特科取士带来的新风，并未止步于户部账册与工部图纸的改良。
当那些精通算学的生员逐渐熟悉衙门事务后，他们开始将目光投向了更深层次的问题——流程与制度。
户部清吏司的王账房，在成功用新式记账法厘清了一部分陈年旧账后，并未满足。
他发现，各地税银、粮赋解送入库的流程极其繁琐，经手部门众多，层层盘剥、拖延、损耗惊人。
往往江南的税银，运到京城入库，要耗费数月之久，期间产生的“火耗”、“脚耗”等名目的损耗，竟能高达正税的一两成！这不仅是巨大的浪费，更给了胥吏贪墨的空间。
他联合了几位同期考入户部、漕运衙门算学特科的同僚，开始私下测算、推演。他们根据各地距离、运输条件、仓储成本，设计了一套名为“直达分拨”的新流程方案。
核心是减少中间环节，根据各地需求，由中枢统一调度，让重要物资（如军粮、饷银）尽可能从产地或集散地直接运往最终使用地，或只在关键节点设立中转仓，最大限度减少搬运和存储次数。
与此同时，工造特科的鲁衡，在顺利完成了官仓修缮、节省大量工料后，也被委以更重要的任务——参与京城地下水道疏浚工程的核算。
面对那庞大而混乱的工程预算，他没有急于否定，而是带着工具，亲自下到几段典型的淤塞沟渠进行实地测量。
他发现，原有预算中对于土方量、人工的估算严重脱离实际，且施工方法陈旧低效。
他结合自己多年的工匠经验，提出了“分段承包、按实核算”的新法子。将整个工程划分为若干标段，明确每个标段的工程量、质量标准、工期和报酬，允许民间有实力的工队竞标承包。
工部只负责监督验收，按实际完成的合格工程量结算。这不仅能大幅提高效率，避免无休止的扯皮和窝工，也能通过竞争压低成本。
当王账房的“直达分拨”方案和鲁衡的“分段承包”构想，通过各自的渠道，最终汇总到叶明和叶风这里时，兄弟二人都看到了其中蕴含的巨大价值。
“这些特科士子，果然没有令人失望！”
叶风拿着那份关于税银解送的方案，眼中放光，“若能推行，每年为国库节省的钱粮，将是一个天文数字！只是……这触及的利益太广了。”他指的是那些依靠传统流程中饱私囊的层层官吏和与之勾结的运输行会。
叶明则更欣赏鲁衡的方案：“此法不仅可用于工程，或可推及军械制造、物资采购等诸多领域。引入竞争，按效付费，正是打破僵化、提升效能的良策。”
两人商议后，决定采取稳扎稳打的策略。他们没有立刻要求全面推行，而是选择了一个相对独立的领域——北方边军的部分粮饷供应，以及京城一小段非核心区域的下水道工程，作为试点。
消息传出，不出所料地引来了强烈的反对声音。
户部和工部内部一些老资格的官员，纷纷上书，或明或暗地指责这些新法“扰乱祖制”、“与民争利”、“恐生弊端”。