决胸口的蛊虫突然发出金光，与他的基因完全融合，成为共生体：“蛊虫的基因缺陷被修复了！现在它能增强我的基因能量！”暗基因尊的意识体在金光中发出凄厉的嘶吼，无数被他克隆的基因片段从体内分离出来，重新回归守护阵。当金光散去，暗基因尊的意识体已彻底消散，守护阵恢复成纯净的金色，悬浮在主文明遗址的中央。
主文明遗址的暗意识乱流在守护阵的金光中彻底消散，暗意识联盟的舰队失去能量支撑，纷纷坠毁在星云之中。四大分支文明的舰船驶入遗址，各族首领对着守护阵鞠躬，传承了数千年的脉祖文明四大分支终于重聚。老族长抚摸着守护阵的青铜纹路，眼中满是感慨：“从今天起，脉祖文明的基因传承再也不会中断了！”星轨族首领操控时空监测仪，屏幕上的宇宙星图中，时空网格的光芒比之前更加璀璨，覆盖了整个已知宇宙，基因守护波顺着网格传遍宇宙，净化着残留的暗意识基因碎片。
古代线的银纹部古城，一场盛大的“脉祖基因重聚庆典”正在举行。古城的广场上，现代线的同盟使节、四大分支文明的代表与古代的银纹部居民、墨家弟子载歌载舞。少女姜绾与萧决（古代线）将四大分支的基因符号刻在守护碑上，墨断则向众人展示新研发的“跨时空基因通讯器”：“这个能让双时空与所有同盟文明共享基因技术，再也不用担心基因灾难了！”
现代线的宇宙意识同盟总部，姜绾与萧决并肩站在守护阵的投影前。投影悬浮在总部中央，周围环绕着同盟各族的图腾，四大分支的共生晶在投影旁悬浮，散发着四色光芒。绾洄带着星澈和四大分支的向导走来，手中拿着“宇宙基因守护公约”的全息文本：“所有同盟文明都签署了公约，承诺共同守护脉祖基因传承，用基因技术造福宇宙，绝不用于战争！”
萧决握住姜绾的手，掌心的墨家玉佩与她掌心的共生晶产生共鸣，共鸣的光芒与守护阵的金光交织在一起。姜绾看着投影中重聚的四大分支文明，想起初次在三星堆神树相遇的场景，嘴角扬起微笑：“当年我们只是为了寻找璇玑镜的碎片，没想到最后守护了脉祖文明的基因传承。”萧决点头，目光坚定：“不管是青铜齿轮的基因库，还是墨晶星的基因技术，我们守护的从来不是技术，是文明的初心和传承。”
墨晶星的基因学者突然指向守护阵的投影，投影中浮现出宇宙边缘的新光点，光点散发着与脉祖文明同源的基因能量：“是另外八个脉祖分支文明！它们的基因波动很微弱，可能面临着严重的危机！”绿脉族首领的时空根须顺着投影延伸，根须的顶端触碰到新光点，传来微弱的求救意识信号。赤焰星首领握紧拳头：“我们去寻找其他分支！让脉祖文明的十二分支全部重聚，激活终极守护阵的全部力量！”
姜绾对着璇玑镜挥手，古代线的少女姜绾、萧决（古代线）等人的身影出现在镜中。双时空的守护者们同时举起手，掌心的信物与守护阵的金光形成共鸣，光芒通过时空网格传遍宇宙，照亮了通往其他分支文明的道路。元素基因舰队的引擎重新启动，同盟各族的舰船组成庞大的舰队，跟随着光芒朝着宇宙深处驶去。
守护阵的投影突然泛起金光，投射出脉祖创始人与墨家巨子的虚影。虚影对着所有守护者鞠躬，声音充满了欣慰：“基因的传承，不在于完美的序列，而在于文明的初心代代相传。你们做到了，比我们当年做得更好。”虚影逐渐消散，守护阵的光芒更加璀璨，将同盟舰队的航线映照得清晰可见。
姜绾靠在萧决的肩上，看着窗外璀璨的宇宙。璇玑镜中，双时空的孩子们正在跨时空基因学校学习，他们手中拿着融合了墨家基因机关与现代科技的玩具，脸上洋溢着纯真的笑容。远处的时空边界，星轨族的舰队正在巡逻，绿脉族的净化植物在边界扎根，影族的意识探测网络和墨晶星的基因监测网络覆盖着每一个角落，所有文明都在时空网格和基因守护阵的双重守护下繁衍生息。
“这不是结束，对吗？”姜绾轻声问道。萧决握住她的手，掌心的温度传来温暖的力量：“不是结束，是新的开始。宇宙还有八个脉祖分支文明等着我们去寻找，还有无数的基因秘密等着我们去探索。”姜绾抬头，看向宇宙深处，眼中闪烁着坚定的光芒。四大共生晶的光芒交织在一起，指引着新的方向——那里有未知的分支文明，有未解开的基因奥秘，更有文明共生的无限可能。